MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Effect of the Cut-Off Radius of the Interatomic Potential on the Surface Tension of n-Nonane in the SAFT-γ Mie Model

Smirnov O. M., Писарев В. В., Lenev D. Y., Russian Journal of Physical Chemistry A 2024 Vol. 98 No. 14 P. 3384–3388

Добавлено: 25 июня 2025 г.

Shear Viscosity of Short-Chain Imidazolium Ionic Liquids from Equilibrium and Nonequilibrium Molecular Dynamics: Atomistic and Coarse-Grained Levels

Одинцова Е. Г., Darya L. Gurina, Kruchinin S. E. и др., Industrial & Engineering Chemistry Research 2025 Vol. 64 No. 6 P. 3531–3543

Добавлено: 5 февраля 2025 г.

Influence of the lipid composition of lipid droplets on the efficiency of their protein-free fusion

Сенчихин И. Н., Urodkova E. K., Minkevich M. M. и др., Biophysical Reviews 2023 Vol. 15 Article 1505

Добавлено: 21 января 2025 г.

Thermal stability of monolayer fullerene networks: A molecular dynamics study with machine-learning potential

Логунов М. А., Лазарев М. В., Computational Materials Science 2025 Vol. 248 P. 113572–0

Добавлено: 17 января 2025 г.

Structure-function analyses of human TRPV6 ancestral and derived haplotypes

Neuberger A., Shalygin A., Trofimov Y. A. и др., Structure 2025 Vol. 33 No. 1 P. 91–103.e5

TRPV6 is a Ca2+ selective channel that mediates calcium uptake in the gut and contributes to the development and progression of human cancers. TRPV6 is represented by the ancestral and derived haplotypes that differ by three non-synonymous polymorphisms, located in the N-terminal ankyrin repeat domain (C157R), S1–S2 extracellular loop (M378V), and C-terminus (M681T). The ancestral and derived haplotypes were ...

Добавлено: 9 декабря 2024 г.

Force field comparison for molecular dynamics simulations of liquid membranes

Kashurin O., Кондратюк Н. Д., Lankin A. и др., Journal of Molecular Liquids 2024 Vol. 416 Article 126347

To accelerate the development of liquid ion-selective barriers based on ethers, we compare the all-atom force fields GAFF, OPLS-AA with charge correction 1.14*CM1A (OPLS-AA/CM1A), CHARMM version 36 (CHARMM36), and COMPASS for diisopropyl ether (DIPE) to determine the most appropriate model for further simulations of liquid membranes. Utilizing the selected force fields, we calculate the density and shear viscosity of ...

Добавлено: 27 ноября 2024 г.

Surface Tension and Adsorption at the Vapor–Liquid Interface in a Methane–Ethane System

Lenev D. Y., Zakharov S. A., V. V. Pisarev, Russian Journal of Physical Chemistry A 2024 Vol. 98 No. 12 P. 2816–2822

Добавлено: 15 ноября 2024 г.

Second nearest-neighbor modified embedded-atom method interatomic potentials for the Zr-X (X = Co, Fe, Ni) binary alloys

Ahmad Ostovari Moghaddam, Fereidonnejad R., Moaddeli M. и др., Computational Materials Science 2025 Vol. 247 Article 113534

Добавлено: 12 ноября 2024 г.

Binomial Uncertainty in Molecular Dynamics-Based Reactions Analysis

Tyukina S., Velmiskina J., Dmitrienko A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2024 Vol. 15 No. 7 P. 2105 – 2110

Добавлено: 29 октября 2024 г.

Применение метода молекулярной динамики в задачах прогнозирования поведения материалов инженерных барьеров безопасности ПЗРО

Болдырев К. А., Глушак А. А., Писарев В. В. и др., Радиоактивные отходы 2024 № 3 С. 83–95

В статье рассматриваются мировой и российский опыт использования методов атомистического моделирования вещества для изучения свойств глинистых и цементных материалов с целью обоснования долговременной безопасности пунктов захоронения радиоактивных отходов (ПЗРО). Приводится общая характеристика метода молекулярно-динамического моделирования и примеры решаемых с его помощью задач. Обсуждается точность получаемых параметров и коэффициентов и возможность их встраивания в многомасштабные модели ...

Добавлено: 30 сентября 2024 г.

Broad-Spectrum Activity of Membranolytic Cationic Macrocyclic Peptides Against Multi-Drug Resistant Bacteria and Fungi

Lohan S., Konshina A. G., Tiwari R. K. и др., European Journal of Pharmaceutical Sciences 2024 Vol. 197 Article 106776

The emergence of multidrug-resistant (MDR) strains causes severe problems in the treatment of microbial infections owing to limited treatment options. Antimicrobial peptides (AMPs) are drawing considerable attention as promising antibiotic alternative candidates to combat MDR bacterial and fungal infections. Herein, we present a series of small amphiphilic membrane-active cyclic peptides composed, in part, of various nongenetically encoded hydrophilic and ...

