?
Diversity of Structural, Dynamic, and Environmental Effects Explain a Distinctive Functional Role of Transmembrane Domains in the Insulin Receptor Subfamily
International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 4. Article 3906.
Bershatsky Y., Kuznetsov A., Idiatullina A., Bocharova O., Dolotova S., Gavrilenkova A., Serova O., Deyev I., Rakitina T., Zangieva O., Pavlov K., Batishchev O., Britikov V., Usanov S., Arseniev A., Roman G. Efremov, Bocharov E.
Ключевые слова: молекулярная динамикаtransmembrane domainтрансмембранный доменprotein-lipid interactionsNMRбелок-липидные взаимодействия molecular dynamicsрецепторные тирозинкиназыЯМРreceptor tyrosine kinasesinsulin receptor subfamilystructural-dynamical propertiesподсемейство рецепторов инсулинаструктурно-динамические свойства
Bocharov E. V., Lesovoy D. M., Bocharova O. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 2018 Vol. 1862 No. 6 P. 1410-1420
Background: Prior studies of the human growth hormone receptor (GHR) revealed a distinct role of spatial rearrangements of its dimeric transmembrane domain in signal transduction across membrane. Detailed structural information obtained in the present study allowed elucidating the bases of such rearrangement and provided novel insights into receptor functioning.
Methods: We investigated the dimerization of recombinant ...
Добавлено: 5 апреля 2018 г.
Goncharuk M., Baleeva N., Nolde Dmitry E. и др., Communications Biology 2022 Vol. 5 Article 706
Добавлено: 1 августа 2022 г.
Bocharov E. V., Mineev K. S., Pavlov K. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2017 Vol. 1859 No. 4 P. 561-576
Interaction between transmembrane helices often determines biological activity of membrane proteins. Bitopic proteins, a broad subclass of membrane proteins, form dimers containing two membrane-spanning helices. Some aspects of their structure-function relationship cannot be fully understood without considering the protein-lipid interaction, which can determine the protein conformational ensemble. Experimental and computer modeling data concerning transmembrane parts ...
Добавлено: 15 февраля 2017 г.
Полянский А. А., Кузнецов А. С., Volynsky P. и др., , in : Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts. : Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 89-90.
A computational approach to the analysis of structural and dynamical properties of all components of model membranes - membrane proteins, lipids, water and ions - has been developed. It is established that local changes in the membrane environment play an important role in the binding of membrane-active peptides and peripherical membrane proteins, causing specific clustering ...
Добавлено: 23 октября 2018 г.
Панина И. С., Чугунов А. О., Нольде Д. Е. и др., FEBS Open Bio 2021 Vol. 11 No. Suppl.1 P. 356-356
Given the challenge of global antibiotic resistance, the development of new medications is indispensable. Lipid II - bacterial cell wall precursor – is a promising pharmaceutical target for innovative antibiotics, whereas lantibiotic nisin, effectively capturing lipid II’s conservative pyrophosphate group, is a potential prototype of a new generation of antibiotics. Because the structure of membrane-bound ...
Добавлено: 31 августа 2021 г.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., В кн. : Тезисы докладов XXVI Международной конференции "Математика. Компьютер. Образование". МКО-2019. : [б.и.], 2019. С. 45-45.
Трансмембранные (ТМ) спирали являются одними из наиболее распространённых структурных элементов в мембранных белках. Взаимодействие таких ТМ доменов в мембранном окружении определяет процессы формирования пространственной структуры белков и механизмы их функционирования в норме и в патологии. Рецепторные тирозинкиназы представляют собой широкий класс белковых молекул, у которых трансмембранный домен представлен единственной ТМ спиралью, при этом для их ...
Добавлено: 1 ноября 2019 г.
Berkut A., Чугунов А. О., Mineev K. и др., Journal of biological chemistry 2019 Vol. 294(48) P. 18349-18359
Tk-hefu is an artificial peptide designed based on the α-hairpinin scaffold, which selectively blocks voltage-gated potassium channels Kv1.3. Here we present its spatial structure resolved by NMR spectroscopy and analyze its interaction with channels using computer modeling. We apply protein surface topography to suggest mutations and increase Tk-hefu affinity to the Kv1.3 channel isoform. We ...
Добавлено: 21 октября 2019 г.
