Prediction of protein-protein interactions using point transformer and spherical Convex Hull graphs

David Arteaga; M. Poptsova

doi:10.1016/j.csbj.2025.12.008

Публикации

?

Prediction of protein-protein interactions using point transformer and spherical Convex Hull graphs

Computational and Structural Biotechnology Journal. 2026. Vol. 31. P. 82–93.

David Arteaga, Попцова М. С.

Научное направление: Биология Компьютерные науки Медицинские биотехнологии

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: bioinformatics protein-protein interactions Geometric deep learning Transformer models large language model (LLM)Bioinformatics and medicine graph neural network (GNN)

Новые информационные технологии в исследовании сложных структур. Материалы шестнадцатой международной конференции 21–25 Сентября 2026 г.

Томск: Издательство Томского государственного университета, 2026.

Материалы сборника Шестнадцатой Международной конференции «Новые информационные технологии в исследовании сложных структур» (Москва, 21–25 сентября 2026 г.) ориентированы на широкий круг специалистов, работающих на стыке теории информации, системного анализа и прикладных предметных областей. В издание вошли результаты исследований, посвящённые моделированию дискретных и стохастических структур управления и связи, разработке высокопроизводительных вычислительных и телекоммуникационных систем, а также вопросам цифровой трансформации образования, архитектурно-градостроительного проектирования, экологического ...

Добавлено: 6 октября 2026 г.

Оптимизация энергопотребления предприятия с использованием методов многокритериальной оптимизации

Серебренников Д. А., Белов А. В., Информационные технологии и вычислительные системы 2026 № 3 С. 157–169

В условиях роста стоимости энергоресурсов и необходимости повышения энергоэффективности производственных процессов особую актуальность приобретает задача оптимизации энергопотребления промышленных предприятий. В данной работе рассматривается подход к управлению энергозатратами машиностроительного предприятия на основе методов многокритериальной оптимизации. Постановка задачи включает несколько целевых функций: минимизацию энергопотребления, минимизацию стоимости электроэнергии с учётом тарифных ограничений и максимизацию производственной эффективности. Для решения ...

Добавлено: 5 октября 2026 г.

On Practical Aspects of Constructing Quasi-Cyclic Subfield Subcodes of Dual Elliptic Codes and Their Application in McEliece-type Cryptosystems

Кунинец А. А., IEEE Transactions on Information Theory 2026 P. 1–1

Добавлено: 3 октября 2026 г.

Инкрементальный метод обновления многомерного куба по неупорядоченному потоку событий журналов информационных систем

Зыков С. В., Уфимцев Г. А., Моделирование, оптимизация и информационные технологии 2026 Т. 14 № 8 С. 1–13

Информационные системы формируют большие объёмы событийных журналов, которые используются для анализа работы приложений и сервисов. При этом события могут поступать в аналитический контур позже момента их фактического возникновения и не в исходном порядке. Такая рассинхронизация приводит к ошибкам при построении агрегированных временных показателей, а регулярный полный пересчёт многомерного аналитического куба требует значительных вычислительных затрат. Целью ...

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Polarization of opinions in the group: a modeling algorithm considering the dynamics of social bonds

Chebotarev V., Andreyuk D., Elizarova Anastasiya и др., Procedia Computer Science 2022 Vol. 213 No. C P. 596–601

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Enhancing Boundary Stability in Decision Trees and Random Forests: A Weighted Sample Duplication Approach

Konstantinov A., Elizarova Anastasiya P., Utkin L., Computing, Telecommunications and Control 2026 Vol. 19 No. 1 P. 16–25

Деревья решений и их ансамблевые расширения, такие как случайные леса, широко используются в качестве моделей классификации благодаря своей простоте и интерпретируемости. Однако во многих реальных задачах, где метки классов перекрываются в пространстве признаков, стандартные деревья решений полагаются на жесткие разбиения, которые создают слабые границы принятия решений. В этих областях небольшие возмущения входных значений могут привести ...

Добавлено: 2 октября 2026 г.

HLA class I escape drives the evolution of SARS-CoV-2 in human populations

Ekaterina D. Riumina, Клинк Г. В., Alekseeva E. и др., PNAS, США 2026 Vol. 123 No. 35 P. 1–20

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Bayesian Adaptive Sparse Copula

Prokhorov A., Burda M., Journal of Computational and Graphical Statistics 2026 P. 1–13

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Pericyte-derived cancer-associated fibroblasts correlate with poor survival and are enriched after chemoradiotherapy in glioblastoma

Aly Ismailov, Попцова М. С., Plos One 2026 Vol. 21 No. 9 Article e0355902

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Консервативные энтропийно и энергетически корректные разностные методы для одномерных квазигазодинамических систем уравнений

Злотник А. А., Математические заметки 2026 Т. 120 № 6 С. 1005–1009

Численным методам решения систем газодинамических уравнений посвящена обширная литература. Ранее было разработано и успешно апробировано специальное семейство симметричных по пространству консервативных разностных методов, основанных на предварительной кинетической, точнее, квазигазодинамической (КГД), регуляризации этих уравнений. Актуальной задачей является построение численных методов, которые обладают не только свойством консервативности по массе, импульсу и полной энергии, но и удовлетворяют условиям энтропийной ...

