(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins

?

(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins

Nucleic Acids Research. 2026. Vol. 54. No. 2. Article gkaf1489.

Gribkova A., Armeev G. A., Kirpichnikov M., Шайтан А. К.

Полный набор белков, ассоциированных с хроматином (совокупно называемый хроматомом), обеспечивает функционирование генома у эукариот, участвуя в широком спектре физико-химических процессов. К ним относятся опосредование разнообразных специфических и неспецифических межмолекулярных взаимодействий, катализ синтеза и модификации макромолекул *in situ*, содействие АТФ-зависимому ремоделированию хроматина и т. д. Несмотря на значительный прогресс в области эпигеномики и структурной характеристики многих ядерных белков и их комплексов, наше понимание организации хроматина на уровне протеома остается неполным. Этот пробел препятствует формированию целостного представления о регуляции генома. В данном исследовании мы представляем современную характеристику хроматома человека, основанную на интегративном метаанализе разнообразных источников данных, описывающих состав, количественное содержание и субъядерную локализацию белков хроматина. Эта работа дополнена оригинальным анализом их физико-химических свойств, доменной архитектуры и паттернов взаимодействий. Для поддержки и систематизации этих исследований мы создали эталонный набор данных о белках хроматина, интегрированный с эмпирической функциональной классификационной онтологией и сопутствующим интерактивным веб-ресурсом SimChrom (доступен по адресу https://simchrom.intbio.org/). Эталонный набор данных был тщательно выверен путем сопоставления информации из баз данных белков, сведений о локализации и результатов экспериментальных исследований методами масс-спектрометрии. Структурный анализ, основанный на данных аминокислотных последовательностей и методах искусственного интеллекта, позволил выявить ранее не аннотированные домены в белках хроматина, требующие экспериментальной проверки, а также обнаружить широкое использование стратегий мультивалентных взаимодействий, лежащих в основе организации хроматина. В совокупности полученные нами результаты создают надежную основу для будущих исследований, направленных на раскрытие механизмов функционирования генома посредством детального анализа белок-белковых взаимодействий и взаимодействий белков с нуклеиновыми кислотами в составе хроматина.

Научное направление: Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Разработка методик на основе айтрекинга для диагностики когнитивных функций у детей

Ребрейкина А. Б., Левкович К. М., Современная зарубежная психология 2024 Т. 13 № 2 С. 33–43

Создание методик диагностики на основе анализа движений глаз является особенно актуальным для оценки когнитивных функций у детей, которые не могут дать речевой или моторный ответ в силу своего возраста или из-за нарушений развития. Для таких детей использование объективных методов оценки когнитивных функций на основе айтрекинга может стать полезным диагностическим инструментом, дополняющим традиционные поведенческие опросники и ...

Добавлено: 8 сентября 2026 г.

Развитие когнитивных функций детей с помощью методик, использующих видеоокулографию

Ребрейкина А. Б., Левкович К. М., Современная зарубежная психология 2023 Т. 12 № 4 С. 51–61

Активное развитие метода видеоокулографии, т. е. регистрации движений глаз, создает возможности для создания новых подходов для развития когнитивных функций и обучения. Методики, основанные на видеоокулографии, могут быть полезны не только для детей с серьезными нарушениями моторных функций, но и детей с нарушениями развития когнитивных функций, прежде всего внимания, так как контроль движений глаз тесно связан ...

Добавлено: 8 сентября 2026 г.

Вегетативные и поведенческие показатели при увеличении когнитивной нагрузки у здоровых добровольцев

Портнова Г. В., Левкович К. М., Васильева Л. Н. и др., Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2022 Т. 72 № 4 С. 504–519

Когнитивная и эмоциональная нагрузка в ходе увеличения сложности задач приводит к активации различных звеньев вегетативной нервной системы и может сопровождаться как увеличением эффективности решения задач, так и способствовать дестабилизации эмоционального состояния и уменьшению продуктивности. Увеличение когнитивной нагрузки при условии высокой мотивации испытуемых является стрессовым фактором и выражается в различной реакции симпатического и парасимпатического звеньев в ...

