• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • A
  • A
  • A
  • A
  • A
Обычная версия сайта
  • RU
  • EN
  • HSE University
  • Publications
  • Articles
  • Haplotype-resolved DiMeLo-seq maps centromeric chromatin in a complete diploid human genome
  • RU
  • EN
Расширенный поиск
Высшая школа экономики
Национальный исследовательский университет
Priority areas
  • business informatics
  • economics
  • engineering science
  • humanitarian
  • IT and mathematics
  • law
  • management
  • mathematics
  • sociology
  • state and public administration
by year
  • 2027
  • 2026
  • 2025
  • 2024
  • 2023
  • 2022
  • 2021
  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2017
  • 2016
  • 2015
  • 2014
  • 2013
  • 2012
  • 2011
  • 2010
  • 2009
  • 2008
  • 2007
  • 2006
  • 2005
  • 2004
  • 2003
  • 2002
  • 2001
  • 2000
  • 1999
  • 1998
  • 1997
  • 1996
  • 1995
  • 1994
  • 1993
  • 1992
  • 1991
  • 1990
  • 1989
  • 1988
  • 1987
  • 1986
  • 1985
  • 1984
  • 1983
  • 1982
  • 1981
  • 1980
  • 1979
  • 1978
  • 1977
  • 1976
  • 1975
  • 1974
  • 1973
  • 1972
  • 1971
  • 1970
  • 1969
  • 1968
  • 1967
  • 1966
  • 1965
  • 1964
  • 1963
  • 1958
  • More
Subject
News
October 8, 2026
HSE Experts Take Part in 23rd Annual Meeting of Valdai Discussion Club
The 23rd Annual Meeting of the Valdai Discussion Club was held from September 28 to October 1, 2026 under the theme ‘Responsibility for the Future: Limits of the Possible, or Limitless Possibilities?’ The forum brought together 120 experts from 40 countries, including representatives of China, the United States, India, Brazil, the United Kingdom, Germany, Egypt, Iran, and Japan.
October 7, 2026
‘Our Team Consists of True Leaders in Their Respective Academic Disciplines
The HSE International Centre of Decision Choice and Analysis studies a wide range of methods for analysing decision-making and possible scenarios for the development of natural, socio-economic, and political phenomena using various mathematical models. The application of advanced mathematical methods to forecasting helps to prevent negative outcomes and avoid erroneous decisions. The HSE News Service spoke to the centre’s director, Prof. Fuad Aleskerov, about its work.
October 6, 2026
International N5 Symposium ‘Neural Networks and Nonlinearity in Nizhny Novgorod Brings Together Scientists from Russia and Serbia
The International N5 Symposium ‘Neural Networks and Nonlinearity in Nizhny Novgorod’ was held at the Nizhny Novgorod House of Scientists from September 23 to 26. The event was organised by HSE University–Nizhny Novgorod and the Nizhny Novgorod House of Scientists, with the participation of Sberbank and the Institute of Physics Belgrade. The symposium was held for the second time: the first conference took place in 2025 and attracted considerable interest from the academic community.

 

Have you spotted a typo?
Highlight it, click Ctrl+Enter and send us a message. Thank you for your help!

Publications
  • Books
  • Articles
  • Chapters of books
  • Working papers
  • Report a publication
  • Research at HSE

?

Haplotype-resolved DiMeLo-seq maps centromeric chromatin in a complete diploid human genome

USA. 2026. Vol. 6. No. 8. Article 101324.
Xu Y., Ryabov F., Alexandrov I., Miga K.

Центромеры обеспечивают расхождение хромосом, однако организацию их хроматина в пределах повторяющейся альфа-сателлитной ДНК долгое время было трудно изучать. Для решения этой задачи мы создали гаплотип-разрешённые аннотации сателлитной ДНК для полной диплоидной сборки генома человека T2T-HG002. Затем с помощью метода направленного метилирования с секвенированием длинных прочтений (DiMeLo-seq) мы картировали центромерный белок A (CENP-A), модификацию H3K9me3 и метилирование CpG на ультрадлинных нанопоровых прочтениях, полученных с применением адаптивного отбора.

Мы обнаружили, что CENP-A занимает несколько обособленных субдоменов внутри гипометилированных участков центромер — областей пониженного метилирования (CDR). Их суммарный размер ограничен, а количество CENP-A сбалансировано между гомологичными хромосомами, несмотря на значительные различия в массивах сателлитных повторов.

Мы также показали, что длительное культивирование лимфобластоидных клеток и перепрограммирование в индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (иПСК) перестраивают метилирование ДНК, изменяют количество CENP-A и организацию субдоменов CDR.

