VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires

Shugay M.; Bagaev D.; Turchaninova M.; Bolotin D.; Britanova O.; Putintseva E.; Pogorelyy M.; V. I. Nazarov; Zvyagin I.; Kirgizova V.; Kirgizov K.; Skorobogatova E.; Chudakov D.

doi:10.1371/journal.pcbi.1004503

?

VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires

PLoS Computational Biology. 2015. Vol. 11. No. 11. P. e1004503.

Shugay M., Bagaev D., Turchaninova M., Bolotin D., Britanova O., Putintseva E., Pogorelyy M., Назаров В. И., Zvyagin I., Kirgizova V., Kirgizov K., Skorobogatova E., Chudakov D.

Приоритетные направления: компьютерно-математическое

Язык: английский

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: bioinformatics биоинформатика

Growth in noncommutative algebras and entropy in derived categories

Пионтковский Д. И., / Series arXiv "math". 2026.

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Multilinear nilalgebras and the Jacobian theorem

Пионтковский Д. И., / Series arXiv "math". 2025.

Добавлено: 23 июня 2026 г.

ML-based Fast Simulation of FARICH Responses

Шипилов Ф. А., Barnyakov A., Ivanov A. и др., / Series Physics "arxiv.org". 2026.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Optimizing Computational Infrastructure for Large Language Models in Bioinformatics: A Case Study

Бекназаров Н. С., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 3–16.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Natural hazard database from Internet publications: text mining with a large language model

Деркачева А. А., Сакиркина М. А., Краев Г. Н. и др., /. 2026.

Добавлено: 28 апреля 2026 г.

Algorithmic overlaps as thermodynamic variables: from local to cluster Monte Carlo dynamics in critical phenomena

Пиле Я. Э., Deng Y., Щур Л. Н., / Series arXiv "math". 2026. No. 2604.10254.

Добавлено: 20 апреля 2026 г.

Using predefined vector systems to speed up neural network multimillion class classification

Gabdullin N., Андросов И. А., / Series Computer Science "arxiv.org". 2026.

Добавлено: 2 апреля 2026 г.

Multimodal graph, surface, and language-based model for protein protein interaction prediction

Артеага Мореано Б. Д., Червов Н. Р., Попцова М. С., Scientific Reports 2026 Vol. 16 No. 1 Article 4772

Добавлено: 4 февраля 2026 г.

Iterative Ricci-Foster Curvature Flow with GMM-Based Edge Pruning: A Novel Approach to Community Detection

Сорокин К. С., Бекетов М. Е., Онучин А. и др., / arxiv.org. Серия cs.SI "Social and Information Networks ". 2025.

Обнаружение сообществ в сложных сетях — фундаментальная проблема, открытая для новых подходов в различных научных областях. Мы представляем новый метод обнаружения сообществ, основанный на потоке Риччи на графах. Наша техника итеративно обновляет веса ребер (их метрические длины) в соответствии с их (комбинаторной) версией кривизны Риччи Фостера, вычисленной на основе эффективного расстояния сопротивления между узлами. Известно, ...

Добавлено: 15 января 2026 г.

Implementing Transport Coding in OMNeT++ for Message Delay Reduction

Петрованов И. С., Сергеев А. В., / Series Computer Science "arxiv.org". 2025. No. 2512.18332.

Добавлено: 24 декабря 2025 г.

Prediction of protein-protein interactions using point transformer and spherical Convex Hull graphs

David Arteaga, Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2026 Vol. 31 P. 82–93

Добавлено: 22 декабря 2025 г.

Hessian-based lightweight neural network for brain vessel segmentation on a minimal training dataset

Меньшиков И. А., Бернадотт А. К., Елфимов Н. С., / Series arXie "Statistical mechanics". 2025.

Добавлено: 1 декабря 2025 г.

Determining the boundary of dynamical chaos in the generalized Chirikov map via machine learning

Чернышов Д. П., Сатанин А. М., Щур Л. Н., / Series arXiv "math". 2025.

Добавлено: 21 ноября 2025 г.

Эффективный алгоритм торговли на фондовом рынке: ретроспективный анализ, основанный на данных по S&P-500.

Рубчинский А. А., Чубарова Д. А., / Series WP7 "Математические методы анализа решений в экономике, бизнесе и политике". 2025. No. WP7/2025/01.

Добавлено: 9 ноября 2025 г.

Utilizing the VirIdAl Pipeline to Search for Viruses in the Metagenomic Data of Bat Samples

Будкина А. Ю., Korneenko E., Kotov I. и др., Viruses 2021 No. 10 P. 2006

Добавлено: 19 сентября 2025 г.

Transcriptomic Maps of Colorectal Liver Metastasis: Machine Learning of Gene Activation Patterns and Epigenetic Trajectories in Support of Precision Medicine

Кудрявцева А. В., Cancers 2023

Добавлено: 1 июля 2025 г.

Новая эра биоинформатики

Аксенова А. Ю., Жук А. С., Степченкова Е. И. и др., Экологическая генетика 2025 Т. 23 № 2 С. 1–14

Биоинформатика — это быстро развивающаяся дисциплина на стыке биологии, информатики и математики. Научно-технический прогресс в области биологических и биомедицинских наук за последние годы привел к стремительному росту объемов данных. Для анализа и интерпретации больших данных нужны мощные вычислительные инструменты и специалисты с глубокими знаниями в различных областях, включая молекулярную биологию, генетику, программирование и математику. В ...

Добавлено: 20 мая 2025 г.

Genome-wide association studies of ischemic stroke based on interpretable machine learning

Stefan Nikolić, Игнатов Д. И., Khvorykh G. и др., PeerJ Computer Science 2024 Vol. 10 Article e2454

Добавлено: 11 декабря 2024 г.

Proceedings of Science, volume 429. The 6th International Workshop on Deep Learning in Computational Physics

[б.и.], 2023.

Добавлено: 12 марта 2024 г.

Unsupervised domain adaptation methods for cross-species transfer of regulatory code signals

Pavel Latyshev, Fedor Pavlov, Herbert A. и др., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Добавлено: 1 декабря 2023 г.

Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23

IITP RAS, 2023.

В сборнике представлены тезисы работ участников 11-ой Московской конференции по вычислительной молекулярной биологии MCCMB'23. Работы посвящены актуальным вопросам анализа аминокислотных и нуклеотидных последовательностей, структур биополимеров, молекулярной эволюции, методов высокопроизводительного секвенирования, системной биологии и биоалгоритмов. ...

Добавлено: 30 ноября 2023 г.

10th International Conference, PReMI 2023, Kolkata, India, December 12–15, 2023, Proceedings. Pattern Recognition and Machine Intelligence. LNCS, volume 14301

Cham: Springer, 2023.

Добавлено: 29 ноября 2023 г.

Cross-Domain Limitations of Neural Models on Biomedical Relation Classification

Alimova I., Тутубалина Е. В., Николенко С. И., IEEE Access 2022 Vol. 10 P. 1432–1439

Добавлено: 10 апреля 2023 г.

Identification of key genes of the ccRCC subtype with poor prognosis

Grigory Andreevich Puzanov, Scientific Reports 2022 Vol. 12 No. 1 Article 14588

Добавлено: 23 сентября 2022 г.