Идентификация новых дифференциально экспрессирующихся длинных некодирующих РНК с онкогенным потенциалом

Молекулярная биология. 2021. Т. 55. № 4. С. 598–605.

Бровкина О. И., Пронина И. В., Урошлев Л. А., Фридман М. В., Логинов В. И., Казубская Т. П., Уткин Д. О., Кушлинский Н. Е., Брага Э. А.

В последнее время накапливается все больше данных, свидетельствующих о роли длинных некодирующих РНК (lncРНК) как важнейшего регулятора транскрипции в клетках. С помощью метода глубинного машинного обучения определены четыре новых lncРНК, дифференциально экспрессирующихся в опухолях яичников: TMEM92-AS1, FAM222A-AS, TXLNB и lnc-CCL28. Представленность транскриптов lnc-CCL28 была достаточной, как в опухолях, так и в нормальной ткани, для дальнейшего анализа методом ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). На основании литературных данных, а также предыдущих исследований нашей лаборатории, помимо lnc-CCL28 для ОТ-ПЦР анализа были выбраны также lncРНК LINC00152, NEAT1 и SNHG17 как наиболее перспективные потенциальные маркеры для диагностики и прогноза рака яичников. Впервые в опухолях яичников обнаружено повышение уровня lnc-CCL28 и SNHG17 и подтверждена гиперэкспрессия LINC00152 и NEAT1. Для lnc-CCL28 впервые показана вовлеченность не только в патогенез яичников, но и в канцерогенез в целом. Выявлено, что гиперэкспрессия LINC00152 и lnc-CCL28 статистически значимо ассоциирована с более поздними стадиями и метастазированием. Таким образом, идентифицированы новые lncРНК, дифференциально экспрессирующиеся в опухолях яичников, а также обнаружены lncРНК с онкогенным и прогностическим потенциалом.

Ключевые слова: машинное обучение, экспрессия гена, deep machine learning, prognostic markers, Long non-coding RNAs, длинные некодирующие РНК, differential expression, oncogenic potential, lnc-CCL28, онкогенный потенциал, прогностический маркер, LNC-CCL28