Эти результаты формируют основу для изучения пластичности центромер человека, эпигенетического наследования и хромосомной нестабильности в процессе развития и при заболеваниях — на уровне отдельных молекул и с разрешением отдельных гаплотипов.

Research target: Biology
Language: English
Full text
DOI
Text on another site
Keywords: геномикаcentromereгеномика центромерcentromere genomicspericentromere
Similar publications
HLA class I escape drives the evolution of SARS-CoV-2 in human populations
Ekaterina D. Riumina, Klink G. V., Alekseeva E. et al., PNAS, США 2026 Vol. 123 No. 35 P. 1–20
The role of escape from the cytotoxic T cell (CTL) response in SARS-CoV-2 evolution remains controversial. Here, we study the origin and spread of SARS-CoV-2 variants whose mutations reduce presentation by the HLA class I alleles common in human populations. We find that 35% of mutations that are characteristic of the variants of concern, and ...
Added: October 2, 2026
Pericyte-derived cancer-associated fibroblasts correlate with poor survival and are enriched after chemoradiotherapy in glioblastoma
Aly Ismailov, Poptsova M., Plos One 2026 Vol. 21 No. 9 Article e0355902
Added: October 2, 2026
Профессиональная учебная практика: I курс. Введение в биотехнологию, клеточную и молекулярную биологию : учебно-методическое пособие для студентов и преподавателей
Knyazev E., Чеботарева О. Е., М.: Издательский дом НИУ ВШЭ, 2026.
This teaching and learning guide provides a concise overview of the theoretical and practical aspects of the basic skills required to work in a biological laboratory. It also includes protocols for practical classes conducted as part of the introductory professional training placement for first-year students in the Bachelor’s programme in Cell and Molecular Biotechnology at ...
Added: September 30, 2026
Анализ in silico вероятных зависимостей «структура-активность» этанола
Ryskina H., Knyazev E., Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии 2026 Т. 29 № 9 С. 84–91
Introduction. The active integration of rapidly developing omics and computer technologies in the 21st century has led to a breakthrough in understanding the principles of the functioning of living systems. One of the dynamically developing integrative areas in biology is biological modeling. The fundamental paradigm has been the methodology that allows for the prediction of ...
Added: September 29, 2026
A New Recruitable E3 Ligase UHRF1 Supporting Targeted Protein Degradation: A Minimal Azide as a Recruitment Ligand
Gureev M., Advanced Science 2026 P. 1–13
Targeted protein degradation represents a promising therapeutic strategy, yet its broader application is often limited by the scarcity of usable E3 ligases. Glutathione peroxidase 4 (GPX4) is a key target for inducing ferroptosis, but achieving sustained and potent inhibition remains challenging with conventional enzymatic inhibitors. Herein, we report the first small‐molecule GPX4 degraders that incorporate ...
Added: September 26, 2026
A28-04 Measuring the Polygenic Risk of Thrombosis May Accelerate the Detection of Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension Among Other Forms of Pulmonary Hypertension
Diachkova E., Nikulin D., Кубкин Я. В. et al., American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 2026 Vol. 212
Accurate classification of a patient with pulmonary hypertension (PH) into one of five groups is fundamental for appropriate disease management strategies. The time from disease onset to correct diagnosis is unacceptably long in many cases. Chronic thromboembolic pulmonary hypertension (CTEPH) develops as a consequence of venous thromboemboli, resulting in a more pronounced hereditary predisposition to ...
Added: September 23, 2026
A complete genome for the common marmoset
Hebbar P., Ryabov F., Alexandrov I. et al., Cell 2026 Vol. 189 P. 4891–4908.e12
The common marmoset is a New World monkey widely used to study primate evolution and human disease. We present a telomere-to-telomere (T2T) reference assembly for the species, plus three near-T2T haplotypes. These resolve previously inaccessible regions, including the centromeres, sex chromosomes, subterminal satellites, acrocentric chromosomes, and the major histocompatibility complex (MHC). We find marmoset centromeres ...
Added: September 23, 2026
Peptide language pragmatic analysis and two-stage hierarchical learning framework for therapeutic peptide prediction
Shaitan A., Ke Y., Shutao C. et al., 2026 No. 24 Article 181
Background Therapeutic peptides exert pivotal effects in diverse biological processes, and have attracted significant interest in the field of biomedicine in recent years. However, most existing methods often fail to adequately capture the intricate interactions among amino acid residues and the contextual dependencies within peptide sequences, which hampers the extraction of deep semantic representations and ...
