• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • A
  • A
  • A
  • A
  • A
Обычная версия сайта
  • RU
  • EN
  • Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»
  • Публикации ВШЭ
  • Статьи
  • Data preprocessing and filtering in mass spectrometry based proteomics
  • RU
  • EN
Расширенный поиск
Высшая школа экономики
Национальный исследовательский университет
Приоритетные направления
  • бизнес-информатика
  • государственное и муниципальное управление
  • гуманитарные науки
  • инженерные науки
  • компьютерно-математическое
  • математика
  • менеджмент
  • право
  • социология
  • экономика
по году
  • 2027
  • 2026
  • 2025
  • 2024
  • 2023
  • 2022
  • 2021
  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2017
  • 2016
  • 2015
  • 2014
  • 2013
  • 2012
  • 2011
  • 2010
  • 2009
  • 2008
  • 2007
  • 2006
  • 2005
  • 2004
  • 2003
  • 2002
  • 2001
  • 2000
  • 1999
  • 1998
  • 1997
  • 1996
  • 1995
  • 1994
  • 1993
  • 1992
  • 1991
  • 1990
  • 1989
  • 1988
  • 1987
  • 1986
  • 1985
  • 1984
  • 1983
  • 1982
  • 1981
  • 1980
  • 1979
  • 1978
  • 1977
  • 1976
  • 1975
  • 1974
  • 1973
  • 1972
  • 1971
  • 1970
  • 1969
  • 1968
  • 1967
  • 1966
  • 1965
  • 1964
  • 1963
  • 1958
  • еще
Тематика
Новости
28 апреля 2026 г.
Почему слабые участники соревнований сдаются - и как это изменить
Доцент факультета экономических наук НИУ ВШЭ Анастасия Анцыгина разработала модель распределения призов, которая максимально стимулирует активность участников соревнований. Она предложила пересмотреть классический принцип «победитель получает все» и в некоторых случаях предлагать небольшую награду даже проигравшему. По ее мнению, это может повысить мотивацию участников и сделать соревнование более конкурентным. Результаты исследования опубликованы в журнале Economic Theory.
28 апреля 2026 г.
Исследователи НИУ ВШЭ собрали научную базу данных для изучения пищевых привычек у детей
Созданная в Высшей школе экономики база данных может стать основой для изучения пищевых привычек у детей. Об этом говорится в исследовании «Влияние возрастных, гендерных и социально-ролевых факторов на соответствие пищевого выбора детей возрастным нормам: экспериментальное исследование с веб-приложением Dish-I-Wish». Работа выполнена в рамках Программы фундаментальных исследований НИУ ВШЭ. Исследование было представлено в рамках XXVI Апрельской международной научной конференции.
27 апреля 2026 г.
«Уезжаешь с чемоданом новых идей и гипотез»
Апрельская международная научная конференция ежегодно привлекает молодых исследователей из разных регионов России. С 2019 года они могут принять участие в конкурсе, организованном НИУ ВШЭ, по итогам которого им компенсируются расходы на проезд и проживание в Москве. В этом году на конкурс поступило 17 заявок, было отобрано 8. Своими впечатлениями от конференции поделились его победители.

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!

Публикации
  • Книги
  • Статьи
  • Главы в книгах
  • Препринты
  • Верификация публикаций
  • Расширенный поиск
  • Правила использования материалов
  • Наука в ВШЭ

?

Data preprocessing and filtering in mass spectrometry based proteomics

Current Bioinformatics. 2012. Vol. 7. No. 2. P. 212–220.
Кертес-Фаркаш А., Myers M. P.

Mass spectrometry based proteomics analysis can produce many thousands of spectra in a single experiment, and much of this data, frequently greater than 50%, cannot be properly evaluated computationally. Therefore a number of strategies have been developed to aid the processing of mass spectra and typically focus on the identification and elimination of noise, which can provide an immediate improvement in the analysis of large data streams. This is mostly carried out with proprietary software. Here we review the current main principles underlying the preprocessing of mass spectrometry data give an overview of the publicly available tools.

