• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • A
  • A
  • A
  • A
  • A
Обычная версия сайта
  • RU
  • EN
  • Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»
  • Публикации ВШЭ
  • Глава
  • t-SNE Highlights Phylogenetic and Temporal Patterns of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Protein Evolution
  • RU
  • EN
Расширенный поиск
Высшая школа экономики
Национальный исследовательский университет
Приоритетные направления
  • бизнес-информатика
  • государственное и муниципальное управление
  • гуманитарные науки
  • инженерные науки
  • компьютерно-математическое
  • математика
  • менеджмент
  • право
  • социология
  • экономика
по году
  • 2027
  • 2026
  • 2025
  • 2024
  • 2023
  • 2022
  • 2021
  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2017
  • 2016
  • 2015
  • 2014
  • 2013
  • 2012
  • 2011
  • 2010
  • 2009
  • 2008
  • 2007
  • 2006
  • 2005
  • 2004
  • 2003
  • 2002
  • 2001
  • 2000
  • 1999
  • 1998
  • 1997
  • 1996
  • 1995
  • 1994
  • 1993
  • 1992
  • 1991
  • 1990
  • 1989
  • 1988
  • 1987
  • 1986
  • 1985
  • 1984
  • 1983
  • 1982
  • 1981
  • 1980
  • 1979
  • 1978
  • 1977
  • 1976
  • 1975
  • 1974
  • 1973
  • 1972
  • 1971
  • 1970
  • 1969
  • 1968
  • 1967
  • 1966
  • 1965
  • 1964
  • 1963
  • 1958
  • еще
Тематика
Новости
15 мая 2026 г.
В НИУ ВШЭ разрабатывают нейросеть для сферы науки и инноваций
Исследователи НИУ ВШЭ учат большие языковые модели понимать русскоязычную научную терминологию, увеличивая при этом их энергоэффективность. Адаптированная модель работает в 2,7 раза быстрее и требует на 73% меньше памяти, чем исходная открытая модель, что позволяет запускать ее на более доступном оборудовании. Программа прошла государственную регистрацию.
15 мая 2026 г.
Стартовал совместный спецпроект бренд-медиа Вышки IQ Media и iFORA ИСИЭЗ
В мае 2026 года стартовал научно-популярный проект «Искусственный интеллект: технологии, данные и будущее», который стал результатом работы двух команд — проекта iFORA Института статистических исследований и экономики знаний НИУ ВШЭ и редакции бренд-медиа IQMedia. Медийно-аналитический спецпроект посвящен современному развитию искусственного интеллекта и аналитике больших данных.
14 мая 2026 г.
<a>Ученые ФКН ВШЭ представили работы в сфере ИИ и биоинформатики на ICLR 2026
Ученые Института искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук ВШЭи студенты трека «ИИ360: Инженерия искусственного интеллекта» бакалаврской программы «Прикладная математика и информатика» приняли участие в международной конференции ICLR — одном из самых авторитетных мировых форумов в области машинного обучения и представления данных. В этом году конференция состоялась в Рио-де-Жанейро (Бразилия).

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!

Публикации
  • Книги
  • Статьи
  • Главы в книгах
  • Препринты
  • Верификация публикаций
  • Расширенный поиск
  • Правила использования материалов
  • Наука в ВШЭ

?

t-SNE Highlights Phylogenetic and Temporal Patterns of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Protein Evolution

Ch. n/a. P. 255–262.
Tamazian G., Komissarov A., Kobak D., Polyakov D., Andronov E., Nechaev S., Kryzhevich S., Yuri Porozov, Eugene Stepanov
Язык: английский
DOI
Ключевые слова: t-SNESARS-CoV-2molecular evolution

