Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

M. A. Gureev; Danilkina N. A.; Khlebnikov A. F.; Balova I. A.

doi:10.1134/S1070363224140111

Публикации

?

Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

Russian Journal of General Chemistry. 2024. Vol. 94. No. 1. P. S100–S119.

M. A. Gureev, Danilkina N. A., Khlebnikov A. F., Balova I. A.

Научное направление: Химия Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: Molecular Docking molecular dynamics enediyne antibiotics

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Молекулярная эволюция, подвижность белков и компьютерное молекулярное конструирование (2024)

Video games as stimuli in neuroimaging studies: a minireview

Blank I., Ключарёв В. А., Шестакова А. Н., Frontiers in Human Neuroscience 2026 Vol. 20 Article 1687121

Добавлено: 6 июня 2026 г.

DFT-guided charge-state engineering of gold clusters for levodopa recognition: fundamental principles for drug delivery applications

Obijiofor O., Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. - No. - Article 0

Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Adaptive glucose homeostasis in the desert rodent Acomys cahirinus: high glucose tolerance, liver metabolic shifts, and visceral adiposity

Болдырева М. А., Mohammad R., Agareva M. и др., FRONTIERS IN ANIMAL SCIENCE 2026 Vol. 7 Article 1837838

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Facile and Green Approach to Synthesize Biomass-Derived Zero-/Two-Dimensional Carbon Dots/g-C3N4 Heterojunction for Efficient Photocatalytic and Photoelectrocatalytic Applications

Дас А., Saikia J., Maji N. и др., ChemNanoMat 2026 Vol. 12 No. 5 Article e202500733

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Optimal Design of Copper-Doped ZnO Heterostructures for Photocatalytic and Photoeletrochemical Performance: A Combined Experimental and DFT Study

Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Synergistic Multimetal Effects in a High-Entropy Perovskite Oxide Anchored on Reduced Graphene Oxide for Accelerated Water Oxidation

Остовари М. А., Mehrabi-Kalajahi S., Hossein Vasigh S. A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 13 P. 3978–3985

Добавлено: 1 июня 2026 г.

ИССЛЕДОВАНИЕ АССОЦИАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ С РАЗВИТИЕМ МУЗЫКАЛЬНЫХ СПОСОБНОСТЕЙ ЧЕЛОВЕКА

Kazantseva A. V., A.V. Toropova, Khusnutdinova E. K. и др., ВАВИЛОВСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ, Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук» (ИЦиГ СО РАН) (Новосибирск) 2025 Vol. 30 No. 3 P. 470–481

Формирование музыкальных способностей, включающих абсолютный слух, музыкальную память, чувство ритма, музыкальность, в значительной степени определяется наследственной составляющей (до 68 %). Проведенные к настоящему времени работы с использованием полногеномного анализа сцепления и ассоциаций с музыкальной одаренностью позволили выявить более 100 генетических локусов. В этот спектр входят гены транскрипционных факторов, регуляции нейрогенеза и синаптической пластичности; гены, закрепленные ...

Добавлено: 29 мая 2026 г.

Sweet-taste liking is associated with preference for less risky and immediate rewards in economic decision-making

Anna Davidovich, Anna N. Shestakova, Арзуманян Н. Г. и др., Frontiers in Psychology 2026 Vol. 17 Article 1764306

Добавлено: 27 мая 2026 г.

An IQA/QTAIM Approach to the Chalcogen Bond

Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Singlet oxygen-mediated oxidation of sulfides with palladium(II) porphyrinates: The effect of partly conjugated peripheral substituents

Uskov F., Korobkov S., Бирин К. П. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 474 Article 116936

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Synthesis of Zwitterionic conjugates of cobalt Bis(dicarbollide) with BODIPY and their Photophysical properties and biological studies

Mezentsev I., Dudarova N., Druzina A. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 479 Article 117316

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Revealing Structure-Reporting Patterns of Pyruvylation Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Natural Saccharides

Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996

Добавлено: 25 мая 2026 г.

Novelty, Category and Orientation Tuning for Printed Characters: A Magnetoencephalography Study with Fast Periodic Visual Stimulation

Кочеткова Е. В., Kostanian D., Мартынова О. В. и др., Brain Topography 2026 Vol. 39 No. 4 Article 51

Добавлено: 24 мая 2026 г.

Sodium Hypophosphite Assisted Ruthenium Catalyzed Reductive Amination under Mild Conditions

Зверева О., Клюев Ф. С., Lebedeva N. и др., Organic Letters 2025 Vol. 27 No. 50 P. 13711–13716

Добавлено: 23 мая 2026 г.

TBAT as “Multitool” Catalyst for Polysiloxane Synthesis, Modification, and Recycling

Mikhail A. Losev, Andrey S. Kozlov, Afanasyev O. и др., ACS Catalysis 2026 Vol. 16 No. 10 P. 9380–9386

Добавлено: 22 мая 2026 г.

Reductive coupling of nitroarenes with carboxylic acids – a direct route to amide synthesis

Лосев М. А., Козлов А. С., Клюев Ф. С. и др., Organic and Biomolecular Chemistry 2023 Vol. 21 No. 42 P. 8477–8481

Добавлено: 22 мая 2026 г.

Molecular dynamics simulations refine the pathogenicity of ACVRL1 kinase domain variants by quantifying impacts on ATP binding in pulmonary arterial hypertension

Боровикова И. И., Uporov I., Охрименко Г. С. и др., Journal of Structural Biology 2026 Vol. 218 No. 2 Article 108315

Добавлено: 20 мая 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

uPAR deficiency triggers TGFβ1-mediated fibrotic remodeling in a cardiac perivascular-like microenvironment

Goltseva Y., Tsokolaeva Z., Beloglazova I. и др., Stem Cell Research and Therapy 2026 Vol. 17 No. 1 Article 112

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Dataset of solubility values for organic compounds in binary mixtures of solvents at various temperatures

Malikov D., Krasnov L., Kiseleva M. и др., Scientific data 2026 Vol. 13 Article 727

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Perovskite nanoparticles Cs4PbBr6 and CsPbBr3: synthesis, analysis and peculiar optical properties

Гущина В. А., / Series chemrxiv-2023-vpzhz-v2 "ChemRxiv". 2023.

Наночастицы полностью неорганических перовскитов CsPbBr3 и Cs4PbBr6 интенсивно изучаются благодаря их уникальным свойствам и широкому спектру применений; однако природа их оптических свойств до сих пор полностью не изучена из-за сложности синтеза однофазных наночастиц. В данной статье мы описываем особенности синтеза однофазных частиц и результаты их химического и фазового анализа. Используя данные о концентрациях наночастиц, мы ...

Добавлено: 14 мая 2026 г.

CsPbBr3 and Cs4PbBr6 perovskite nanoparticles: hidden potential of Cs4PbBr6 or ineffective fluorescence?

Гущина В. А., Mendeleev Communications 2025 Vol. 35 No. 2 P. 193–195

Наночастицы полностью неорганических перовскитов CsPbBr3 и Cs4PbBr6 интенсивно изучаются благодаря их уникальным оптическим свойствам, хотя синтез однофазных наночастиц представляет собой сложную задачу. В данной работе подробно описан метод синтеза однофазных наночастиц CsPbBr3 и Cs4PbBr6, а также их химический и фазовый анализ. В рамках современной концепции зонной структуры перовскитов выявлены и объяснены характерные оптические свойства, такие ...

Добавлено: 14 мая 2026 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.