Язык: английский
Полный текст
Ключевые слова: mass spectrometryProteomicsData filtering
Похожие публикации
Blood Plasma Lipid Alterations Differentiating Psychotic and Affective Disorder Patients
Петрова Д. А., Biomolecules 2025
Добавлено: 18 января 2026 г.
The Sphingolipid Asset Is Altered in the Nigrostriatal System of Mice Models of Parkinson’s Disease
Blokhin V., Shupik M., Gutner U. и др., Biomolecules 2022 Vol. 12 No. 1 Article 93
Добавлено: 4 марта 2024 г.
Proteomics-based scoring of cellular response to stimuli for improved characterization of signaling pathway activity
Kazakova E., Solovyeva E., Levitsky L. и др., Proteomics 2023 Vol. 53 No. 5 Article 2200275
Добавлено: 14 сентября 2023 г.
An integrative proteomics method identifies a regulator of translation during stem cell maintenance and differentiation
Sabatier P., Beusch C., Мальцева Д. В. и др., Nature Communications 2021 No. 12 Article 6558
Добавлено: 12 ноября 2021 г.
Bias in False Discovery Rate Estimation in Mass-Spectrometry-Based Peptide Identification
Danilova Yulia, Voronkova Anastasia, Sulimov Pavel и др., Journal of Proteome Research 2019 Vol. 18 No. 5 P. 2354–2358
Добавлено: 6 октября 2021 г.
Multidecadal and 6-year variations of LOD
Зотов Л. В., Бизуар К., Sidorenkov N. и др., , in: Journal of Physics: Conference Series (JPCS), Proceedings of FAPM 2019 conference.: IOP Publishing, 2020. Ch. 5 P. 1–17.
Добавлено: 30 ноября 2020 г.
ColocML: machine learning quantifies co-localization between mass spectrometry images
Ovchinnikova K., Lachlan S., Rakhlin A. и др., Bioinformatics 2020 P. 1–10
Добавлено: 15 марта 2020 г.
A novel trityl/acridine derivatization agent for analysis of thiols by (matrix-assisted)(nanowire-assisted)laser desorption/ionization and electrospray ionization mass spectrometry
Vladimir A. Korshun, Analytical Methods 2017 Vol. 9 No. 45 P. 6335–6340
Добавлено: 8 ноября 2019 г.
200+ Protein Concentrations in Healthy Human Blood Plasma: Targeted Quantitative SRM SIS Screening of Chromosomes 18, 13, Y, and the Mitochondrial Chromosome Encoded Proteome
Kopylov A., Ponomarenko E., Ilgisonis E. и др., Journal of Proteome Research 2019 Vol. 18 No. 1 P. 120–129
Добавлено: 7 октября 2019 г.
Brain Proteome of Drosophila melanogaster Is Enriched with Nuclear Proteins
Kuznetsova K., Ivanov M., Пятницкий М. А. и др., Biochemistry. Biokhimiia 2019 Vol. 84 No. 1 P. 71–78
Добавлено: 7 октября 2019 г.
Post-translational modifications of FDA-approved plasma biomarkers in glioblastoma samples
Petushkova N., Zgoda V., Пятницкий М. А. и др., Plos One 2017 Vol. 12 No. 5 P. 0177427-1–0177427-21
Добавлено: 14 марта 2018 г.
The Size of the Human Proteome: The Width and Depth
Ponomarenko E., Poverennaya E., Ilgisonis E. и др., International Journal of Analytical Chemistry 2016 P. 1–6
Добавлено: 14 марта 2018 г.
Human aqueous humor proteome in cataract, glaucoma and pseudoexfoliation syndrome
Kliuchnikova A., Samokhina N., Ilina I. и др., Proteomics 2016 Vol. 16 No. 13 P. 1938–1946
Добавлено: 14 марта 2018 г.
Threonine versus isothreonine in synthetic peptides analyzed by high-resolution liquid chromatography/tandem mass spectrometry
Kuznetsova K., Trufanov P., Moysa A. и др., Rapid Communications in Mass Spectrometry 2016 Vol. 30 No. 11 P. 1323–1331
Добавлено: 14 марта 2018 г.
Inconsistencies in bond market quotes: is it the wrong model or the wrong data?
Лапшин В. А., Journal of Computational Science 2018 Vol. 24 P. 255–265
Добавлено: 26 мая 2017 г.
FDR-controlled metabolite annotation for high-resolution imaging mass spectrometry
Palmer A., Phapale P., Chernyavsky I. и др., Nature Methods 2017 No. 14 P. 57–60
High-mass-resolution imaging mass spectrometry promises to localize hundreds of metabolites in tissues, cell cultures, and agar plates with cellular resolution, but it is hampered by the lack of bioinformatics tools for automated metabolite identification. We report pySM, a framework for false discovery rate (FDR)-controlled metabolite annotation at the level of the molecular sum formula, for ...
