Снижение размерности в задаче анализа данных экспрессии генов на микрочипах

Вестник МГТУ МИРЭА. 2014. Т. 1. № 2. С. 141–146.

Воронцов А. С., Михальский А.И.

Рассматривается проблема выбора информативных генов при анализе их экспрессии на микрочипах. Для решения поставленной задачи вводится характеристика, аналогичная симметризованному расстоянию Кульбака-Лейблера, для расстояния между распределениями экспрессии в образцах контрольной и подверженной онкологическому заболеванию ткани. Описываются методика оценки расстояния между распределениями и результаты расчётов по реальным данным для рака печени. Показано, что в рассмотренных образцах всего 10% генов отвечает за 90% расстояния между распределениями, что говорит о высокой информативной избыточности использования всех генов.

Ключевые слова: анализ данных, размерность, экспрессия генов