Comparative Analysis of Spacer Targets in CRISPR-Cas Systems of Starter Cultures

A. A. Fatkulin; T. A. Chuksina; Sorokina N. P.; Smykov I. T.; Kuraeva E. V.; Masezhnaya E. S.; Smagina K. A.; M. Yu. Shkurnikov

doi:10.32607/actanaturae.27533

?

Comparative Analysis of Spacer Targets in CRISPR-Cas Systems of Starter Cultures

Acta Naturae. 2024. Vol. 16. No. 4. P. 81–85.

A. A. Fatkulin, T. A. Chuksina, Sorokina N. P., Smykov I. T., Kuraeva E. V., Masezhnaya E. S., Smagina K. A., M. Yu. Shkurnikov

Предприятия молочной промышленности представляют собой уникальную экологическую нишу для бактериофагов молочнокислых бактерий. В ходе эволюции бактерии выработали широкий спектр защитных механизмов, направленных против инфекций, вызванных бактериофагами. Особый интерес представляет система CRISPR-Cas, которая позволяет бактериям приобретать специфичную устойчивость к определенным бактериофагам. В представленной работе изучены системы CRISPR-Cas молочнокислых бактерий. Особое внимание было уделено специфичности спейсеров CRISPR-кассет. Системы CRISPR-Cas выявлены в геномах 43% исследованных молочнокислых бактерий. Кроме того, лишь 13.1% от общего числа спейсеров CRISPR-кассет совпадали с геномами бактериофагов, что свидетельствует о том, что многие из предсказанных спейсеров либо не имеют известных фаговых мишеней, либо направлены против других видов мобильных генетических элементов, например, плазмид.

Научное направление: Биология Промышленные биотехнологии

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: bacteriophage CRISPR-Cas One Health starter cultures cheesemaking CRISPR-Cas единое здоровье сыроделие заквасочные культуры бактериофаг

Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум.

Рыскина Е. А., Лобаева Т. А., Ануркина А. И., Ваш формат, 2025.

Я Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум. Аннотация Аннотация к практикуму «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология» Учебное пособие «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум» (авторы: Лобаева Т. А., Рыскина Е. А., Ануркина А. И.; издательство «Ваш формат», 2025 год, 194 страницы) предназначено для студентов высших учебных заведений. Цель практикума — обеспечить комплексное освоение ключевых разделов биологии с акцентом на их прикладное значение в медицине. ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Embryonic enhancers help transmit positional information to the initiator cores that control Drosophila Abd-B regulatory domains.

Kyrchanova O., Kudryashova K., Ibragimov A. и др., Development 2025 Vol. 152 No. 19 Article 205051

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Initiators counteract Polycomb repression and stimulate long-range contacts between enhancers and the Abdominal-B promoter in Drosophila

Kyrchanova O., Ksenia Kudryashova, Dubrovskaya V. и др., Open Biology 2025 Vol. 15 No. 11 Article 250192

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Construction of Promoter Elements for Strong, Moderate, and Weak Gene Expression in Drosophila melanogaster

Kudryashova K.S., Deriglazova I. O., Osadchiy I. S. и др., Genes 2025 Vol. 16 No. 1 Article 3

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Diverse β-bungarotoxin isoforms manifest different affinities to voltage-gated potassium channels of Kv1.x subfamily

Ksenia Kudryashova, Filippova E., Kryukova E. и др., Archives of Biochemistry and Biophysics 2025 Vol. 769 Article 110437

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Kolmogorov–Arnold networks for genomic tasks

Попцова М. С., Briefings in Bioinformatics 2025 Vol. 26 No. 2 P. 1–11

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Molecular biology of the deadliest cancer – glioblastoma: what do we know?

Aly Ismailov, Спаллоне А., Belogurov A. и др., Frontiers in Immunology 2025 Vol. 16 Article 1530305

Добавлено: 17 июня 2026 г.

Unique morphology and ecology lifestyle of a new craniiform brachiopod from the Upper Ordovician of Estonia (Baltica)

Темерева Е. Н., Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 2026 Vol. 697 P. 1–11

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Does the pedicle exist in craniiform brachiopods?

Темерева Е. Н., Zoological Journal of the Linnean Society 2025 Vol. 205 No. 2 P. 1–13

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Microbial diversity and production of milk spirit using traditional Buryat fermentation and distillation technologies

Namsaraev Z., Nanzatov B., Козлова А. Д. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 No. 1 Article 17769

Дистиллированные кисломолочные напитки встречаются в пищевой промышленности редко, несмотря на повсеместное распространение растительных спиртных напитков. В настоящее время производство крепких дистиллированных алкогольных напитков из кисломолочных продуктов с использованием традиционных технологий известно лишь среди монголоязычных народов и их сибирских соседей. Данное исследование представляет собой первый междисциплинарный анализ дарасуна, традиционного бурятского спиртного напитка, изготавливаемого из кисломолочного напитка ...

