?
Structural and Dynamic “Portraits” of Recombinant and Native Cytotoxin I from Naja oxiana: How Close Are They?
Biochemistry. 2017. Vol. 56. No. 34. P. 4468-4477.
Dubovskii P., Dubinnyi M., Konshina A., Kazakova E., Sorokoumova G., Ilyasova T., Shulepko M., Chertkova R., Lyukmanova E., Dolgikh D., Arseniev A., Roman G. Efremov
Приоритетные направления:
компьютерно-математическое
Язык:
английский
Ключевые слова: молекулярная динамикаМетод ЯМРthree-finger cardiotoxinsтрехпетлевые кардиотоксиныMolecular Dynamics Simulationsbiomolecular NMR
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
Maurice P., Baud S., Bocharova O. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 No. 38363 P. 1-19
Neuraminidase 1 (NEU1) is a lysosomal sialidase catalyzing the removal of terminal sialic acids from sialyloconjugates. A plasma membrane-bound NEU1 modulating a plethora of receptors by desialylation, has been consistently documented from the last ten years. Despite a growing interest of the scientific community to NEU1, its membrane organization is not understood and current structural ...
Добавлено: 15 марта 2017 г.
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Loganathan N., Bowers G. M., Ngouana-Wakou B. F. и др., Physical Chemistry Chemical Physics 2019 Vol. 21 P. 6917-6924
The interactions among fluid species such as H2O, CO2, and CH4 confined in nano- and meso-pores in shales and other rocks is of central concern to understanding the chemical behavior and transport properties of these species in the earth’s subsurface and is of special concern to geological C-sequestration and enhanced production of oil and natural ...
Добавлено: 2 ноября 2019 г.
Aseev L. V., Chugunov A. O., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Bacteriology 2013 Vol. 195 No. 1 P. 95-104
Ribosomal protein S2 is an essential component of translation machinery, and its viable mutated variants conferring distinct
phenotypes serve as a valuable tool in studying the role of S2 in translation regulation. One of a few available rpsB mutants,
rpsB1, shows thermosensitivity and ensures enhanced expression of leaderless mRNAs. In this study, we identified the nature of ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Bocharov E. V., Lesovoy D. M., Bocharova O. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 2018 Vol. 1862 No. 6 P. 1410-1420
Background: Prior studies of the human growth hormone receptor (GHR) revealed a distinct role of spatial rearrangements of its dimeric transmembrane domain in signal transduction across membrane. Detailed structural information obtained in the present study allowed elucidating the bases of such rearrangement and provided novel insights into receptor functioning.
Methods: We investigated the dimerization of recombinant ...
Добавлено: 5 апреля 2018 г.
Pyrkova D. V., Tarasova N. K., Крылов Н. А. и др., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2013 Vol. 31 No. 1 P. 87-95
Delineation and analysis of lateral clustering of lipids in model bilayers is an important step toward understanding of the physical processes underlying formation of lipid domains and rafts in cell membranes. Computer modeling methods represent a powerful tool to address the problem since they can detect clusters of only few lipid molecules – this issue ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Белик Г. А., Абрамешин А. Е., Саенко В. С., Технологии электромагнитной совместимости 2012 № 3(42) С. 5-16
Выполнен обзор литературных данных по вопросам внутренней электризации бортовой радиоэлектронной аппаратуры космических аппаратов. Рассмотрено влияние космической погоды на степень электризации космических аппаратов. Выявлены основные меры борьбы с поражающими факторами электризации. ...
Добавлено: 8 ноября 2012 г.
Konshina A., Крылов Н. А., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2017 Vol. 57 No. 11 P. 2799-2810
Добавлено: 7 декабря 2017 г.
Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017
Процессы трансформации энергии и регуляции этих процессов при изменении характеристик внешней и внутренней среды лежат в основе устойчивого существования всех живых систем. Монография содержит главы, посвященные физико-химическим механизмам регуляции процессов на молекулярном, субклеточном и клеточном уровнях. В книге описаны результаты последних достижений отечественной науки в области фолдинга белка (Финкельштейн и др.), молекулярных основ взаимодействия белков ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Боброва Е. В., Решетникова В. В., Волкова К. В. и др., Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2017 Т. 67 № 4 С. 485-492
Исследовали обучение управлению системой “Интерфейс мозг-компьютер” (ИМК) с помощью специально разработанного тренинга. Тренинг включал осуществление медленных циклических движений правой и левой рукой (длительность каждого движения соответствовала длительности представлений движений руки при работе с ИМК), представление этих движений, а также спокойное сидение до начала движений. До проведения тренинга и после него осуществлялось управление ИМК. По тесту ...
Добавлено: 20 октября 2017 г.
Баулин Е. Ф., Ройтберг М. А., Астахова Т. В., Математическая биология и биоинформатика 2012 Т. 7 № 2 С. 567-571
Предложена классификация элементов вторичной структуры РНК, которая является обобщением классификации петель, предложенной Мэтьюзом и Тернером. Эта классификация позволяет единообразно описывать структуры как содержащие, так и не содержащие псевдоузлы. ...
Добавлено: 30 января 2013 г.
