A uniquely stable trimeric model of SARS-CoV-2 spike transmembrane domain

Aliper E. T.; Krylov Nikolay A.; Nolde Dmitry E.; Polyansky A. A.; Efremov Roman G.

doi:10.3390/ijms23169221

Публикации

?

A uniquely stable trimeric model of SARS-CoV-2 spike transmembrane domain

International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23(16). Article 9221.

Aliper E. T., Krylov Nikolay A., Nolde Dmitry E., Polyansky A. A., Efremov Roman G.

Научное направление: Биология Физика

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: molecular hydrophobicity potential молекулярный гидрофобный потенциал transmembrane domain трансмембранный домен Моделирование молекулярной динамики Molecular dynamics simulation structure prediction viral fusion protein helical trimer template-based modeling Monte Carlo conformational search предсказание структуры вирусные белки слияния тример из спиралей моделирование на основании шаблона конформационный поиск методом Монте-Карло

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Суперкомпьютерные технологии, теория и атомистическое многомасштабное моделирование в физике материалов и науках о живом (2022)

Optical conductivity of a dirty current-carrying superconductor

Полькин А. В., Skvortsov M., Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 113 Article 174516

Добавлено: 25 июня 2026 г.

Thermal phase slips in superconducting films

Skvortsov M., Artem Polkin, Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 113 No. 10 Article 100502

Добавлено: 25 июня 2026 г.

Динамика спинорных экситон-поляритонных конденсатов в двойных потенциальных ловушках в GaAs/AlAs микрорезонаторе при резонансном пикосекундном возбуждении

Деменев А. А., Терешко С. Н., Гиппиус Н А и др., Известия РАН. Серия физическая Россия 2025 Т. 89 № 2 С. 265–273

В диапазоне длительностей до 1.5 нс исследована временная эволюция поляризованных спектров излучения спинорных экситон-поляритонных конденсатов в двойных туннельно-связанных потенциальных ловушках в высокодобротном GaAs/AlAs микрорезонаторе при T = 2 К, резонансно возбуждаемых пикосекундными лазерными импульсами. Получена оценка для времени спиновой релаксации конденсатов в двойной ловушке τS ≈ 10 нс. Обсуждается влияние туннельного взаимодействия и анизотропии потенциала ловушек ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум.

Рыскина Е. А., Лобаева Т. А., Ануркина А. И., Ваш формат, 2025.

Я Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум. Аннотация Аннотация к практикуму «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология» Учебное пособие «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум» (авторы: Лобаева Т. А., Рыскина Е. А., Ануркина А. И.; издательство «Ваш формат», 2025 год, 194 страницы) предназначено для студентов высших учебных заведений. Цель практикума — обеспечить комплексное освоение ключевых разделов биологии с акцентом на их прикладное значение в медицине. ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Предвестники солнечных вспышек по наблюдениям на RSTN

Абрамов-Максимов В. Е., И.А. Бакунина, Геомагнетизм и аэрономия 2026 Т. 66 № 3 С. 515–529

Проанализировано 8 вспышечных событий по данным многочастотных наблюдений сети радиотелескопов Radio Solar Telescope Network. Целью анализа было выявление предвестников солнечных вспышек. В семи рассмотренных случаях выявлены предвспышечные квазипериодические флуктуации радиоизлучения. Сделанная по вейвлет-спектрам оценка квазипериодов дает в большинстве случаев значения 40–50 сек. В одном событии с большой вспышкой класса M8.0 квазипериодические флуктуации не проявились. В ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Взаимное расположение магнитных жгутов и источников микроволнового излучения в эруптивных вспышках

И.А. Бакунина, В.Ф. М., А.В. Ш. и др., Геомагнетизм и аэрономия 2025 Т. 65 № 9 С. 1363–1373

Рассмотрена связь особенностей положения и ориентации магнитных жгутов в активной области (АО) с источниками микроволнового (17 ГГц) излучения и излучения в крайнем ультрафиолетовом диапазоне (EUV) при возникновении эруптивных вспышек, сопровождающихся корональными выбросами массы, и вспышек с "запертой" эрупцией. Приведены примеры эруптивных событий, демонстрирующие пространственное совпадение микроволновых источников с расположением магнитных жгутов в АО, восстановленных при ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Embryonic enhancers help transmit positional information to the initiator cores that control Drosophila Abd-B regulatory domains.

