?
FDR-controlled metabolite annotation for high-resolution imaging mass spectrometry
Nature Methods. 2017. No. 14. P. 57-60.
Palmer A., Phapale P., Chernyavsky I., Lavigne R., Fay D., Tarasov A., Kovalev V., Fuchser J., Николенко С. И., Pineau C., Becker M., Alexandrov T.
High-mass-resolution imaging mass spectrometry promises to localize hundreds of metabolites in tissues, cell cultures, and agar plates with cellular resolution, but it is hampered by the lack of bioinformatics tools for automated metabolite identification. We report pySM, a framework for false discovery rate (FDR)-controlled metabolite annotation at the level of the molecular sum formula, for high-mass-resolution imaging mass spectrometry (https://github.com/alexandrovteam/pySM). We introduce a metabolite-signal match score and a target–decoy FDR estimate for spatial metabolomics.
Научное направление:
Компьютерные науки
Приоритетные направления:
компьютерно-математическое
Язык:
английский
Савченко А. В., Компьютерная оптика 2017 Т. 41 № 3 С. 422-430
Исследована задача распознавания изображений в условиях малых выборок наблюдений на основе метода ближайшего соседа, в котором сопоставляются векторы признаков высокой размерности, выделенные с помощью глубокой свёрточной нейронной сети. Предложен новый алгоритм распознавания на основе метода максимального правдоподобия (совместной плотности вероятности) рассогласований между входным и всеми эталонными изображениями. Для оценки правдоподобия используется известное асимптотически нормальное распределение ...
Добавлено: 8 июля 2017 г.
Demochkin K. V., Савченко А. В., Journal of Physics: Conference Series 2019 Vol. 1368 No. 032016 P. 1-7
Добавлено: 29 ноября 2019 г.
Cham : Springer, 2018
Добавлено: 31 октября 2018 г.
Гостев И. М., Selected engineering problems 2012 Vol. 3 No. 3 P. 69-80
On the basis of the signature analysis it is entered various concepts: the sample containing information and procedural parts and contour function. The identification methodology graphic objects invariant to affine transformations on the basis of concept of contour function is stated. ...
Добавлено: 19 июля 2013 г.
Ovchinnikova K., Lachlan S., Rakhlin A. и др., Bioinformatics 2020 P. 1-10
Добавлено: 15 марта 2020 г.
Козачок А. В., Копылов С. А., Мещеряков Р. В. и др., Компьютерная оптика 2017 Т. 41 № 5 С. 743-755
Развитие концепции интернета вещей привело к существенному росту объемов обрабатываемой информации. Значительную часть данных, циркулирующих в глобальной сети, при этом составляет мультимедиаконтент. Зачастую эта информация содержит персональные данные конкретного пользователя или является объектом интеллектуальной собственности и авторского права. Задача по защите авторских прав владельцев цифровых изображений на протяжении последних десятилетий не теряет актуальности. Классические средства ...
Добавлено: 5 сентября 2019 г.
Гостев И. М., Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Математика, информатика, физика 2012 № 1 С. 44-49
Разработана система по обработке изображений низших биологических объектов, позволяющая вычислять их геометрические параметры в процессе морфогенеза. Предложен критерий, по которому возможно вычисление скорости регенерации утраченных частей у плоских червей-планариев. ...
Добавлено: 19 июля 2013 г.
Berlin : Springer, 2018
This book constitutes the proceedings of the 7th International Conference on Analysis of Images, Social Networks and Texts, AIST 2018, held in Moscow, Russia, in July 2018.
The 29 full papers were carefully reviewed and selected from 107 submissions (of which 26 papers were rejected without being reviewed). The papers are organized in topical sections on ...
Добавлено: 5 сентября 2018 г.
Switzerland : Springer, 2019
Добавлено: 10 января 2019 г.