В книге

Bioinformatics Research and Applications: 18th International Symposium, ISBRA 2022, Haifa, Israel, November 14–17, 2022, Proceedings
Vol. 13750. , [б.и.], 2022.
Похожие публикации
Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies
Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472
Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...
Добавлено: 20 октября 2025 г.
Differences in Presentation of SARS-CoV-2 Omicron Strain Variant BA.1–BA.5 Peptides by HLA Molecules
Нерсисян С. А., Шкурников М. Ю., Жиянов А. П. и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2022 Vol. 507 No. 1 P. 298 – 301
Добавлено: 1 сентября 2025 г.
Characterization of binding affinity changes of SARS-CoV-2 omicron variant peptides to population-specific HLA
Chang C., Wu C., Шкурников М. Ю. и др., Journal of Biomedical Science 2025 Vol. 32 Article 44
Добавлено: 6 мая 2025 г.
The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations
Amaro R., Åqvist J., Bahar I. и др., Nature Methods 2025 Vol. 22 P. 641–645
Добавлено: 18 апреля 2025 г.
A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
The COVID-19 Host Genetics Initiative .., Ракитько А. С., Nature 2023 Vol. 621 No. 7977 P. Е7–Е26
Добавлено: 4 марта 2025 г.
Two-dimensional high-throughput on-cell screening of immunoglobulins against broad antigen repertoires
Lomakin Y., Ovchinnikova L., Terekhov S. и др., Communications Biology 2024 Vol. 7 Article 842
Добавлено: 19 января 2025 г.
Optical detection of infectious SARS-CoV-2 virions by counting spikes
Kudryavtsev D., Mozhaeva V., Ivanov I. и др., Nanoscale 2024 Vol. 16 No. 26 P. 12424–12430
Существующие методы массового обнаружения вирусов ограничиваются регистрацией небольших количеств вирусного генома или специфических белковых маркеров. Несмотря на высокую чувствительность, применяемые методы не позволяют различать вирулентные вирусные частицы и неинфекционные вирусные частицы. Мы сообщаем о подходе к решению этой давней проблемы на примере вируса SARS-CoV-2. Мы показываем, что широкопольная оптическая микроскопия с использованием современных мезоскопических флуоресцентных ...
Добавлено: 10 января 2025 г.
Mathematical model explains differences in Omicron and Delta SARS-CoV-2 dynamics in Caco-2 and Calu-3 cells
Vladimir Staroverov, Alexei Galatenko, Evgeny Knyazev и др., PeerJ 2024 Vol. 12 Article e16964
Within-host infection dynamics of Omicron dramatically differs from previous variants of SARS-CoV-2. However, little is still known about which parameters of virus-cell interplay contribute to the observed attenuated replication and pathogenicity of Omicron. Mathematical models, often expressed as systems of differential equations, are frequently employed to study the infection dynamics of various viruses. Adopting such ...
Добавлено: 20 марта 2024 г.
Unlocking capacities of genomics for the COVID-19 response and future pandemics
Knyazev S. N., Chhugani K., Sarwal V. и др., Nature Methods 2022 Vol. 19 No. 4 P. 374–380
Добавлено: 8 февраля 2024 г.
Simulation of Molecular Dynamics of SARS-CoV-2 S-Protein in the Presence of Multiple Arbidol Molecules: Interactions and Binding Mode Insights
Borisevich S., Khamitov E., Maxim A. Gureev и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 1 Article 119
Добавлено: 8 февраля 2024 г.
Borneol Ester Derivatives as Entry Inhibitors of a Wide Spectrum of SARS-CoV-2 Viruses
Yarovaya O., Shcherbakov D., Borisevich S. и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 6 Article 1295
Добавлено: 8 февраля 2024 г.
Properties and Activity of Peptide Derivatives of ACE2 Cellular Receptor and Their Interaction with SARS-CoV-2 S Protein Receptor-Binding Domain
Sidorova M. V., Bibilashvili R. S., Avdeev D. V. и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2022 Vol. 507 P. 237–241
Добавлено: 8 февраля 2024 г.
Прогнозирование распространения COVID-19 в ЕС с использованием рандомизированного машинного обучения динамических моделей
Попков А. Ю., Дубнов Ю. А., Попков Ю. С., Информационные технологии и вычислительные системы 2022 № 3 С. 67–78
Работа посвящена применению метода рандомизированного машинного обучения для прогнозирования развития эпидемии COVID-19, основанной на эпидемиологической модели SIR. Предлагается два варианта моделирования, первый основан на использовании модели SIR с оценкой параметров по реальным оперативным данным о случаях заболевания, второй основан на идее моделирования индикатора распространения инфекции и его прогнозирования. Cравнительное исследование предлагаемых методов и подходов базируется на сравнении со ...
