• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте

С. 250-254.

азработан комплексный подход к изучению взаимного влияния белка и мембранной среды в
процессе димеризации трансмембранных (ТМ) α-спиральных пептидов. В основе подхода – численное
разложение профилей свободной энергии взаимодействия ТМ- спиралей на компоненты, соответствующие
различным типам взаимодействий, и картирование пространственного распределения средней плотности
липидов. Метод апробирован для ТМ-сегментов гликофорина А человека (GpA) и нескольких модельных
пептидов. Показано, что липиды вносят значительный выгодный вклад в свободную энергию димеризации, в то
время как образующиеся на интерфейсе мономеров контакты аминокислотных остатков могут, наоборот, быть
невыгодными. Также на боковой поверхности ТМ-доменов GpA показано наличие сайтов связывания ацильных
цепей молекул липидов. Таким образом, аминокислотная последовательность белка определяет и белок-
белковые взаимодействия, и связывание липидов, что влияет на детальное распределение энергетических
вкладов. При этом липидная мембрана может выступать в качестве непосредственного участника спонтанной
ассоциации ТМ α-спиралей. Результаты данной работы могут быть использованы для рационального
конструирования перспективных пептидных модуляторов, направленных на корректировку работы битопных
мембранных белков, включая рецепторные тирозинкиназы.














В книге

Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте
Под редакцией: М. П. Евстигнеев Т. 1. Вып. 1. Севастополь: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2016.