Kyrchanova O., Kudryashova K., Ibragimov A. и др., Development 2025 Vol. 152 No. 19 Article 205051

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Initiators counteract Polycomb repression and stimulate long-range contacts between enhancers and the Abdominal-B promoter in Drosophila

Kyrchanova O., Ksenia Kudryashova, Dubrovskaya V. и др., Open Biology 2025 Vol. 15 No. 11 Article 250192

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Construction of Promoter Elements for Strong, Moderate, and Weak Gene Expression in Drosophila melanogaster

Kudryashova K.S., Deriglazova I. O., Osadchiy I. S. и др., Genes 2025 Vol. 16 No. 1 Article 3

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Diverse β-bungarotoxin isoforms manifest different affinities to voltage-gated potassium channels of Kv1.x subfamily

Ksenia Kudryashova, Filippova E., Kryukova E. и др., Archives of Biochemistry and Biophysics 2025 Vol. 769 Article 110437

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Моделирование влияния температуры на взаимодействие катода с тонкой диэлектрической пленкой и плазмы тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути

Г. Г. Бондаренко, Кристя В. И., Савичкин Д. О. и др., Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования 2026 № 4 С. 29–36

Сформулирована модель тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути при наличии на поверхности катода тонкой диэлектрической пленки. Рассчитаны зависимости характеристик разряда от температуры в интервале ее изменения, в котором заметный вклад в ионизацию рабочей газовой смеси дает ионизация атомов ртути метастабильными возбужденными атомами аргона (реакция Пеннинга). Показано, что в случае катода без диэлектрической пленки при повышении температуры до ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Kolmogorov–Arnold networks for genomic tasks

Попцова М. С., Briefings in Bioinformatics 2025 Vol. 26 No. 2 P. 1–11

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Molecular biology of the deadliest cancer – glioblastoma: what do we know?

Aly Ismailov, Спаллоне А., Belogurov A. и др., Frontiers in Immunology 2025 Vol. 16 Article 1530305

Добавлено: 17 июня 2026 г.

Supervised Learning in Critical Phenomena—Statistical and Systematic Accuracy

Chertenkov V. I., Щур Л. Н., Lobachevskii Journal of Mathematics 2026 Vol. 47 No. 2 P. 720–727

Добавлено: 16 июня 2026 г.

ВНИИОФИ в период 2016–2025 годов: основные результаты научной деятельности

Батурин А. С., Гаврилов В. Р., Иванов А. В. и др., Измерительная техника 2026 Т. 75 № 2 С. 14–28

28 декабря 2025 года Всероссийскому научно-исследовательскому институту оптико-физических измерений (ВНИИОФИ) исполнилось 60 лет. За прошедшие десятилетия институт выполнил значительное количество научных исследований, разработал и поставил потребителям тысячи высокоточных средств оптико-физических измерений (включая эталонное оборудование). В статье представлены наиболее значимые для метрологического обеспечения оптико-физических измерений результаты научно-исследовательских работ, выполненных ВНИИОФИ за период 2016–2025 гг. ...

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Государственный первичный эталон единиц оптической силы и коэффициента передачи модуляции очковой оптики и объективов ГЭТ 205-2025

Вишняков Г. Н., Левина Э. Ю., Минаев В. Л., Измерительная техника 2025 Т. 74 № 2 С. 20–27

Качество формируемого оптической системой изображения определяется её частотно-контрастной характеристикой или коэффициентами передачи модуляции на различных пространственных частотах. Для обеспечения единства измерений коэффициентов передачи модуляции и создания эталонной базы по воспроизведению, хранению и передаче единицы коэффициента передачи модуляции усовершенствован Государственный первичный эталон единиц оптической силы очковой оптики ГЭТ 205-2013 в части воспроизведения единицы коэффициентов передачи модуляции ...

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Unique morphology and ecology lifestyle of a new craniiform brachiopod from the Upper Ordovician of Estonia (Baltica)

Темерева Е. Н., Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 2026 Vol. 697 P. 1–11

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Does the pedicle exist in craniiform brachiopods?

Темерева Е. Н., Zoological Journal of the Linnean Society 2025 Vol. 205 No. 2 P. 1–13

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Impact of heat treatment on microstructure and mechanical properties of additively manufactured aluminum bronze

Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162

Добавлено: 12 июня 2026 г.

Finding the Materials Harder than Diamond: Macroscale and Microscale Studies

Сысоэв, Э., Bashirov I., Sychov M. и др., ACS Applied Materials & Interfaces 2025 Vol. 17 No. 22 P. 33108 – 33120

Добавлено: 12 ноября 2025 г.

The coronavirus spike HR2 domain: an obscure player entering the limelight during membrane fusion?

Aliper E. T., Ефремов Р. Г., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2025 Vol. 1867 No. 8 Article 184445

The coronavirus spike protein, the key entity effectuating membrane fusion, cannot exist without membraneactive fragments. In addition to fusion peptides, among such domains are HR1 and HR2. Crucial to the spike’s refolding and membrane fusion, they are believed to both interact with each other and bind to the membranes that are merged. To elucidate HR2’s precise role in ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.