Добавлено: 5 февраля 2024 г.
The Potential of Usnic-Acid-Based Thiazolo-Thiophenes as Inhibitors of the Main Protease of SARS-CoV-2 Viruses
Yarovaya O., Filimonov A., Baev D. и др., Viruses 2024 Vol. 16 No. 2 Article 215
Добавлено: 31 января 2024 г.
An Early SARS-CoV-2 Omicron Outbreak in a Dormitory in Saint Petersburg, Russia
Клинк Г. В., Danilenko D., Komissarov A. и др., Viruses 2023 Vol. 15 No. 7 Article 1415
Добавлено: 30 ноября 2023 г.
Development of a novel mathematical model that explains SARS-CoV-2 infection dynamics in Caco-2 cells
Староверов В. М., Нерсисян С. А., Галатенко А. В. и др., PeerJ 2023 Vol. 11 Article e14828
Добавлено: 27 июля 2023 г.
STRUCTURAL INSIGHTS INTO PROTECTION AGAINST A SARS-COV-2 SPIKE VARIANT BY T CELL RECEPTOR DIVERSITY
Wu D., Efimov G., Apollinariya V. Bogolyubova и др., Journal of biological chemistry 2023 Vol. 299 No. 4 Article 103035
Добавлено: 24 июля 2023 г.
KDM5 Family Demethylase Inhibitor KDOAM-25 Reduces Entry of SARS-CoV-2 Pseudotyped Viral Particles into Cells
Knyazev E. N., Kalinin R. S., Abrikosova V. A. и др., Bulletin of Experimental Biology and Medicine 2023 Vol. 175 No. 1 P. 150–156
We studied the effect of KDM5 family demethylase inhibitors (JIB-04, PBIT, and KDOAM-25) on the penetration of SARS-CoV-2 pseudotyped viruses into differentiated Caco-2 cells and HEK293T cells with ACE2 hyperexpression. The above drugs were not cytotoxic. Only KDOAM-25 significantly reduced virus entry into the cells. The expression of ACE2 mRNA in Caco-2 significantly increased, while TMPRSS2 expression did not significantly change ...
Добавлено: 22 июня 2023 г.
Соматические симптомы, воспринимаемый стресс и профилактическое поведение в период пандемии COVID-19
Золотарева А. А., Обозрение психиатрии и медицинской психологии им. В.М. Бехтерева 2023 Т. 57 № 2 С. 30–39
Резюме. Многочисленные исследования влияния пандемии COVID-19 на психическое здоровье людей зафиксировали рост тревожных и депрессивных симптомов, панических расстройств и расстройств приспособительных реакций, суицидальных мыслей и суицидальных попыток, соматического и психо логического дистресса, чувства одиночества и проблем с употреблением алкогольных напитков [21]. Эти данные говорят о необходимости дальнейшего изучения влияния пандемии COVID-19 на психическое здоровье и приверженность ...
Добавлено: 17 июня 2023 г.
Социокультурные факторы распространения пандемии COVID-19 в регионах России
Замятина Н. Ю., Байдуж М. И., Пузанов К. А., В кн.: Российские регионы в пандемию COVID-19.: Смоленск: Универсум, 2022. С. 403–425.
Добавлено: 7 апреля 2023 г.
  • О ВЫШКЕ
  • Цифры и факты
  • Руководство и структура
  • Устойчивое развитие в НИУ ВШЭ
  • Преподаватели и сотрудники
  • Корпуса и общежития
  • Закупки
  • Обращения граждан в НИУ ВШЭ
  • Фонд целевого капитала
  • Противодействие коррупции
  • Сведения о доходах, расходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера
  • Сведения об образовательной организации
  • Людям с ограниченными возможностями здоровья
  • Единая платежная страница
  • Работа в Вышке
  • ОБРАЗОВАНИЕ
  • Лицей
  • Довузовская подготовка
  • Олимпиады
  • Прием в бакалавриат
  • Вышка+
  • Прием в магистратуру
  • Аспирантура
  • Дополнительное образование
  • Центр развития карьеры
  • Бизнес-инкубатор ВШЭ
  • Образовательные партнерства
  • Обратная связь и взаимодействие с получателями услуг
  • НАУКА
  • Научные подразделения
  • Исследовательские проекты
  • Мониторинги
  • Диссертационные советы
  • Защиты диссертаций
  • Академическое развитие
  • Конкурсы и гранты
  • Внешние научно-информационные ресурсы
  • РЕСУРСЫ
  • Библиотека
  • Издательский дом ВШЭ
  • Книжный магазин «БукВышка»
  • Типография
  • Медиацентр
  • Журналы ВШЭ
  • Публикации
  • http://www.minobrnauki.gov.ru/
    Министерство науки и высшего образования РФ
  • https://edu.gov.ru/
    Министерство просвещения РФ
  • http://www.edu.ru
    Федеральный портал «Российское образование»
  • https://elearning.hse.ru/mooc
    Массовые открытые онлайн-курсы
  • НИУ ВШЭ1993–2026
  • Адреса и контакты
  • Условия использования материалов
  • Политика конфиденциальности
  • Правила применения рекомендательных технологий в НИУ ВШЭ
  • Карта сайта
Редактору