Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

M. A. Gureev; Danilkina N. A.; Khlebnikov A. F.; Balova I. A.

doi:10.1134/S1070363224140111

Публикации

?

Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

Russian Journal of General Chemistry. 2024. Vol. 94. No. 1. P. S100–S119.

M. A. Gureev, Danilkina N. A., Khlebnikov A. F., Balova I. A.

Научное направление: Химия Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: Molecular Docking molecular dynamics enediyne antibiotics

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Молекулярная эволюция, подвижность белков и компьютерное молекулярное конструирование (2024)

Intentionally versus spontaneously prolonged Gaze: A MEG study of active gaze-based interaction

Vasilyev A., Svirin EP, Dubynin I. и др., Cortex 2025 Vol. 189 P. 76–96

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Role of Bach1 Transcription Factor in the Mechanisms of Cell Death

Karina V. Klycheva, Mariia O. Silkina, Dmitry M. Hushpulian и др., Biochemistry. Biokhimiia 2026 Vol. 91 P. 1842–1858

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Десинхронизация сенсомоторных ритмов при совершении квазидвижений, основанных на естественных движениях пальцев руки

Свирин Е. П., Бердышев Д. А., Шишкин С. Л., Вестник Российского государственного медицинского университета 2026 № 3 С. 42–50

Квазидвижения (КД) — попытки движения, минимизированные до исчезновения движения, — вызывают ЭЭГ-паттерны, схожие с реальным движением. КД могут моделировать попытки движения у здоровых участников и потому представляют интерес как альтернатива представлению движений (ПД) для реабилитационных интерфейсов мозг–компьютер (ИМК), в которых попытка движения парализованной конечностью используется как управляющий сигнал. КД ранее исследовали на отведении большого пальца. ...

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Large amyloid plaques associate with early behavioral alterations in 6-month-old APPswe/PS1dE9 mice

Sitdikova K., Tsoy A., Chaprov K. и др., Journal of Neuropathology and Experimental Neurology 2026 Article nlag078

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Effects of Wheat Malt Extract on Molecular and Behavioral Markers in Aged APP/PS1 and Wild-Type Mice

Kassenova A., Svirin E., Sitdikova K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2026 Vol. 27 No. 11 Article 4994

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Partial Serotonin Transporter Deficiency Modulates Plasma Metabolome, Arginine-Nitric Oxide Pathway and Emotional Behavior in Mice Exposed to Western Diet

Cespuglio R., Schmitt-Böhrer A., Deykin A. и др., Metabolites 2026 Vol. 16 No. 2 Article 117

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Stress tensor in fundamental measure theory of hard-sphere fluids: A thermomechanical approach

Будков Ю. А., Каликин Н. Н., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 No. 16 Article 164108

Добавлено: 22 октября 2026 г.

Anionic dysprosium complexes with two axial photochromic spirooxazine ligands, {(TMI-NSO)2.DyIIII4)(-), with TBA+ and Cp*2Co+ counter cations: zero-field SIM behaviour with high magnetization blocking barriers

Nazarov D., Фараонов М. А., Gritsan N. P. и др., Dalton Transactions 2026 Vol. 55 P. 14394–14408

Добавлено: 21 октября 2026 г.

Synthesis and photophysical properties of 3-azinyl-7-aminocoumarins: tuning solvatochromism, HLCT excited state, and static fluorescence quenching by picric acid

Новиков А. С., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 485 No. 1 Article 117796

A series of new coumarin-azine fluorophores based on 1,2,4-triazinyl and pyridinyl substituted derivatives of 7-aminocoumarin was synthesized via a nucleophilic substitution of hydrogen (SNH) reaction followed by an inverse electron-demand Diels–Alder transformation. The primary photophysical properties of 3-triazinyl coumarins and their pyridine analogs was investigated in toluene and acetonitrile solutions. Thus, the emission of the fluorophores in ...

Добавлено: 20 октября 2026 г.