Добавлено: 10 июня 2026 г.

Video games as stimuli in neuroimaging studies: a minireview

Blank I., Ключарёв В. А., Шестакова А. Н., Frontiers in Human Neuroscience 2026 Vol. 20 Article 1687121

Добавлено: 6 июня 2026 г.

Adaptive glucose homeostasis in the desert rodent Acomys cahirinus: high glucose tolerance, liver metabolic shifts, and visceral adiposity

Болдырева М. А., Mohammad R., Agareva M. и др., FRONTIERS IN ANIMAL SCIENCE 2026 Vol. 7 Article 1837838

Добавлено: 3 июня 2026 г.

ИССЛЕДОВАНИЕ АССОЦИАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ С РАЗВИТИЕМ МУЗЫКАЛЬНЫХ СПОСОБНОСТЕЙ ЧЕЛОВЕКА

Kazantseva A. V., A.V. Toropova, Khusnutdinova E. K. и др., ВАВИЛОВСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ, Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук» (ИЦиГ СО РАН) (Новосибирск) 2025 Vol. 30 No. 3 P. 470–481

Формирование музыкальных способностей, включающих абсолютный слух, музыкальную память, чувство ритма, музыкальность, в значительной степени определяется наследственной составляющей (до 68 %). Проведенные к настоящему времени работы с использованием полногеномного анализа сцепления и ассоциаций с музыкальной одаренностью позволили выявить более 100 генетических локусов. В этот спектр входят гены транскрипционных факторов, регуляции нейрогенеза и синаптической пластичности; гены, закрепленные ...

Добавлено: 29 мая 2026 г.

Sweet-taste liking is associated with preference for less risky and immediate rewards in economic decision-making

Anna Davidovich, Anna N. Shestakova, Арзуманян Н. Г. и др., Frontiers in Psychology 2026 Vol. 17 Article 1764306

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Novelty, Category and Orientation Tuning for Printed Characters: A Magnetoencephalography Study with Fast Periodic Visual Stimulation

Кочеткова Е. В., Kostanian D., Мартынова О. В. и др., Brain Topography 2026 Vol. 39 No. 4 Article 51

Добавлено: 24 мая 2026 г.

Molecular dynamics simulations refine the pathogenicity of ACVRL1 kinase domain variants by quantifying impacts on ATP binding in pulmonary arterial hypertension

Боровикова И. И., Uporov I., Охрименко Г. С. и др., Journal of Structural Biology 2026 Vol. 218 No. 2 Article 108315

Добавлено: 20 мая 2026 г.

uPAR deficiency triggers TGFβ1-mediated fibrotic remodeling in a cardiac perivascular-like microenvironment

Goltseva Y., Tsokolaeva Z., Beloglazova I. и др., Stem Cell Research and Therapy 2026 Vol. 17 No. 1 Article 112

Добавлено: 19 мая 2026 г.

The interplay of objective fat content and subjective fat perception in determining consumer acceptance of bovine milk

Семенова Д. В., Радыгина А. А., Зарипова Ю. О. и др., Nutrition and Food Science 2026 P. 1–13

Добавлено: 14 мая 2026 г.

Motor imagery perspective shapes corticospinal excitability with effector-specific effects

Перевознюк Г. С., Батов А. А., Плесковская А. С. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 Article 13098

Добавлено: 5 мая 2026 г.

Multimodal EEG, ECG, and video dataset of yoga practitioners during concentration and mind-wandering tasks

Kashevnik A., Glekler E., Артёменко Е. Д. и др., Scientific data 2026 Article 7209

Добавлено: 23 апреля 2026 г.

Комплексная характеристика пяти штаммов Lactococcus: от фенотипических свойств к геномным особенностям

Антипенко И. Д., Сорокина Н. П., Кучеренко И. В. и др., Acta Naturae 2025 Т. 17 № 4 С. 83–92

Эффективность ферментации молочных продуктов зависит от характеристик молочнокислых бактерий, прежде всего от их метаболической активности и устойчивости к бактериофагам, поэтому важно понимать связь между генетическими и фенотипическими особенностями штаммов, используемых в промышленности. Нами проведен комплексный анализ пяти широко применяемых в России штаммов Lactococcus с использованием полногеномного секвенирования и оценки фенотипических свойств. Несмотря на генетическое сходство четырех штаммов L. ...

Добавлено: 30 января 2026 г.

An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems including rare variants

Makarova K., Sergey A. Shmakov, Wolf Y. и др., Nature Microbiology 2025 Vol. 10 No. 12 P. 3346–3361

Добавлено: 10 ноября 2025 г.