Добавлено: 15 сентября 2024 г.

Transmembrane Domains of Bitopic Proteins as a Key to Understand the Cellular Signaling (A Review)

Polyansky A. A., R. G. Efremov, Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2024 Vol. 50 No. 4 P. 1202–1214

В работе систематически представлены результаты, полученные авторами с помощью вычислительных методов и подкрепленные экспериментальными биофизическими данными в ходе многолетних исследований битопных мембранных белков (БМБ) – важнейших участников клеточной сигнализации. Представленный материал не претендует на роль обзора, поскольку авторы не ставили своей задачей скрупулезно изложить состояние проблемы и дать исчерпывающую информацию из литературных источников. Скорее это ...

Добавлено: 15 сентября 2024 г.

Structural Analysis and Activity Correlation of Amphiphilic Cyclic Antimicrobial Peptides Derived from the [W4R4] Scaffold

El-Mowafi S. A., Konshina A. G., Mohammed E. H. и др., Molecules 2023 Vol. 28 No. 24 Article 8049

In our ongoing quest to design effective antimicrobial peptides (AMPs), this study aimed to elucidate the mechanisms governing cyclic amphiphilic AMPs and their interactions with membranes. The objective was to discern the nature of these interactions and understand how peptide sequence and structure influence antimicrobial activity. We introduced modifications into the established cyclic AMP peptide, ...

Добавлено: 15 сентября 2024 г.

Fighting Celiac Disease: Improvement of pH Stability of Cathepsin L In Vitro by Computational Design

Chugunov A. O., Dvoryakova E. A., Dyuzheva M. A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 15 Article 12369

Roughly 1% of the global population is susceptible to the celiac disease (CD) — inheritable autoimmune inflammation of the small intestine, caused by intolerance to gliadin proteins present in wheat, rye and barley grains, and called gluten in wheat. Classic treatment is a life-long gluten-free diet, which is constraining and costly. Alternative approach is based ...

Добавлено: 15 сентября 2024 г.

Docking and Molecular Dynamics Studies on DNA-Heterocyclic Enediynes Interaction to Identify the Preferred Binding Mode

M. A. Gureev, Danilkina N. A., Khlebnikov A. F. и др., Russian Journal of General Chemistry 2024 Vol. 94 No. 1 P. S100–S119

Добавлено: 2 сентября 2024 г.

Molecular dynamics simulation of hydrocalumite as adsorbent for anionic radionuclides

Глушак А. А., Тарарушкин Е. В., Смирнов Г. С. и др., Applied Geochemistry 2024 Vol. 170 Article 106089

Hydrocalumite, is a hydration product of aluminum-rich cements, and is known in cement chemistry as an AFm phase. Structurally, it belongs to the family of layered double hydroxides, or “anionic clays”, where positively charged crystal layers require the presence of negatively charged ions in the interlayer space. Therefore, AFm phases can serve as potential adsorbents ...

Добавлено: 2 июля 2024 г.

Структурные и диффузионные свойства дегидратированного двойного слоистого гидроксида алюминия и лития на основе метода молекулярной динамики

Лукьянчук В. Г., Ланкин А. В., Норман Г. Э., Письма в Журнал экспериментальной и теоретической физики 2023 Т. 118 № 8 С. 609–614

Построена атомистическая модель дегидратированного хлорсодержащего двойного слоистого гидроксида алюминия и лития , ДГАЛ-Cl, перспективного вещества для сорбции лития из бедных рассолов. Найдены эффективные заряды атомов системы методом DDEC6 (Density Derived Electrostatic and Chemical approach). Проведен молекулярно-динамический анализ ДГАЛ-Cl на основе построенной модели. Рассчитаны структурные характеристики трех пар атомов в металлических слоях ДГАЛ-Cl и распределение плотности вероятности ...

Добавлено: 16 апреля 2024 г.

Simulation of Molecular Dynamics of SARS-CoV-2 S-Protein in the Presence of Multiple Arbidol Molecules: Interactions and Binding Mode Insights

Borisevich S., Khamitov E., Maxim A. Gureev и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 1 Article 119

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Can molecular dynamics explain decreased pathogenicity in mutant camphecene-resistant influenza virus?

Borisevich S. S., Maxim A. Gureev, Yarovaya O. I. и др., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2022 Vol. 40 No. 12 P. 5481–5492

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Borneol Ester Derivatives as Entry Inhibitors of a Wide Spectrum of SARS-CoV-2 Viruses

Yarovaya O., Shcherbakov D., Borisevich S. и др., Viruses 2022 Vol. 14 No. 6 Article 1295

Добавлено: 8 февраля 2024 г.

Exhaustive in silico design and screening of novel antipsychotic compounds with improved pharmacodynamics and blood-brain barrier permeation properties

Tamaian R., Porozov Yu., Shityakov S., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2023 Vol. 41 No. 24 P. 14849–14870

Добавлено: 27 января 2024 г.