Differences in Presentation of SARS-CoV-2 Omicron Strain Variant BA.1

Публикации

?

Differences in Presentation of SARS-CoV-2 Omicron Strain Variant BA.1–BA.5 Peptides by HLA Molecules

Doklady Biochemistry and Biophysics. 2022. Vol. 507. No. 1. P. 298 – 301.

Нерсисян С. А., Шкурников М. Ю., Жиянов А. П., Новосад В. О., Тоневицкий А. Г.

Язык: английский

Полный текст

DOI

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Микрофлюидные модели (2025)

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

Single amino acid variation identification in high resolution tandem mass spectrometry data in bottom up proteomics

Бхимани К. Р., Пересадина А. В., Бурмак К. С. и др., 2026 Vol. 519 Article 117532

Добавлено: 2 октября 2025 г.

Characterization of binding affinity changes of SARS-CoV-2 omicron variant peptides to population-specific HLA

Chang C., Wu C., Шкурников М. Ю. и др., Journal of Biomedical Science 2025 Vol. 32 Article 44

Добавлено: 6 мая 2025 г.

The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

Amaro R., Åqvist J., Bahar I. и др., Nature Methods 2025 Vol. 22 P. 641–645

Добавлено: 18 апреля 2025 г.

A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

The COVID-19 Host Genetics Initiative .., Ракитько А. С., Nature 2023 Vol. 621 No. 7977 P. Е7–Е26

Добавлено: 4 марта 2025 г.

Two-dimensional high-throughput on-cell screening of immunoglobulins against broad antigen repertoires

Lomakin Y., Ovchinnikova L., Terekhov S. и др., Communications Biology 2024 Vol. 7 Article 842

Добавлено: 19 января 2025 г.

Optical detection of infectious SARS-CoV-2 virions by counting spikes

Kudryavtsev D., Mozhaeva V., Ivanov I. и др., Nanoscale 2024 Vol. 16 No. 26 P. 12424–12430

Существующие методы массового обнаружения вирусов ограничиваются регистрацией небольших количеств вирусного генома или специфических белковых маркеров. Несмотря на высокую чувствительность, применяемые методы не позволяют различать вирулентные вирусные частицы и неинфекционные вирусные частицы. Мы сообщаем о подходе к решению этой давней проблемы на примере вируса SARS-CoV-2. Мы показываем, что широкопольная оптическая микроскопия с использованием современных мезоскопических флуоресцентных ...

Добавлено: 10 января 2025 г.

Immunocompetent Mice As a Model for Preclinical Studies of mRNA Vaccine Immunogenicity

M.Yu. Shkurnikov, S.A. Tonevitskaya, E.V. Stepanova и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2023 Vol. 512 No. 1 P. 266–269

Добавлено: 1 июля 2024 г.

Mathematical model explains differences in Omicron and Delta SARS-CoV-2 dynamics in Caco-2 and Calu-3 cells

Vladimir Staroverov, Alexei Galatenko, Evgeny Knyazev и др., PeerJ 2024 Vol. 12 Article e16964

Within-host infection dynamics of Omicron dramatically differs from previous variants of SARS-CoV-2. However, little is still known about which parameters of virus-cell interplay contribute to the observed attenuated replication and pathogenicity of Omicron. Mathematical models, often expressed as systems of differential equations, are frequently employed to study the infection dynamics of various viruses. Adopting such ...

Добавлено: 20 марта 2024 г.

t-SNE Highlights Phylogenetic and Temporal Patterns of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Protein Evolution

Tamazian G., Komissarov A., Kobak D. и др., , in: Bioinformatics Research and Applications: 18th International Symposium, ISBRA 2022, Haifa, Israel, November 14–17, 2022, ProceedingsVol. 13750.: [б.и.], 2022. Ch. n/a P. 255–262.

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Unlocking capacities of genomics for the COVID-19 response and future pandemics

Knyazev S. N., Chhugani K., Sarwal V. и др., Nature Methods 2022 Vol. 19 No. 4 P. 374–380

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Simulation of Molecular Dynamics of SARS-CoV-2 S-Protein in the Presence of Multiple Arbidol Molecules: Interactions and Binding Mode Insights

Borisevich S., Khamitov E., Maxim A. Gureev и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 1 Article 119

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Borneol Ester Derivatives as Entry Inhibitors of a Wide Spectrum of SARS-CoV-2 Viruses

Yarovaya O., Shcherbakov D., Borisevich S. и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 6 Article 1295

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Properties and Activity of Peptide Derivatives of ACE2 Cellular Receptor and Their Interaction with SARS-CoV-2 S Protein Receptor-Binding Domain

Sidorova M. V., Bibilashvili R. S., Avdeev D. V. и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2022 Vol. 507 P. 237–241

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Прогнозирование распространения COVID-19 в ЕС с использованием рандомизированного машинного обучения динамических моделей

Попков А. Ю., Дубнов Ю. А., Попков Ю. С., Информационные технологии и вычислительные системы 2022 № 3 С. 67–78

Работа посвящена применению метода рандомизированного машинного обучения для прогнозирования развития эпидемии COVID-19, основанной на эпидемиологической модели SIR. Предлагается два варианта моделирования, первый основан на использовании модели SIR с оценкой параметров по реальным оперативным данным о случаях заболевания, второй основан на идее моделирования индикатора распространения инфекции и его прогнозирования. Cравнительное исследование предлагаемых методов и подходов базируется на сравнении со ...

Добавлено: 5 февраля 2024 г.

The Potential of Usnic-Acid-Based Thiazolo-Thiophenes as Inhibitors of the Main Protease of SARS-CoV-2 Viruses

Yarovaya O., Filimonov A., Baev D. и др., Viruses 2024 Vol. 16 No. 2 Article 215

Добавлено: 31 января 2024 г.

An Early SARS-CoV-2 Omicron Outbreak in a Dormitory in Saint Petersburg, Russia

Клинк Г. В., Danilenko D., Komissarov A. и др., Viruses 2023 Vol. 15 No. 7 Article 1415

Добавлено: 30 ноября 2023 г.

Development of a novel mathematical model that explains SARS-CoV-2 infection dynamics in Caco-2 cells

Староверов В. М., Нерсисян С. А., Галатенко А. В. и др., PeerJ 2023 Vol. 11 Article e14828

Добавлено: 27 июля 2023 г.