Add-Ons To Molecular Modeling Methods: Improvement In Activity Prediction

Understanding the function of eukaryotic genomes, including the human genome, is undoubtedly one of the major scientific challenges of the 21st century. The cornerstone of eukaryotic genome organization is nucleosomes—elementary building blocks of chromatin about 10 nm in size that wrap DNA around an octamer of histone proteins. Nucleosomes are integral players in all genomic processes, ...

Добавлено: 29 августа 2024 г.

Molecular modeling in synthesis: from statistical methods to quantum chemistry and practical applications

I. V. Svitanko, Pivina T. S., Russian Chemical Bulletin 2024 Vol. 73 No. 5 P. 1093–1108

Добавлено: 21 июня 2024 г.

Discovery and In Vivo Efficacy of Trace Amine-Associated Receptor 1 (TAAR1) Agonist 4-(2-Aminoethyl)-N-(3,5-dimethylphenyl)piperidine-1-carboxamide Hydrochloride (AP163) for the Treatment of Psychotic Disorders

Krasavin M., Peshkov A., Lukin A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2022 Vol. 23 No. 19 Article 11579

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

The Potential of Usnic-Acid-Based Thiazolo-Thiophenes as Inhibitors of the Main Protease of SARS-CoV-2 Viruses

Yarovaya O., Filimonov A., Baev D. и др., Viruses 2024 Vol. 16 No. 2 Article 215

Добавлено: 31 января 2024 г.

Imidazole-4-N-acetamide Derivatives as a Novel Scaffold for Selective Targeting of Cyclin Dependent Kinases

Rusina P., Gandalipov E., Abdyusheva Y. и др., Cancers 2023 Vol. 15 No. 15 Article 3766

Добавлено: 1 ноября 2023 г.

Analysis of Ion Atmosphere Around Nucleosomes Using Supercomputer MD Simulations

Nikita A. Kosarim, Armeev G., Alexey K. Shaytan и др., Supercomputing Frontiers and Innovations 2022 Vol. 9 No. 2 P. 56–67

Добавлено: 4 сентября 2023 г.

Exposing the Limitations of Molecular Machine Learning with Activity Cliffs

van Tilborg D., Grisoni F., Journal of Chemical Information and Modeling 2022 Vol. 62 No. 23 P. 5938–5951

Добавлено: 22 декабря 2022 г.

Reducing false-positive rates in virtual screening via cancellation of systematic errors in the scoring function

Медведев М. Г., Stroganov O., Dmitrienko A. и др., Mendeleev Communications 2022 Vol. 32 No. 6 P. 735–738

Добавлено: 25 октября 2022 г.

Pair entropy and universal viscosity scaling for molecular systems via molecular dynamics simulations

Nikitiuk B., D. I. Salikova, N. D. Kondratyuk и др., Journal of Molecular Liquids 2022 Vol. 368 Article 120714

Добавлено: 9 августа 2022 г.

Atomistic simulations of ettringite and its aqueous interfaces: Structure and properties revisited with the modified ClayFF force field

Тарарушкин Е. В., Писарев В. В., Калиничев А. Г., Cement and Concrete Research 2022 Vol. 156 Article 106759

Добавлено: 28 марта 2022 г.

All-d-Enantiomeric Peptide D3 Designed for Alzheimer's Disease Treatment Dynamically Interacts with Membrane-Bound Amyloid-β Precursors

Bocharov E. V., Gremer L., Urban A. S. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2021 Vol. 64 No. 22 P. 16464–16479

Alzheimer’s disease (AD) is a severe neurodegenerative pathology with no effective treatment known. Toxic amyloid-β peptide (Aβ) oligomers play a crucial role in AD pathogenesis. All-D-Enantiomeric peptide D3 and its derivatives were developed to disassemble and destroy cytotoxic Aβ aggregates. One of the D3-like compounds is approaching phase II clinical trials; however, high-resolution details of its disease-preventing or pharmacological actions ...

Добавлено: 1 февраля 2022 г.

Computational modeling and target synthesis of monomethoxy-substituted o-diphenylisoxazoles with unexpectedly high antimitotic microtubule destabilizing activity

Stroylov Viktor S., Свитанько И. В., Maksimenko A. и др., Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 2020 Vol. 30 Article 127608

Добавлено: 24 декабря 2021 г.

Three-dimensional structures of carbohydrates and where to find them

Shcherbinina S., Toukach Ph., International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 No. 20 Article 7702

Добавлено: 14 октября 2021 г.

Preliminary modelling as the first stage of targeted organic synthesis

Титов И. Ю., Stroylov V., Rusina P. V. и др., Russian Chemical Reviews 2021 Vol. 90 No. 7 P. 831–867

В обзоре представлены классификация и анализ применимости методов предварительного молекулярного моделирования для направленного органического, каталитического и биокаталитического синтеза. В качестве классификатора методов рассматриваются три основных подхода: моделирование координации лиганд–мишень при отсутствии информации как о мишени, так и о структуре полученного комплекса; вычисления на основе экспериментально полученной структурной информации о мишени; динамическое моделирование комплекса лиганд–мишень, а ...

Добавлено: 25 сентября 2021 г.

Histone dynamics mediate DNA unwrapping and sliding in nucleosomes

Armeev G., Kniazeva A., Komarova G. и др., Nature Communications 2021 Vol. 12 Article 2387

Добавлено: 14 сентября 2021 г.

Stereochemistries and Biological Properties of Oligomycin A Diels–Alder Adducts

Omelchuk O., Malyshev V., Medvedev M. и др., Journal of Organic Chemistry 2021 Vol. 86 No. 12 P. 7975–7986

Добавлено: 6 сентября 2021 г.

Modeling of novel CDK7 inhibitors activity by molecular dynamics and free energy perturbation methods

Свитанько И. В., Novikov F. N., Rusina P. V. и др., Mendeleev Communications 2020 Vol. 30 No. 4 P. 430–432

Добавлено: 6 сентября 2020 г.

Computational identification of disulfiram and neratinib as putative SARS-CoV-2 main protease inhibitors

Svitanko Igor, Stroylov V., Mendeleev Communications 2020 Vol. 30 No. 4 P. 419–420

Добавлено: 31 августа 2020 г.