Added: September 18, 2026
A functional systems view on neural tracking of natural speech
Anton Rogachev, Sysoeva O., Frontiers in Systems Neuroscience 2025 Vol. 19 Article 1658243
Added: September 17, 2026
Neural tracking of natural speech in children in relation to their receptive speech abilities
Anton Rogachev, Sysoeva O., Cognitive Systems Research 2024 Vol. 86 Article 101236
Receptive speech is the ability to understand speech addressed to a person. It is a crucial process for a child’s cognitive development. We examine the relationship between receptive speech and neural tracking of natural speech in 52 children aged 3–8 years to infer the neurophysiological mechanisms underlying speech development. We registered a 32-channel electroencephalogram (EEG) ...
Added: September 17, 2026
Изоформы микроРНК hsa-miR‐143-3p как регуляторы HK2 и SERPINE1 при гипоксии трофобласта и преэклампсии
Чеботарева О. Е., Пирогов А. А., Antipenko I. et al., Доклады российской академии наук. Науки о жизни 2026 Т. 529 № 1 С. 389–395
Preeclampsia (PE) is a severe obstetric complication caused by chronic placental ischaemia. Genome-wide profiling of microRNA isoforms in two trophoblast hypoxia models (CoCl2 and the oxyquinoline derivative neuradapt, BeWo b30 cells) and clinical PE samples (placental tissue, syncytiotrophoblast vesicles) revealed concordant downregulation of hsa-miR-143-3p isoforms. Under a strict fold-change threshold, the canonical isoform (21 nt) ...
Added: September 16, 2026
Vague stimulating ideas, images and metaphors in scientific thinking: researchers' work with horizons of unclear knowledge
Poddiakov A., / Series Social Science Research Network "Social Science Research Network". 2026. No. 7437658.
Clarity of knowledge and reasoning is necessary in many cases. Yet vagueness in scientific thinking related to surprise, curiosity, "ability to engage with not-knowing" (de Freitas) and abductive reasoning is also a crucially important source of scientific creativity which supplements combinatorial logic when dealing with the already known. Starting from studies by C. S. Peirce ...
Added: September 15, 2026
Discovering New Orthologous Groups with P-COGs
Bug D. S., Kuzovenkova D. A., Tishkov A. V. et al., Biochemical Genetics 2026
Deciphering the evolutionary history of genes is foundational for biomedical research, enabling the identification of compensatory mutations in disease-associated genes and the selection of evolutionarily relevant model organisms. However, challenges of multi-isoform handling, the presence of incomplete genomes/proteomes initial datasets, and problems of evolutionary history representation are still present. To address these issues, we introduce ...
Added: September 14, 2026
Разработка методик на основе айтрекинга для диагностики когнитивных функций у детей
Ребрейкина А. Б., Liaukovich K., Современная зарубежная психология 2024 Т. 13 № 2 С. 33–43
Создание методик диагностики на основе анализа движений глаз является особенно актуальным для оценки когнитивных функций у детей, которые не могут дать речевой или моторный ответ в силу своего возраста или из-за нарушений развития. Для таких детей использование объективных методов оценки когнитивных функций на основе айтрекинга может стать полезным диагностическим инструментом, дополняющим традиционные поведенческие опросники и ...
Added: September 8, 2026
Развитие когнитивных функций детей с помощью методик, использующих видеоокулографию
Ребрейкина А. Б., Liaukovich K., Современная зарубежная психология 2023 Т. 12 № 4 С. 51–61
Активное развитие метода видеоокулографии, т. е. регистрации движений глаз, создает возможности для создания новых подходов для развития когнитивных функций и обучения. Методики, основанные на видеоокулографии, могут быть полезны не только для детей с серьезными нарушениями моторных функций, но и детей с нарушениями развития когнитивных функций, прежде всего внимания, так как контроль движений глаз тесно связан ...
Added: September 8, 2026
Вегетативные и поведенческие показатели при увеличении когнитивной нагрузки у здоровых добровольцев
Портнова Г. В., Liaukovich K., Васильева Л. Н. et al., Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2022 Т. 72 № 4 С. 504–519
Когнитивная и эмоциональная нагрузка в ходе увеличения сложности задач приводит к активации различных звеньев вегетативной нервной системы и может сопровождаться как увеличением эффективности решения задач, так и способствовать дестабилизации эмоционального состояния и уменьшению продуктивности. Увеличение когнитивной нагрузки при условии высокой мотивации испытуемых является стрессовым фактором и выражается в различной реакции симпатического и парасимпатического звеньев в ...
Added: September 8, 2026
DSCA-HLAII: A dual-stream cross-attention model for predicting peptide–HLA class II interaction and presentation