Разработан эффективный вычислительный подход к количественной оценке свободной энергии спонтанной ассоциации α-спиралей белков в мембранном окружении. В основе подхода – численное разложение профилей свободной энергии взаимодействия трансмембранных (ТМ) спиралей на компоненты, соответствующие взаимодействиям белок-белок, белок-липиды и белок-вода. Метод апробирован для ТМ сегментов гликофорина А человека (GpA) и двух его мутантных форм Gly83Ala и Thr87Val. Показано, ...
Добавлено: 20 февраля 2016 г.
Коншина А. Г., Дубовский П. В., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2021 Vol. 61 No. 1 P. 385-399
Добавлено: 24 января 2021 г.
Нольде Д. Е., Крылов Н. А., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 7 № 4 С. 157-161
На примере программного пакета Gromacs проведено исследование скорости расчета
классической молекулярной динамики на различных компьютерных системах: настольных компьютерах,
кластеров на основе процессоров x86_64, многоядерных процессоров архитектуры MIC, а также
гетерогенных систем с использованием «игровых» видеокарт или графических ускорителей. Рассмотрен
вопрос выбора оптимальной платформы для проведения расчетов молекулярной динамики. ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Добавлено: 24 октября 2022 г.
Chugunov A.O., Volynsky P. E., Krylov N.A. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 P. 33112
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Volynsky P. E., Nolde D.E., Zakharova G. S. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 P. 413
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Albrecht C., Кузнецов А. С., Appert-Collin A. и др., Frontiers in Cell and Developmental Biology 2020 Vol. 8 P. 611121
Сиалидазы или нейраминидазы вовлечены в развитие ряда патологических состояний у человека: нейродегенративных, сердечно-сосудистых и инфекционных заболеваний. Накопленные данные показывают, что ингибирование нейраминидаз, таких как сиалидаза NEU1, может представлять фармакологический интерес, и специфичные ингибиторы NEU1 также будут полезны для понимания биологических функций этой сиалидазы. В настоящей работе мы создали интерферирующие пептиды, нацеленный на димеризацию трансмембранного домена, ...
Добавлено: 14 декабря 2020 г.
Nadezhdin K., Neuberger A., Trofimov Y. и др., Nature Structural and Molecular Biology 2021 Vol. 28 P. 564-572
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Стройлов В. С., Панова М. А., Тоукач Ф. В., International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 No. 20 Article 7626
Добавлено: 31 января 2022 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Lohan S., Mandal D., Choi W. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2022 Vol. 65 No. 1 P. 665-687
We report the synthesis and antibacterial activities of a series of amphiphilic membrane-active peptides composed, in part, of various non-genetically coded hydrophobic amino acids. Lead cyclic peptides, 8C and 9C, showed broad-spectrum activity against drug-resistant Gram-positive (MIC=1.5-6.2 µg/mL) and Gram-negative (MIC=12.5-25 µg/mL) bacteria. Cytotoxicity study showed the predominant lethal action of the peptides against bacteria ...
Добавлено: 1 февраля 2022 г.
Goryacheva E., Ефремов Р. Г., Krylov N. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 7 Article 6403
Добавлено: 19 мая 2023 г.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., В кн. : Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России. Т. 1.: Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. С. 165-165.
Рецепторные тирозинкиназы семейства ErbB —это белки, играющие ключевую роль в процессахделения и дифференцировки клеток. Их природными лигандами являются различные гормоны и факторы роста. В то же время, выявлен ряд мутаций, приводящий к спонтанной активации рецепторов ErbB и развитию патологических состояний организма. В частности, рецептор ErbB2 также известен как Neu-онкоген, поскольку для многих видов рака выявлен ...
Добавлено: 1 ноября 2019 г.
Lohan S., Konshina A. G., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2023 Vol. 66 No. 1 P. 855-874
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Kuznetsov Andrey S., Volynsky P., Efremov Roman G., , in : Computed Design for New Drugs and Materials. Molecular Dynamics of Nanoscale Phenomena. : NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017. Ch. 5. P. 89-107.
Plasmatic membranes contain high amount of membrane proteins. They perform vital functions of life, so any disruptions in their structure result in pathologies and diseases. Studies of these proteins with experimental methods are very complicated and expensive, as they require the membrane environment. Despite considerable progress achieved so far in methods of structure determination and ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Bocharov E., Nadezhdin K., Urban A. и др., ACS Chemical Biology 2019 Vol. 14 No. 7 P. 1573-1582
Добавлено: 8 августа 2019 г.
Bragin P. E., Kuznetsov A.S., Bocharova O. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2018 Vol. 1860 No. 12 P. 2486-2498
Добавлено: 25 сентября 2018 г.