Добавлено: 8 сентября 2026 г.

DSCA-HLAII: A dual-stream cross-attention model for predicting peptide–HLA class II interaction and presentation

Шайтан А. К., Ke Y., Hongjun Y. и др., PLoS Computational Biology 2026 Article e1013836

Добавлено: 7 сентября 2026 г.

Salivary Antioxidant Capacity and Magnesium in Generalized Anxiety Disorder

Proskurnina E., Liaukovich K., Bychkovskaya L. и др., Metabolites 2023 Vol. 13 No. 1 P. 73

Добавлено: 7 сентября 2026 г.

Liaukovich K., Sazhin S., Bobrov P. и др., International Journal of Molecular Sciences 2022 Vol. 23 No. 19 P. 11785

Добавлено: 7 сентября 2026 г.

Implicit auditory perception of local and global irregularities in passive listening condition

Liaukovich K., Ukraintseva Y., Martynova O., Neuropsychologia 2022 Vol. 165 P. 108129

Добавлено: 7 сентября 2026 г.

Pupillometry and autonomic nervous system responses to cognitive load and false feedback: an unsupervised machine learning approach

Alshanskaia E., Portnova G., Liaukovich K. и др., Frontiers in Neuroscience 2024 Vol. 18

Добавлено: 7 сентября 2026 г.

Characteristics of the Frequency-Following Response to Changes in the Acoustic Parameters of a Speech Signal (Isolated Syllable)

Oknina L. B., Podlepich V. V., Зибер И. А. и др., Human Physiology 2026 Vol. 52 No. 3 P. 295–301

Добавлено: 6 сентября 2026 г.

Что такое Свобода? Свобода воли, свободы личности, конституционная модель и законодательное регулирование

Момджян К. Х., Кржевов В. С., Поддьяков А. Н. и др., М.: Новые печатные технологии, 2025.

При всей кажущейся ясности и недвусмысленности понятия «свобода» дать ему исчерпывающую научную дефиницию весьма затруднительно. У каждой отрасли знания свой подход к трактовке этого многоаспектного понятия. В ходе обсуждения, материалы которого вошли в настоящий сборник, свобода рассматривается с позиций философии, социологии, юриспруденции, психологии, нейрофизиологии и т.д. Участники дискуссии рассуждают о границах свободы воли и субъектности человека, о соотношении свободы и ...

Добавлено: 6 сентября 2026 г.

Liaukovich K., Panfilova E., Khayrullina G. и др., International Journal of Psychophysiology 2025 Vol. 207 P. 112475

Добавлено: 5 сентября 2026 г.

The acoustic features of sincere joyful, sad, and fearful human non-verbal vocalizations and its effect on the emotional valence of cat’s meowing

Portnova G., Liaukovich K., Sharaev M., Cognitive Neurodynamics 2025 Vol. 19 Article 181

Добавлено: 5 сентября 2026 г.

Validation of the obsessive–compulsive disorder-triggering image set (OCD-TIS)

Liaukovich K., Bainbridge E., Khayrullina G. и др., Neuroscience and Behavioral Physiology 2026 Vol. 56 P. 10–19

Добавлено: 5 сентября 2026 г.

Commentary: Deep learning in obsessive-compulsive disorder: a narrative review

Kashevarova O., Portnova G., Khayrullina G. и др., Frontiers in Psychiatry 2026 Vol. 17 P. 1776019

Добавлено: 5 сентября 2026 г.

Does Sound Timing Organization Matter? How Time Interval Influences the Perception of Closely Spaced Frequencies

Liaukovich K., Martynova O., Brain Sciences 2026 Vol. 5 No. 16 P. 439

Добавлено: 4 сентября 2026 г.

