?
Настройка нелинейной модели данных экспериментов с экспрессионными ДНК-микрочипами
Математическая биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 554-566.
Рябенко Е.А.
Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её основе оценки экспрессии более устойчивы.
Приоритетные направления:
компьютерно-математическое
Язык:
русский
Il'icheva I., Khodikov M., Nechipurenko D. и др., BMC Genomics 2016 Vol. 17 No. 1 P. 973
Добавлено: 8 марта 2017 г.
Смоленск : Смоленский государственный университет, 2012
Сборник включает материалы, представленные на Международную конференцию ИнтерКарто-ИнтерГИС-18. Рассматриваются теоретические и методические аспекты геоинформационного обеспечения задач устойчивого развития, в том числе вопросы разработки и создания различных геоинформационных систем и новых геоинформационных технологий и виртуальных сред, создания инфраструктур пространственных данных, баз данных, их интеграций и метаданных, геосервисов, обработки дистанционных изображений и исследования Земли из космоса. Предлагаются ...
Добавлено: 20 марта 2013 г.
Бухаров О. Е., Боголюбов Д. П., Федоров В. М. и др., Криосфера Земли 2016 № 3 С. 43-50
На основе определения связи приходящей на верхнюю границу атмосферы солнечной радиации и площади морских льдов в Северном полушарии выполнено среднесрочное прогнозирование изменения площади морских льдов с применением математических методов статистического и нейросетевого моделирования. Анализ прогнозов доказывает, что наиболее значимым фактором, определяющим вариации максимальных и минимальных значений площади морских льдов в многолетнем режиме, является изменчивость приходящей ...
Добавлено: 18 августа 2016 г.
We study the fraction f of nucleotides involved in the formation of a cactuslike secondary structure of random heteropolymer RNA-like molecules. In the low-temperature limit, we study this fraction as a function of the number c of different nucleotide species. We show, that with changing c, the secondary structures of random RNAs undergo a morphological transition:f(c)→1 for c≤ccr as the chain length n goes ...
Добавлено: 18 ноября 2013 г.
Каз. : СМУиС, 2013
Вторая Всероссийская молодежная научная Интернет-конференция «Грани науки» проводится Казанским (Приволжским) федеральным университетом, Советом молодых ученых и специалистов города Казани (http://kznscience.ru) и Комитетом по делам детей и молодежи Исполкома Казани. ...
Добавлено: 7 июля 2016 г.
Назипова Н. Н., Исаев Е. А., Корнилов В. В. и др., Математическая биология и биоинформатика 2017 Т. 12 № 1 С. 102-119
Секвенирование человеческого генома началось в 1994 году. Понадобилось 10 лет работы многих научных коллективов для того, чтобы получить черновую последовательность ДНК человека. Современные технологии секвенирования позволяют получать геном конкретного человека за несколько дней. Обсуждаются успехи современной биоинформатики, связанные с появлением высокопроизводительных платформ секвенирования, которые не только способствовали расширению возможностей различных направлений биологии и других смежных ...
Добавлено: 3 марта 2017 г.
M. : HSE, 2013
Human reasoning uses to distinguish things that do change and things do not. The latter are commonly expressed in the reasoning as objects, which may represent classes or instances, and classes being further divided into concept types and relation types. These became the main issue of knowledge engineering and have been well tractable by computer. ...
Добавлено: 27 октября 2013 г.
Dubois J., Poupon C., Thirion B. и др., Cerebral Cortex 2015 Vol. 26 No. 5 P. 2283-2298
Linguistic processing is based on a close collaboration between temporal and frontal regions connected by two pathways: the “dorsal” and “ventral pathways” (assumed to support phonological and semantic processing, respectively, in adults). We investigated here the development of these pathways at the onset of language acquisition, during the first post-natal weeks, using cross-sectional diffusion imaging ...
Добавлено: 22 октября 2015 г.
М. : Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2016
До сих пор нет программных средств в открытом доступе, которые бы сравнивали последовательности на уровне вторичной структуры, так как методы сравнения и визуализации требуют дальнейшего развития. Мы разработали программное средство, DNAStructProfiler, которое позволяет исследователям обнаруживать консервативные позиции вторичных структур ДНК/РНК, такие как структуры стебель-петля, квадруплексы, триплексная ДНК, и любые другие структуры. Программный пакет с открытым ...
Добавлено: 8 марта 2017 г.
Баулин Е. Ф., Ройтберг М. А., Математическая биология и биоинформатика 2015 Т. 10 № 1 С. 54-59
В работе предлагается подход к описанию сложных фрагментов третичной структуры РНК, основанный на понятии стемовых мультиплетов, т. е. элементов структуры, образованных двумя и более стемами. С помощью базы данных структур РНК (http://server3.lpm.org.ru/urs/) составлен список всех стемовых мультиплетов, встречающихся в базе PDB. ...