М., Ижевск : Межрегиональная Общественная Организация "Женщины в науке и образовании", 2014
Секции:
Математические теории
Вычислительные методы и математическое моделирование
Анализ сложных биологических систем. Экспреримент и модели.
Социально-экономические исследования
Гуманитарное и естественно-научное образование
Музей в современном мире
Гендерная теория и практика ...
Добавлено: 11 декабря 2016 г.
Рябенко Е.А., Математическая биология и биоинформатика 2012 Т. 7 № 2 С. 554-566
Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её ...
Добавлено: 14 октября 2016 г.
Ошмарина О. Е., Труды НГТУ им. Р.Е. Алексеева 2010 № 4(83) С. 23-29
Рассмотрены и проанализированы вопросы, связанные с гидрогеологией части бассейна реки Волга от Рыбинского до Чебоксарского водохранилища, проведена общая оценка текущего состояния гидрогеологии водохранилищ по различным параметрам. Выявлено, что эрозионные процессы в бассейне Горьковского водохранилища имеют среднюю интенсивность по сравнению с аналогичными процессами в бассейнах Рыбинского и Чебоксарского водохранилищ, но активность ЭГП присутствует. Особое внимание уделено ...
Добавлено: 5 ноября 2012 г.
Shupletsov Mikhail Sergeyevich, Golubeva L. I., Mashko S. V., Applied Biochemistry and Microbiology 2017 Vol. 53 No. 7 P. 733-753
Добавлено: 15 марта 2018 г.
М. : Издательский дом "Типография" Россельхозакадемии, 2014
Настоящий сборник подготовлен по материалам всероссийской научной конференции «Математика, информатика, естествознание в экономике и обществе» (МИЕСЭКО 2014), проведенной по инициативе Московского финансово-юридического университета МФЮА 31 января 2014 года. В сборнике представлены доклады по различным проблемам математики, информатики, есте- ствознания, экономики и других дисциплин. ...
Добавлено: 7 февраля 2014 г.
В статье представлена технология, позволяющая собирать в полевых исследованиях пространственно локализованные данные об объектах городской среды. Технология основана на автоматической привязке фотографий к пространственным координатам. Приведен план полевых и камеральных мероприятий, предложены варианты ГИС-обработки собираемых таким образом данных. В качестве примера приведены данные об использовании белорусского языка в общественном пространстве городов Белоруссии. ...
Добавлено: 12 апреля 2015 г.
Кертес-Фаркаш А., Noble W., Journal or Proteome Research 2015 Vol. 14 No. 8 P. 3027-3038
Добавлено: 25 сентября 2015 г.
Кренке А. Н., Чернышев В.Л., Коломенский Д. С., Наука и образование: электронное научно-техническое издание 2012 Т. 4 № 77-30569/367901 С. 1-13
В данной работе представлена концептуальная модель с небольшим числом трофических звеньев, с целью продемонстрировать тот факт, что взаимодействия типа «хищник-жертва» могут порождать сложную пространственно-временную динамику планктонных сообществ с вмешательством экзогенных факторов лишь при определении начальных условий. ...
Добавлено: 13 ноября 2013 г.
Логвенков С. А., Stein A., Biofizika 2017 Vol. 62 No. 6 P. 926-934
Предложена общая континуальная модель среды, составленной механически активными клетками. Среда считается состоящей из трех фаз; собственно клеток, внеклеточной жидкости и дополнительной фазой, отвечающей за активное силовое взаимодействие между клетками, которая, в частности, может соответствовать системе протрузий, обеспечивающих развитие активных стягивающих усилий. Деформация среды, отождествляемая с деформацией клеточной фазы, состоит из двух составляющих: упругой деформации отдельных ...
Добавлено: 30 декабря 2017 г.
Коротаев А. В., Вестник Института экономики Российской академии наук 2015 № 1 С. 149-162
В XIX в. произошел скачкообразный рост разрыва по ВВП на душу населения и уровню жизни населения между «первым» и «третьим» миром, получивший в начале 2000-х годов название «Великая дивергенция». В XX в. Великая дивергенция продолжалась вплоть до начала 1970-х годов, а затем, в конце 1980-х годов на смену ей пришла Вели- кая конвергенция, когда темпы ...
Добавлено: 3 декабря 2015 г.
Логвенков С. А., Штейн А. А., Российский журнал биомеханики 2013 Т. 17 № 4 С. 47-57
Проведено математическое моделирование с целью изучения влияния проницаемости поясков Каспари по отношению к воде и растворенным веществам на формирование корневого давления. Показано, что давление в сосудах ксилемы, приводящее к остановке вытекания жидкости на срезе корня (корневое давление), уменьшается при увеличении проводимости поясков Каспари по отношению к растворенным веществам при фиксированной гидравлической проводимости. Однако если пояски ...
Добавлено: 30 января 2014 г.
Nicol R., Chapman S., Vertes P. и др., Journal of Neurophysiology (США) 2012 Vol. 107 No. 5 P. 1421-1430
How do human brain networks react to dynamic changes in the sensory environment? We measured rapid changes in brain network organization in response to brief, discrete, salient auditory stimuli. We estimated network topology and distance parameters in the immediate central response period, <1 s following auditory presentation of standard tones interspersed with occasional deviant tones ...
Добавлено: 23 октября 2014 г.