Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

M. A. Gureev; Danilkina N. A.; Khlebnikov A. F.; Balova I. A.

doi:10.1134/S1070363224140111

Публикации

?

Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

Russian Journal of General Chemistry. 2024. Vol. 94. No. 1. P. S100–S119.

M. A. Gureev, Danilkina N. A., Khlebnikov A. F., Balova I. A.

Научное направление: Химия Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: Molecular Docking molecular dynamics enediyne antibiotics

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Молекулярная эволюция, подвижность белков и компьютерное молекулярное конструирование (2024)

Reconstruction of EEG signals using next-generation reservoir computing

Ратников Ф. Д., European Physical Journal: Special Topics 2026 P. 1–10

Добавлено: 12 августа 2026 г.

Hall effect in electrolyte solutions: Self-consistent Debye–Hückel–Onsager theory

Будков Ю. А., Каликин Н. Н., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 Article 064506

Добавлено: 12 августа 2026 г.

HPRC2: A human pangenome reference with near-complete coverage of common genetic variation

Lucas J., Hebbar P., Рябов Ф. Д. и др., / Series 10.64898/2026.07.21.739710 "10.64898/2026.07.21.739710". 2026.

Пангеномный референс позволяет преодолеть фундаментальное ограничение любого отдельного референсного генома за счёт интеграции генетической вариабельности, представленной в популяции. Мы представляем Release 2 Консорциума по созданию референсного пангенома человека (Human Pangenome Reference Consortium, HPRC2) — общедоступную пангеномную сборку второго этапа, которая примерно в пять раз превосходит HPRC Release 1 (HPRC1) по числу представленных геномов и демонстрирует ...

Добавлено: 10 августа 2026 г.

Encyclopedia of Ecology, 3rd Edition

Сандлерский Р. Б., Elsevier USA, 2026.

Добавлено: 9 августа 2026 г.

Structure of the Obligate Heterodimer of the IHF Protein in Solution and in the Crystal

Dadinova L., Petoukhov M., Можаев А. А. и др., Crystallography Reports 2026 Vol. 71 P. 52–58

Добавлено: 6 августа 2026 г.

Functional Brain Connectivity and Musical Training: Insights from EEG Phase Synchronization during Music Perception

Радыгина А. А., Куликова С. П., Herald of the Russian Academy of Sciences 2025 Vol. 95 No. 6 P. 963–970

Музыкальное обучение оказывает значительное влияние на организацию мозга, вызывая функциональные и структурные адаптации, которые усиливают слуховые, зрительные, моторные и когнитивные процессы. В данном исследовании изучается, как интенсивное музыкальное обучение формирует функциональную связность мозга, путём сравнения профессиональных музыкантов и не-музыкантов. С использованием анализа значения фазовой синхронизации (PLV) по данным ЭЭГ мы оценили нейронную синхронизацию в альфа-, ...

Добавлено: 5 августа 2026 г.

Surface-sulfonated Al₂O₃, CeO₂, and TiO₂ as functional fillers for Nafion-type gel polymer electrolytes for lithium metal batteries

Voropaeva D., S. Novikova, I. Stenina и др., Solid State Ionics 2026 Vol. 445 Article 117288

Добавлено: 30 июля 2026 г.

EEG evidence for reproducible neural states during Buddhist Highest Yoga Tantra meditation

Mikhaylets E. V., Razorenova A. М., Chernyshev V. L. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 Article 23560

Добавлено: 29 июля 2026 г.

Long-range machine-learning potentials with environment-dependent charges enable predicting LO-TO splitting and dielectric constants

Korogod D., Shapeev A., Ivan S. Novikov, Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 114 No. 2 Article 024104

Добавлено: 22 июля 2026 г.

Особенности потенциала, следующего за частотой, зарегистрированного в ответ на изменения в параметрах звучания речевого сигнала (изолированного слога)

Окнина Л. Б., Подлепич В. В., Зибер И. А. и др., Физиология человека 2026 Т. 52 № 3 С. 5–15

Целью настоящего исследования было оценить возможности использования потенциала, следующего за частотой (FFR), для анализа сохранности восприятия простых речевых стимулов у человека. Для этого зарегистрировали и проанализировали потенциалы, связанные с событиями (ПСС), в ответ на изолированные русские слоги у 29 здоровых испытуемых в двух диапазонах частот, стандартном (1-40 Гц) и высокочастотном (70-150 Гц), и сравнили выявленные ...

Добавлено: 30 июня 2026 г.

A Way to Create Mn-Containing GdFe3(BO3)4 and the Dopant Effect on Its Magnetic Properties

Moshkina E., Molokeev M., Zolotov A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 Vol. 1077 Article 189412

Добавлено: 29 июня 2026 г.

Incorporating Scientific Knowledge into Neural Network Density Functionals

Schneider M., Zaripov D., Dokin R. и др., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9 P. 4405–4414

Добавлено: 26 июня 2026 г.

Electrodeposition and electrochromic properties of hydrated mixed oxides MoxW1-xO3·2H2O films

Лауринавичюте В. К., Levin E. E., Mironkova A. A. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 81 Article 108389

Добавлено: 24 июня 2026 г.

Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум.

Рыскина Е. А., Лобаева Т. А., Ануркина А. И., Ваш формат, 2025.

Я Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум. Аннотация Аннотация к практикуму «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология» Учебное пособие «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум» (авторы: Лобаева Т. А., Рыскина Е. А., Ануркина А. И.; издательство «Ваш формат», 2025 год, 194 страницы) предназначено для студентов высших учебных заведений. Цель практикума — обеспечить комплексное освоение ключевых разделов биологии с акцентом на их прикладное значение в медицине. ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Embryonic enhancers help transmit positional information to the initiator cores that control Drosophila Abd-B regulatory domains

Kyrchanova O., Kudryashova K., Ibragimov A. и др., Development 2025 Vol. 152 No. 19 Article dev205051

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Initiators counteract Polycomb repression and stimulate long-range contacts between enhancers and the Abdominal-B promoter in Drosophila

Kyrchanova O., Ksenia Kudryashova, Dubrovskaya V. и др., Open Biology 2025 Vol. 15 No. 11 Article 250192

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Construction of Promoter Elements for Strong, Moderate, and Weak Gene Expression in Drosophila melanogaster

Kudryashova K.S., Deriglazova I. O., Osadchiy I. S. и др., Genes 2025 Vol. 16 No. 1 Article 3

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Diverse β-bungarotoxin isoforms manifest different affinities to voltage-gated potassium channels of Kv1.x subfamily

Ksenia Kudryashova, Filippova E., Kryukova E. и др., Archives of Biochemistry and Biophysics 2025 Vol. 769 Article 110437

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Combining Experimental and Computational Methods to Produce Conjugates of Anticholinesterase and Antioxidant Pharmacophores with Linker Chemistries Affecting Biological Activities Related to Treatment of Alzheimer's Disease

Махаева Г. Ф., Ковалева Н. В., Рудакова Е. В. и др., Molecules 2024 Vol. 29 No. 2 Article 321

В мире весьма высока потребность в эффективных препаратах для лечения болезни Альцгеймера (БА). В нашей предыдущей работе в этом направлении были синтезированы новые кандидатные препараты, состоящие из 4-амино-2,3-полиметиленхинолинов, конъюгированных с бутилированным гидрокситолуолом с помощью алкилиминовых или алкиламиновых линкеров фиксированной длины (спейсеров), и исследована их биологическая активность, важная для лечения БА. Здесь мы сообщаем о значительном ...

Добавлено: 14 сентября 2025 г.