Single amino acid variation identification in high resolution tandem mass spectrometry data in bottom up proteomics

K. R. Bhimani; A. Peresadina; K. Burmak; K. Joshi; A. Kertesz-Farkas

Публикации

?

Single amino acid variation identification in high resolution tandem mass spectrometry data in bottom up proteomics

. 2026. Vol. 519. Article 117532.

Бхимани К. Р., Пересадина А. В., Бурмак К. С., Джоши К., Кертес-Фаркаш А.

Научное направление: Химия

Язык: английский

Текст на другом сайте

Ключевые слова: tandem mass spectrometry mutation database-searching Single amino acid variation Amino acid replacement

Incorporating Scientific Knowledge into Neural Network Density Functionals

Медведев М. Г., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9

Добавлено: 26 июня 2026 г.

Electrodeposition and electrochromic properties of hydrated mixed oxides MoxW1-xO3·2H2O films

Лауринавичюте В. К., Levin E. E., Mironkova A. A. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 81 P. 108389

Добавлено: 24 июня 2026 г.

Impact of heat treatment on microstructure and mechanical properties of additively manufactured aluminum bronze

Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162

Добавлено: 12 июня 2026 г.

DFT-guided charge-state engineering of gold clusters for levodopa recognition: fundamental principles for drug delivery applications

Obijiofor O., Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. 50 No. 23 P. 9749–9768

Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Facile and Green Approach to Synthesize Biomass-Derived Zero-/Two-Dimensional Carbon Dots/g-C3N4 Heterojunction for Efficient Photocatalytic and Photoelectrocatalytic Applications

Дас А., Saikia J., Maji N. и др., ChemNanoMat 2026 Vol. 12 No. 5 Article e202500733

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Optimal Design of Copper-Doped ZnO Heterostructures for Photocatalytic and Photoeletrochemical Performance: A Combined Experimental and DFT Study

Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Synergistic Multimetal Effects in a High-Entropy Perovskite Oxide Anchored on Reduced Graphene Oxide for Accelerated Water Oxidation

Остовари М. А., Mehrabi-Kalajahi S., Hossein Vasigh S. A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 13 P. 3978–3985

Добавлено: 1 июня 2026 г.

An IQA/QTAIM Approach to the Chalcogen Bond

Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Singlet oxygen-mediated oxidation of sulfides with palladium(II) porphyrinates: The effect of partly conjugated peripheral substituents

Uskov F., Korobkov S., Бирин К. П. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 474 Article 116936

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Synthesis of Zwitterionic conjugates of cobalt Bis(dicarbollide) with BODIPY and their Photophysical properties and biological studies

Mezentsev I., Dudarova N., Druzina A. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 479 Article 117316

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Revealing Structure-Reporting Patterns of Pyruvylation Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Natural Saccharides

Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996

Добавлено: 25 мая 2026 г.

Sodium Hypophosphite Assisted Ruthenium Catalyzed Reductive Amination under Mild Conditions

Зверева О., Клюев Ф. С., Lebedeva N. и др., Organic Letters 2025 Vol. 27 No. 50 P. 13711–13716

Добавлено: 23 мая 2026 г.

TBAT as “Multitool” Catalyst for Polysiloxane Synthesis, Modification, and Recycling

Mikhail A. Losev, Andrey S. Kozlov, Afanasyev O. и др., ACS Catalysis 2026 Vol. 16 No. 10 P. 9380–9386

Добавлено: 22 мая 2026 г.

Reductive coupling of nitroarenes with carboxylic acids – a direct route to amide synthesis

Лосев М. А., Козлов А. С., Клюев Ф. С. и др., Organic and Biomolecular Chemistry 2023 Vol. 21 No. 42 P. 8477–8481

Добавлено: 22 мая 2026 г.

Dataset of solubility values for organic compounds in binary mixtures of solvents at various temperatures

Malikov D., Krasnov L., Kiseleva M. и др., Scientific data 2026 Vol. 13 Article 727

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Perovskite nanoparticles Cs4PbBr6 and CsPbBr3: synthesis, analysis and peculiar optical properties

Гущина В. А., / Series chemrxiv-2023-vpzhz-v2 "ChemRxiv". 2023.