Добавлено: 30 марта 2015 г.
Боброва Е. В., Решетникова В. В., Волкова К. В. и др., Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2017 Т. 67 № 4 С. 485-492
Исследовали обучение управлению системой “Интерфейс мозг-компьютер” (ИМК) с помощью специально разработанного тренинга. Тренинг включал осуществление медленных циклических движений правой и левой рукой (длительность каждого движения соответствовала длительности представлений движений руки при работе с ИМК), представление этих движений, а также спокойное сидение до начала движений. До проведения тренинга и после него осуществлялось управление ИМК. По тесту ...
Добавлено: 20 октября 2017 г.
Баулин Е. Ф., Ройтберг М. А., Астахова Т. В., Математическая биология и биоинформатика 2012 Т. 7 № 2 С. 567-571
Предложена классификация элементов вторичной структуры РНК, которая является обобщением классификации петель, предложенной Мэтьюзом и Тернером. Эта классификация позволяет единообразно описывать структуры как содержащие, так и не содержащие псевдоузлы. ...
Добавлено: 30 января 2013 г.
В статье представлена технология, позволяющая собирать в полевых исследованиях пространственно локализованные данные об объектах городской среды. Технология основана на автоматической привязке фотографий к пространственным координатам. Приведен план полевых и камеральных мероприятий, предложены варианты ГИС-обработки собираемых таким образом данных. В качестве примера приведены данные об использовании белорусского языка в общественном пространстве городов Белоруссии. ...
Добавлено: 12 апреля 2015 г.
М. : Издательский дом "Типография" Россельхозакадемии, 2014
Настоящий сборник подготовлен по материалам всероссийской научной конференции «Математика, информатика, естествознание в экономике и обществе» (МИЕСЭКО 2014), проведенной по инициативе Московского финансово-юридического университета МФЮА 31 января 2014 года. В сборнике представлены доклады по различным проблемам математики, информатики, есте- ствознания, экономики и других дисциплин. ...
Добавлено: 7 февраля 2014 г.
Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017
Процессы трансформации энергии и регуляции этих процессов при изменении характеристик внешней и внутренней среды лежат в основе устойчивого существования всех живых систем. Монография содержит главы, посвященные физико-химическим механизмам регуляции процессов на молекулярном, субклеточном и клеточном уровнях. В книге описаны результаты последних достижений отечественной науки в области фолдинга белка (Финкельштейн и др.), молекулярных основ взаимодействия белков ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Кертес-Фаркаш А., Noble W., Journal or Proteome Research 2015 Vol. 14 No. 8 P. 3027-3038
Добавлено: 25 сентября 2015 г.
Nurk S., Bankevich A., Antipov D. и др., Journal of Computational Biology 2013 Vol. 20 No. 10 P. 714-737
Добавлено: 21 марта 2014 г.
Заходякин Г. В., Успехи в химии и химической технологии 2014 Т. 28 № 10 (159) С. 97-100
Предложен подход к описанию структуры производственно-логистической сети предприятия нефтегазохимического комплекса с использованием графа операций и состояний. Представлена методика комплексного эколого-экономического анализа производственно-логистической сети на основе методологии оценки жизненного цикла. Описана архитектура программного комплекса, позволяющего решать задачи проектирования производственно-логистических сетей предприятий нефтегазохимического комплекса на основе предложенного подхода. ...
Добавлено: 27 февраля 2016 г.
Коротаев А. В., Вестник Института экономики Российской академии наук 2015 № 1 С. 149-162
В XIX в. произошел скачкообразный рост разрыва по ВВП на душу населения и уровню жизни населения между «первым» и «третьим» миром, получивший в начале 2000-х годов название «Великая дивергенция». В XX в. Великая дивергенция продолжалась вплоть до начала 1970-х годов, а затем, в конце 1980-х годов на смену ей пришла Вели- кая конвергенция, когда темпы ...
Добавлено: 3 декабря 2015 г.
Коротаев А. В., de Munck V., Cross - Cultural Research 2007 Vol. 41 P. 307-335
This article hypothesizes that in societies where spouses are considered to have relatively equal status, they are more likely to be intimate with one another than in societies where there is spousal status inequality. The authors ask: What are the core attributes of intimacy between husband and wife cross-culturally? And what sociocultural norms and practices are ...
Добавлено: 8 марта 2013 г.
Красноярск : ИВМ СО РАН, 2013
Труды Пятой Международной конференции «Системный анализ и информационные технологии» САИТ-2013 (19–25 сентября 2013 г., г.Красноярск, Россия): ...
Добавлено: 18 ноября 2013 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.