Прогностическое значение полигенного профиля риска при дилатационной кардиомиопатии: анализ краткосрочной выживаемости

Волчкова Е. А., Легкова К. С., Минушкина Л. О. и др., Российский кардиологический журнал 2026 Т. 31 № 8S Статья 6987

Цель. Оценить вклад полигенных шкал риска в модель краткосрочного прогнозирования летальности у пациентов с дилатационной кардиомиопатией (ДКМП). Материал и методы. В исследование включены 137 пациентов с ДКМП. Средний возраст составил 56,8±13,5 года; мужчин было 115 (83,9%). Медиана периода наблюдения составила 17 [13; 22] месяцев. За время наблюдения умерли 26 пациентов (19,0%). Для выявления предикторов краткосрочной общей летальности построена ...

Добавлено: 24 августа 2026 г.

Reconstruction of EEG signals using next-generation reservoir computing

Badarin A., Ратников Ф. Д., Andreev A., European Physical Journal: Special Topics 2026 P. 1–10

Добавлено: 12 августа 2026 г.

HPRC2: A human pangenome reference with near-complete coverage of common genetic variation

Lucas J., Hebbar P., Рябов Ф. Д. и др., / Series 10.64898/2026.07.21.739710 "10.64898/2026.07.21.739710". 2026.

Пангеномный референс позволяет преодолеть фундаментальное ограничение любого отдельного референсного генома за счёт интеграции генетической вариабельности, представленной в популяции. Мы представляем Release 2 Консорциума по созданию референсного пангенома человека (Human Pangenome Reference Consortium, HPRC2) — общедоступную пангеномную сборку второго этапа, которая примерно в пять раз превосходит HPRC Release 1 (HPRC1) по числу представленных геномов и демонстрирует ...

Добавлено: 10 августа 2026 г.

Encyclopedia of Ecology, 3rd Edition. Volume 3

Сандлерский Р. Б., Elsevier, 2026.

Добавлено: 9 августа 2026 г.

Structure of the Obligate Heterodimer of the IHF Protein in Solution and in the Crystal

Dadinova L., Petoukhov M., Можаев А. А. и др., Crystallography Reports 2026 Vol. 71 P. 52–58

Добавлено: 6 августа 2026 г.

Functional Brain Connectivity and Musical Training: Insights from EEG Phase Synchronization during Music Perception

A. Radygina, S. Kulikova, Herald of the Russian Academy of Sciences 2025 Vol. 95 No. 6 P. 963–970

Музыкальное обучение оказывает значительное влияние на организацию мозга, вызывая функциональные и структурные адаптации, которые усиливают слуховые, зрительные, моторные и когнитивные процессы. В данном исследовании изучается, как интенсивное музыкальное обучение формирует функциональную связность мозга, путём сравнения профессиональных музыкантов и не-музыкантов. С использованием анализа значения фазовой синхронизации (PLV) по данным ЭЭГ мы оценили нейронную синхронизацию в альфа-, ...

Добавлено: 5 августа 2026 г.

From farm to fuel: Cumulative energy demand and biofuel potential of major plant protein sources

Жданов В. Л., Bondareva J., Evlashin S., Bioresource Technology Reports 2026 Vol. 35 Article 102977

Добавлено: 4 августа 2026 г.

EEG evidence for reproducible neural states during Buddhist Highest Yoga Tantra meditation

Mikhaylets E. V., Razorenova A. М., Chernyshev V. L. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 Article 23560

Добавлено: 29 июля 2026 г.

Фискально-административная система средневековой Руси XIV – первой половины XVI века: княжеский домен, служебная организация и «чернокунские» волости

Аракчеев В. А., Славяноведение 2026 № 2 С. 5–19

В статье осуществлен ретроспективный анализ данных о служебной организации в Тверском и Владимирском уездах в XVI в., на основе которого построена модель княжеского домена в Северо-Восточной Руси удельной эпохи. Проведено сравнительное исследование служебной организации и других форм эксплуатации тяглого населения на северо-западе Руси и в Великом княжестве Литовском в XIV – начале XVI в. Исследовано ...

Добавлено: 11 июня 2026 г.