Наночастицы полностью неорганических перовскитов CsPbBr3 и Cs4PbBr6 интенсивно изучаются благодаря их уникальным свойствам и широкому спектру применений; однако природа их оптических свойств до сих пор полностью не изучена из-за сложности синтеза однофазных наночастиц. В данной статье мы описываем особенности синтеза однофазных частиц и результаты их химического и фазового анализа. Используя данные о концентрациях наночастиц, мы ...

Добавлено: 14 мая 2026 г.

CsPbBr3 and Cs4PbBr6 perovskite nanoparticles: hidden potential of Cs4PbBr6 or ineffective fluorescence?

Гущина В. А., Mendeleev Communications 2025 Vol. 35 No. 2 P. 193–195

Наночастицы полностью неорганических перовскитов CsPbBr3 и Cs4PbBr6 интенсивно изучаются благодаря их уникальным оптическим свойствам, хотя синтез однофазных наночастиц представляет собой сложную задачу. В данной работе подробно описан метод синтеза однофазных наночастиц CsPbBr3 и Cs4PbBr6, а также их химический и фазовый анализ. В рамках современной концепции зонной структуры перовскитов выявлены и объяснены характерные оптические свойства, такие ...

Добавлено: 14 мая 2026 г.

SERS effect on the surface of ZnO nanorods coated with CsPbBr3

Гущина В. А., Physics of Complex System 2026 Vol. 7 No. 1 P. 3–15

Гетероструктуры на основе наностержней ZnO и наночастиц CsPbBr3 были ис-следованы с целью оценки их потенциала в качестве полупроводниковых SERS-субстратов. Было выявлено, что морфология ZnO определяет эффективность межфазного переноса энергии, уве-личивая фотолюминесценцию при длине возбуждения 390 нм и вызывая снижение ширины за-прещенной зоны в композитах. Анализ спектров комбинационного рассеяния выявил значитель-ное усиление интенсивности и появление низкочастотных ...

Добавлено: 14 мая 2026 г.

On the Issue of Biological Activity of Cobalt bis(dicarbollide) Derivatives: Conformation of the [8-EtO-8’-I-3,3’-Co(1,2-C2B9H10)2]− Anion

Dudarova N., Kosenko I., Varvara E. Maltseva и др., Journal of Cluster Science 2025 Vol. 36 No. 5 Article 161

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Расчет энтальпии образования и константы ионного равновесия органических веществ методами квантовой химии

Мальцева В. Е., Оскорбин А. А., Журнал общей химии 2023 Т. 93 № 11 С. 1722–1735

С использованием композитных методов квантово-химических расчетов и метода атомизации выполнены расчеты энтальпии образования для тестового набора из 79 соединений с точностью 3.8, 4.5, 4.7 кДж/моль для методов G4, G4MP2, CBS-QB3 соответственно. По результатам статистического анализа отклонений теоретических значений от экспериментальных выявлено присутствие ошибок, возникающих на этапе оптимизации геометрии из-за неучтенных в расчете корреляционных эффектов. Для ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Fast and Memory-Efficient Searching of Large-Scale Mass Spectrometry Data Using Tide

Кертес-Фаркаш А., Аквей Ф. Л., Остапенко В. Р. и др., Journal of Proteome Research 2025 Vol. 24 No. 9 P. 4831–4837

Добавлено: 11 сентября 2025 г.

Differences in Presentation of SARS-CoV-2 Omicron Strain Variant BA.1–BA.5 Peptides by HLA Molecules

Нерсисян С. А., Шкурников М. Ю., Жиянов А. П. и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2022 Vol. 507 No. 1 P. 298 – 301

Добавлено: 1 сентября 2025 г.

Efficient indexing of peptides for database search using Tide

Аквей Ф. Л., Кертес-Фаркаш А., Stafford Noble W., Journal of Proteome Research 2023 Vol. 22 No. 2 P. 577–584

The first step in the analysis of protein tandem mass spectrometry data typically involves searching the observed spectra against a protein database. During database search, the search engine must digest the proteins in the database into peptides, subject to digestion rules that are under user control. The choice of these digestion parameters, as well as ...

Добавлено: 2 декабря 2022 г.

The Crux toolkit for analysis of bottom-up tandem mass spectrometry proteomics data

Кертес-Фаркаш А., Аквей Ф. Л., Kishankumar Bhimani и др., Journal of Proteome Research 2023 Vol. 22 No. 2 P. 561–569

Добавлено: 2 декабря 2022 г.