?
(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins
Полный набор белков, ассоциированных с хроматином (совокупно называемый хроматомом), обеспечивает функционирование генома у эукариот, участвуя в широком спектре физико-химических процессов. К ним относятся опосредование разнообразных специфических и неспецифических межмолекулярных взаимодействий, катализ синтеза и модификации макромолекул *in situ*, содействие АТФ-зависимому ремоделированию хроматина и т. д. Несмотря на значительный прогресс в области эпигеномики и структурной характеристики многих ядерных белков и их комплексов, наше понимание организации хроматина на уровне протеома остается неполным. Этот пробел препятствует формированию целостного представления о регуляции генома. В данном исследовании мы представляем современную характеристику хроматома человека, основанную на интегративном метаанализе разнообразных источников данных, описывающих состав, количественное содержание и субъядерную локализацию белков хроматина. Эта работа дополнена оригинальным анализом их физико-химических свойств, доменной архитектуры и паттернов взаимодействий. Для поддержки и систематизации этих исследований мы создали эталонный набор данных о белках хроматина, интегрированный с эмпирической функциональной классификационной онтологией и сопутствующим интерактивным веб-ресурсом SimChrom (доступен по адресу https://simchrom.intbio.org/). Эталонный набор данных был тщательно выверен путем сопоставления информации из баз данных белков, сведений о локализации и результатов экспериментальных исследований методами масс-спектрометрии. Структурный анализ, основанный на данных аминокислотных последовательностей и методах искусственного интеллекта, позволил выявить ранее не аннотированные домены в белках хроматина, требующие экспериментальной проверки, а также обнаружить широкое использование стратегий мультивалентных взаимодействий, лежащих в основе организации хроматина. В совокупности полученные нами результаты создают надежную основу для будущих исследований, направленных на раскрытие механизмов функционирования генома посредством детального анализа белок-белковых взаимодействий и взаимодействий белков с нуклеиновыми кислотами в составе хроматина.