Добавлено: 7 февраля 2017 г.
Database searching in mass spectrometry based proteomics
Кертес-Фаркаш А., Myers M. P., Current Bioinformatics 2012 Vol. 7 No. 2 P. 221–230
Bottom-up proteomics (mass spectrometry analysis of peptides obtained by proteolysis and separated by liquid chromatography, (LCMS/MS)) is one of the most frequently used techniques for identifying and characterizing proteins in biological samples. A key element of the analysis is database searching when the mass spectra of the peptides are compared with a database of theoretically ...
Добавлено: 18 ноября 2015 г.
Crux: rapid open source protein tandem mass spectrometry analysis
Кертес-Фаркаш А., Grant C. E., Howbert J. J. и др., Journal of Proteome Research 2014 Vol. 13 No. 10 P. 4488–4491
Efficiently and accurately analyzing big protein tandem mass spectrometry data sets requires robust software that incorporates state-of-the-art computational, machine learning, and statistical methods. The Crux mass spectrometry analysis software toolkit (http://cruxtoolkit.sourceforge.net) is an open source project that aims to provide users with a crossplatform suite of analysis tools for interpreting protein mass spectrometry data. ...
Добавлено: 18 ноября 2015 г.
Precursor mass dependent filtering of mass spectra for proteomics analysis
Кертес-Фаркаш А., Myers M. P., Protein and peptide letters 2014 Vol. 21 No. 8 P. 858–863
Identification and elimination of noise peaks in mass spectra from large proteomics data streams simultaneously improves the accuracy of peptide identification and significantly decreases the size of the data. There are a number of peak filtering strategies that can achieve this goal. Here we present a simple algorithm wherein the number of highest intensity peaks ...
Добавлено: 18 ноября 2015 г.
Improved False Discovery Rate Estimation Procedure for Shotgun Proteomics
Кертес-Фаркаш А., Keich U., Noble W., Journal of Proteome Research 2015 Vol. 14 No. 8 P. 3148–3161
Interpreting the potentially vast number of hypotheses generated by a shotgun proteomics experiment requires a valid and accurate procedure for assigning statistical confidence estimates to the identified tandem mass spectra. Despite the crucial role such procedures play in most highthroughput proteomics experiments, the scientific literature has not reached a consensus about the best confidence estimation ...
Добавлено: 18 ноября 2015 г.
  • О ВЫШКЕ
  • Цифры и факты
  • Руководство и структура
  • Устойчивое развитие в НИУ ВШЭ
  • Преподаватели и сотрудники
  • Корпуса и общежития
  • Закупки
  • Обращения граждан в НИУ ВШЭ
  • Фонд целевого капитала
  • Противодействие коррупции
  • Сведения о доходах, расходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера
  • Сведения об образовательной организации
  • Людям с ограниченными возможностями здоровья
  • Единая платежная страница
  • Работа в Вышке
  • ОБРАЗОВАНИЕ
  • Лицей
  • Довузовская подготовка
  • Олимпиады
  • Прием в бакалавриат
  • Вышка+
  • Прием в магистратуру
  • Аспирантура
  • Дополнительное образование
  • Центр развития карьеры
  • Бизнес-инкубатор ВШЭ
  • Образовательные партнерства
  • Обратная связь и взаимодействие с получателями услуг
  • НАУКА
  • Научные подразделения
  • Исследовательские проекты
  • Мониторинги
  • Диссертационные советы
  • Защиты диссертаций
  • Академическое развитие
  • Конкурсы и гранты
  • Внешние научно-информационные ресурсы
  • РЕСУРСЫ
  • Библиотека
  • Издательский дом ВШЭ
  • Книжный магазин «БукВышка»
  • Типография
  • Медиацентр
  • Журналы ВШЭ
  • Публикации
  • http://www.minobrnauki.gov.ru/
    Министерство науки и высшего образования РФ
  • https://edu.gov.ru/
    Министерство просвещения РФ
  • http://www.edu.ru
    Федеральный портал «Российское образование»
  • https://elearning.hse.ru/mooc
    Массовые открытые онлайн-курсы
  • НИУ ВШЭ1993–2026
  • Адреса и контакты
  • Условия использования материалов
  • Политика конфиденциальности
  • Правила применения рекомендательных технологий в НИУ ВШЭ
  • Карта сайта
Редактору