• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Статья

Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении

Математическое моделирование. 2016. Т. 28. № 5. С. 95-108.

Развитие аппаратного обеспечения для высокопроизводительных расчетов опережает адаптацию алгоритмов для таких фундаментальных математических алгоритмов, как клас- сическая молекулярная динамика. Большое разнообразие выбора обуславливает необ- ходимость ясных критериев, основанных на вычислительной эффективности опреде- ленного алгоритма на определенном аппаратном обеспечении. Тест LINPACK не может более служить этой цели. В этой работе мы рассматриваем основанную на практических соображениях метрику «время решения – пиковая производительность». В этой метрике мы сравниваем различное аппаратное обеспечение (как современное, так и вышедшее из употребления) на примере тестов программного обеспечения LAMMPS, широко исполь- зуемого для атомистического моделирования. Показано, что рассмотренная метрика может служить для однозначного сравнения различных комбинаций центральных процессоров, ускорителей и интерконнекта.