Добавлено: 1 октября 2026 г.

Proceedings of the Thirty-Fifth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2026)

International Joint Conferences on Artificial Intelligence, 2026.

Добавлено: 1 октября 2026 г.

Ensemble-based Prototype-Augmented Multimodal Fusion for Ambivalence/Hesitancy Recognition

Рюмина Е. В., Аксёнов А. А., Сысоев Д. С. и др., IEEE Computer Society, 2026.

Добавлено: 30 сентября 2026 г.

Профессиональная учебная практика: I курс. Введение в биотехнологию, клеточную и молекулярную биологию : учебно-методическое пособие для студентов и преподавателей

Князев Е. Н., Чеботарева О. Е., М.: Издательский дом НИУ ВШЭ, 2026.

В пособии кратко изложены теоретические и практические аспекты первичных навыков, необходимых для работы в биологической лаборатории, а также приведены протоколы практических занятий в рамках профессиональной учебной практики (ознакомительной) I курса бакалаврской программы «Клеточная и молекулярная биотехнология» факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ. Учебно-методическое пособие предназначено для студентов и преподавателей факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ и ...

Добавлено: 30 сентября 2026 г.

Decoding Algorithms for Binary U-UV Codes: A Unified Survey of Performance and Complexity

Иванов Ф. И., Котов Ф. И., IEEE Access 2026 Vol. 14 P. 104662–104679

Добавлено: 30 сентября 2026 г.

The EG-TD3 Machine Learning Architecture: Evolutionary-Guided Twin Delayed Deep Deterministic Policy Gradient

Джамбонг Тенке Х., Institute for System Programming of the RAS, 2026.

Добавлено: 29 сентября 2026 г.

Анализ in silico вероятных зависимостей «структура-активность» этанола

Рыскина Е. А., Князев Е. Н., Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии 2026 Т. 29 № 9 С. 84–91

Введение. Активная интеграция стремительно развивающихся омиксных и компьютерных технологий в XXI веке позволяет осуществить прорыв в понимании принципов функционирования живых систем. Одним из динамично развивающихся интегративных направлений в биологии является биологическое моделирование. Фундаментальной парадигмой стала методология, позволяющая спрогнозировать биологическую активность молекул на основе анализа их структуры Structure-Activity Relationship (SAR). Цель работы - предсказать in silico возможность ...

Добавлено: 29 сентября 2026 г.

Bytedance и Open Source - открытые проекты от разработчика TikTok

Силаков Д. В., Системный администратор 2026 С. 84–89

Пользователи социальных сетей редко задумываются о том, что стоит за красивым фасадом с лентами активностей, пестрящими фотографиями и видеоисториями. Однако массовое увлечение подобными платформами порождает огромное количество всевозможного контента, который надо хранить, оперативно обрабатывать и отображать, а в эру ИИ — еще и активно помогать в его создании и адаптации. Неудивительно, что последние десятилетия разработчики ведущих социальных сетей стабильно являются поставщиками инфраструктурных программных продуктов, многие из которых распространяются ...

Добавлено: 28 сентября 2026 г.

FROM LECTURER TO CHATBOT: EVALUATING A HYBRID TEACHING MODEL

Ravedovskaya U., Didenko A., Филатова А. А., Journal of Teaching English for Specific and Academic Purposes 2025 Vol. 13 No. 3 P. 529–538

Добавлено: 18 сентября 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Pre-trained LLMs Meet Sequential Recommenders: Efficient User-Centric Knowledge Distillation

Severin N., Kartushov D., Urzhumov V. и др., , in: Advances in Information Retrieval: 48th European Conference on Information Retrieval, ECIR 2026, Delft, The Netherlands, March 29 – April 2, 2026, Proceedings, Part II. (LNCS, volume 16484).: Cham: Springer Publishing Company, 2026. P. 508–517.

Добавлено: 18 июня 2026 г.

ESQA: Event Sequences Question Answering

Abdullaeva I., Karpukhin I., Filatov A. и др., IEEE Access 2026 Vol. 14 P. 59390–59408

Добавлено: 16 июня 2026 г.

Optimizing Computational Infrastructure for Large Language Models in Bioinformatics: A Case Study

Бекназаров Н. С., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 3–16.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Large Language Model-Based Automated Item Generation in STEM Assesements: Historical Mapping and a Scoping Review of Empirical Studies

JOURNAL OF EDUCATIONAL TECHNOLOGY DEVELOPMENT AND EXCHANGE 2026 Vol. 19 No. 2 P. 141–169

Добавлено: 5 мая 2026 г.

LoRA meets Riemannion: Muon Optimizer for Parametrization-independent Low-Rank Adapters

Vladimir Bogachev, Алетов В., Alexander Molozhavenko и др., , in: The Fourteenth International Conference on Learning Representations (ICLR 2026).: ICLR, 2026. Ch. 20503 P. 1–26.

Добавлено: 29 апреля 2026 г.