Shaitan A., Ke Y., Hongjun Y. et al., PLoS Computational Biology 2026 Article e1013836
The interaction between peptides and human leukocyte antigen class II (HLA-II) molecules plays a pivotal role in adaptive immune responses, as HLA-II mediates the recognition of exogenous antigens and initiates T cell activation through peptide presentation. Accurate prediction of peptide-HLA-II binding serves as a cornerstone for deciphering cellular immune responses, and is essential for guiding the optimization of antibody therapeutics. ...
Added: September 7, 2026
Salivary Antioxidant Capacity and Magnesium in Generalized Anxiety Disorder
Proskurnina E., Liaukovich K., Bychkovskaya L. et al., Metabolites 2023 Vol. 13 No. 1 P. 73
Added: September 7, 2026
Event-Related Potential Study of Recovery of Consciousness during Forced Awakening from Slow-Wave Sleep and Rapid Eye Movement Sleep
Liaukovich K., Sazhin S., Bobrov P. et al., International Journal of Molecular Sciences 2022 Vol. 23 No. 19 P. 11785
Added: September 7, 2026
Implicit auditory perception of local and global irregularities in passive listening condition
Liaukovich K., Ukraintseva Y., Martynova O., Neuropsychologia 2022 Vol. 165 P. 108129
Added: September 7, 2026
HPRC2: A human pangenome reference with near-complete coverage of common genetic variation
Lucas J., Hebbar P., Ryabov F. et al., / Series 10.64898/2026.07.21.739710 "10.64898/2026.07.21.739710". 2026.
A pangenome reference overcomes the inherent limitation of any individual reference genome by integrating the variation present in a population. We present the Human Pangenome Reference Consortium’s (HPRC) Release 2 (HPRC2), an openly available, second phase pangenome that is an approximately fivefold expansion in genome number over HPRC Release 1 (HPRC1) and measurable improvement in ...
Added: August 10, 2026
GENA-LM: a family of open-source foundational DNA language models for long sequences
Fishman V., Kuratov Y., Shmelev A. et al., Nucleic Acids Research 2025 Vol. 53 No. 2 Article gkae1310
Recent advancements in genomics, propelled by artificial intelligence, have unlocked unprecedented capabilities in interpreting genomic sequences, mitigating the need for exhaustive experimental analysis of complex, intertwined molecular processes inherent in DNA function. A significant challenge, however, resides in accurately decoding genomic sequences, which inherently involves comprehending rich contextual information dispersed across thousands of nucleotides. To ...
Added: August 1, 2025
Centromeric transposable elements and epigenetic status drive karyotypic variation in the eastern hoolock gibbon
Hartley G., Okhovat M., Hoyt S. et al., Cell Genomics 2025 Vol. 5 No. 4 Article 100808
У человекообразных обезьян сохраняется стабильный кариотип с небольшим числом крупномасштабных перестроек; у гиббонов, напротив, наблюдается высокий уровень хромосомных перестроек, сопровождающийся быстрой сменой центромер. Здесь мы охарактеризовали полностью собранные центромеры восточного гиббона Hoolock leuconedys (HLE), обнаружив разнообразную группу транспозируемых элементов (TEs), которые отличаются от канонических альфа-сателлитов, встречающихся на центромерах других приматов. Мы обнаружили, что центромеры HLE ...
Added: May 16, 2025
Complete genomic and epigenetic maps of human centromeres
Altemose N., Logsdon G., Bzikadze A. et al., Science 2022 Vol. 376 No. 6588 Article eabl4178
Существующие сборки генома человека почти полностью исключали повторяющиеся последовательности внутри и вблизи центромер, что ограничивало наше понимание их организации, эволюции и функций, которые включают в себя содействие правильной сегрегации хромосом. Теперь полная сборка генома человека от теломеры до теломеры (T2T-CHM13) позволила нам всесторонне охарактеризовать перицентромерные и центромерные повторы, составляющие 6,2% генома (189,9 мегабаз). Детальные карты ...
Added: May 16, 2025
  • About
  • About
  • Key Figures & Facts
  • Sustainability at HSE University
  • Faculties & Departments
  • International Partnerships
  • Faculty & Staff
  • HSE Buildings
  • HSE University for Persons with Disabilities
  • Public Enquiries
  • Studies
  • Admissions
  • Programme Catalogue
  • Undergraduate
  • Graduate
  • Exchange Programmes
  • Summer University
  • Summer Schools
  • Semester in Moscow
  • Business Internship
  • Research
  • International Laboratories
  • Research Centres
  • Research Projects
  • Monitoring Studies
  • Conferences & Seminars
  • Academic Jobs
  • Yasin (April) International Academic Conference on Economic and Social Development
  • Media & Resources
  • Publications by staff
  • HSE Journals
  • Publishing House
  • iq.hse.ru: commentary by HSE experts
  • Library
  • Economic & Social Data Archive
  • Video
  • HSE Repository of Socio-Economic Information
  • HSE1993–2026
  • Contacts
  • Copyright
  • Privacy Policy
  • Site Map
Edit