Ростов н/Д : Ростовский государственный экономический университет "РИНХ", 2018
В сборнике трудов конференции представлены результаты исследований молодых ученых ведущих научных организаций России по широкому спектру актуальных проблем информатики, управления и системного анализа. Междисциплинарные исследования и интенсивное использование данных - ключевые особенности современной науки. Конференция ИУСА-2018 (Информатика, Управление и Системный Анализ) ставит своей целью наладить устойчивые связи между молодыми учеными, работающими в совершенно разных научных ...
Добавлено: 3 сентября 2019 г.
Springer, 2020
Добавлено: 4 октября 2020 г.
Cham : Springer, 2020
Добавлено: 1 октября 2020 г.
Alexandrov T., Chernyavsky I., Becker M. и др., Analytical Chemistry 2013 Vol. 85 No. 23 P. 11189-11195
Добавлено: 18 ноября 2013 г.
Cham : Springer, 2018
Добавлено: 11 марта 2019 г.
Гостев И. М., Sevastianov L., RUDN Journal of Mathematics, Information Sciences and Physics 2018 Vol. 26 No. 4 P. 331-342
В работе изложена одна из методологий по обработке изображений и распознавания фор- мы графических объектов. В ней на первом этапе производится предварительная обработка изображения с целью выделения характерных признаков формы объектов. В качестве та- ких признаков были использованы контуры. Для преобразования 2D контуров объектов в одномерную контурную функцию был использован метод ArcHeight. Для идентификации контурных ...
Добавлено: 19 декабря 2018 г.
Гостев И. М., Севастьянов Л. А., Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Математика, информатика, физика 2016 № 4 С. 49-55
Решается задача получения точек с высокой кривизной (особых точек) контуров для идентификации формы объектов на изображениях. Проводится разбор существующих методов численного дифференцирования в данном аспекте. Рассматривается новый метод дифференцирования плоских дискретно заданных кривых, являющихся точками (пикселями) контуров объектов, на основе использования вариаций метода Arch Height. Показаны особенности такого метода дифференцирования при использовании различных формул вычисления ...
Добавлено: 17 февраля 2017 г.
Ростов н/Д : ООО "ДГТУ-Принт", 2017
В сборник включены труды Международной научной конференции, посвященной анализу современных проблем математического моделирования, обработки изображений, развитию и применению параллельных вычислительных технологий. Главная цель конференции – предоставить возможность для обсуждения перспектив развития методов математического моделирования, обработки изображений, а также новых параллельных вычислительных технологий и представления результатов, полученных ведущими научными группами в использовании суперкомпьютерных технологий для решения ...
Добавлено: 11 января 2018 г.
Харчевникова А. С., Савченко А. В., Компьютерная оптика 2020 Т. 44 № 4 С. 618-626
В работе рассматривается задача извлечения предпочтений пользователя по его фотоальбому. Предложен новый подход на основе автоматического порождения текстовых описаний фотографий и последующей классификации таких описаний. Проведен анализ известных методов создания аннотаций по изображению на основе свёрточных и рекуррентных (Long short-term memory) нейронных сетей. С использованием набора данных Google’s Conceptual Captions обучены новые модели, в которых ...
Добавлено: 16 сентября 2020 г.
Chennai : AIRCC Publishing Corporation, 2018
The 11th International Conference on Security and its Applications (CNSA 2018) was held in Zurich, Switzerland, during January 02~03, 2018. The 5th International Conference on Data Mining and Database (DMDB 2018) and The 5th International Conference on Artificial Intelligence and Applications (AIAP 2018) was collocated with The 11th International Conference on Security and its Applications ...
Добавлено: 10 января 2018 г.
Switzerland : Springer, 2019
Добавлено: 8 февраля 2020 г.
Cham : Springer, 2021
Добавлено: 8 июля 2021 г.
М. : Издательский центр «Российский государственный гуманитарный университет», 2019
Сборник включает 27 докладов международной конференции по компьютерной лингвистике и интеллектуальным технологиям «Диалог 2019», не вошедшие в ежегодник «Компьютерная лингвистика и интеллектуальные технологии», но рекомендованные Программным Комитетом к представлению на конференции. Для специалистов в области теоретической и прикладной лингвистики и интеллектуальных технологий. ...
Добавлено: 10 декабря 2019 г.