Исследование движения сферического фронта клеток в вязком матриксе: роль клеточных делений и взаимодействия клеток с матриксом при развитии опухолей

Логвенков С. А., Известия РАН. Механика жидкости и газа 2026 № 3 С. 59–75

Решена задача об эволюции объемной концентрации клеток в сферическом агрегате, состоящем из клеток, внеклеточного матрикса и жидкости. Агрегат окружен внеклеточным матриксом. Постановка задачи использует разработанную автором ранее модель многофазной биологической сплошной среды, образованной двумя активно взаимодействующими твердыми фазами и жидкостью. Исследовано распространение сферического фронта клеток в вязком матриксе в результате деления клеток и активных взаимодействий клеток с ...

Добавлено: 20 октября 2026 г.

Mismatch Negativity as a Neural Correlate of Auditory Learning: Evidence From Implicit and Explicit Fine Frequency Discrimination Training

Левкович К. М., Zhurnal Vysshei Nervnoi Deyatelnosti Imeni I.P. Pavlova 2026 Vol. 76 No. 5 P. 587–598

Добавлено: 19 октября 2026 г.

Interpreting antiviral effects: from experimental measurements to mechanistic viral dynamics

Нерсисян А. Л., Frontiers in Molecular Biosciences 2026 Vol. 13 Article 1995001

Добавлено: 15 октября 2026 г.

Structure and conformational dynamics of formamide molecule in the ground and lowest excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V., Abramenkov A. и др., Computational and Theoretical Chemistry 2016 No. 1080 P. 23–32

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of N-methylformamide in ground S0 and excited S1 and T1 electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. А., Godunov I. А., Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer 2016 Vol. 177 P. 291–300

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of acetamide in the ground and lowest excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. А., Godunov I. А., Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer 2017 Vol. 192 P. 30–41

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of N-methylacetamide molecule in the ground and excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. A., Godunov I. A., Computational and Theoretical Chemistry 2017 Vol. 1113 P. 82–93

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Ground state geometry of PPV oligomers

Тукачев Н. В., Maslennikov D., Sosorev A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2019 Vol. 10 No. 12 P. 3232–3239

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Effects of π-spacer and fluorine loading on the optoelectronic and photovoltaic properties of (X-DADAD)n benzodithiophene-based conjugated polymers

Тукачев Н. В., Akkuratov A., Kuznetsov I. и др., Synthetic Metals 2020 Vol. 259 Article 116231

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Toward probing of the local electron–phonon interaction in small-molecule organic semiconductors with Raman spectroscopy

Тукачев Н. В., Nuraliev M., Parashchuk O. и др., Journal of Chemical Physics 2020 Vol. 153 No. 17 Article 174303

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Design of Novel Thiazolothiazole-Containing Conjugated Polymers for Organic Solar Cells and Modules

Тукачев Н. В., Akkuratov A., Nikitenko S. и др., Solar Energy 2020 Vol. 198 P. 605–611

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Impact of the acceptor units on optoelectronic and photovoltaic properties of (XDADAD)n-type copolymers:computational and experimental study

Тукачев Н. В., Klimovich I., Prudnov F. и др., Dyes and Pigments 2021 Vol. 185 Article 108899

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Effect of morphology and size on the thermodynamic stability of cerium oxide nanoparticles: Experiment and molecular dynamics calculation.

Чибисов А. Н., Pugachevskii M., Kuzmenko A. и др., Nanotechnology Reviews 2022 Vol. 11 No. 1 P. 620–624

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Effect of crack size and its position on cyclic deformation behavior of refractory highentropy alloy HfNbTiZr

Корзникова Е. А., Babicheva R. I., Davletbakov A. A. и др., JOURNAL OF MATERIALS SCIENCE: MATERIALS IN ENGINEERING 2026 Vol. 21 Article 84

С помощью комбинированного моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) исследовано влияние положения и размера трещины на ближний порядок (SRO) и поведение при высокотемпературном циклическом деформировании тугоплавкого высокоэнтропийного сплава (RHEA) HfNbTiZr с использованием моделей бикристаллов. Установлено, что на процесс формирования ближнего порядка влияет не только размер трещины (а именно величина ее раскрытия), но и ...

Добавлено: 24 сентября 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.