Assessment of structural changes in proteins and surrounding water molecules in solution according to SAXS and MD data

Smirnov A.; Semenov A.; Yuri B. Porozov; Fedorov B.

doi:10.17586/2220-8054-2022-13-3-274-284

Публикации

?

Assessment of structural changes in proteins and surrounding water molecules in solution according to SAXS and MD data

Nanosystems: Physics, Chemistry, Mathematics, Russia. 2022. Vol. 13. No. 3. P. 274–284.

Smirnov A., Semenov A., Yuri B. Porozov, Fedorov B.

Научное направление: Физика

Язык: английский

DOI

Ключевые слова: molecular dynamics Water structure small-angle X-ray solution scattering protein structure in solution

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Корнилов В. В., Batienkov R., Lecture Notes in Civil Engineering 2026 Vol. 886 P. 249–255

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Shulman I., Лебедев А. А., Studies in Computational Intelligence 2026 Vol. 1265 P. 266–273

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Неравновесное состояние в квазиодномерных сверхпроводящих каналах

Арутюнов К. Ю., Харитонов И. А., Петросянц К. О., JETP Letters 2026 Vol. 124 No. 6 P. 1–16

Добавлено: 13 октября 2026 г.

When universal machine learning models fail in capacitance prediction for carbon-based supercapacitors: Leakage-aware validation and electrolyte screening

Makarov D. M., Каликин Н. Н., Fashchevsky K. A. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 579 Article 150159

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Ranging Precision Comparison of Direct and Non-Line-of-Sight LiDAR Systems Based on SNSPD

Махлуф М., Ожегов Р. В., Елезов М. С. и др., Фотоника 2026 Vol. 20 No. 6 P. 414–423

В данной работе проведено сравнение точности дальнометрии лидарных архитектур прямого времени пролёта (dToF) и вне прямой видимости (NLOS), обе из которых используют сверхпроводящий нанопроволочный детектор одиночных фотонов (SNSPD). Обе системы работают на длине волны 1550 нм с импульсным лазером длительностью 50 пс и методом коррелированного во времени счёта одиночных фотонов (TCSPC). Конфигурация dToF обеспечила точность около 100 мкм ...

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Proceedings of the 34th IUPAP Conference on Computational Physics: CCP2023, August 4-8, Kobe, Japan

Singapore: Springer, 2026.

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Effect of External Pressure and Quantum State on the Local Magnetization of Germanium Layers: Ab Initio Calculation.

Goncharov A., Чибисов А. Н., Advanced Theory and Simulations 2023 Vol. 12 No. 13 Article 2200816

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Multiphosphorylated molecules for buried interface regulation of inverted perovskite solar cells in a two-step process

Luo S., Bi Z., Xiong L. и др., Energy and Environmental Sciences 2026 Vol. 19 No. 6 P. 2069–2083

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

Predicting viscosity-concentration dependencies of binary organic mixtures using molecular dynamics methods

Kashurin O., Deshchenya V., Кондратюк Н. Д., Fluid Phase Equilibria 2025 Vol. 589 Article 114244

Добавлено: 12 августа 2025 г.

PANDA: Predicting angle from nanoscale density analysis

Semenchuk A., Кондратюк Н. Д., Kopanichuk I., Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2025 Vol. 708 Article 135994

Добавлено: 12 августа 2025 г.

Understanding the role of confinement in the behavior of ionic liquid–organic solvent mixtures in slit carbon micropores: Insights from molecular dynamics

Darya Gurina, Будков Ю. А., Journal of Molecular Liquids 2025 Vol. 419 Article 126734

Добавлено: 22 декабря 2024 г.

Shedding light on the DICER1 mutational spectrum of uncertain significance in malignant neoplasms

Bug D., Moiseev I. S., Porozov Yu.B. и др., Frontiers in Molecular Biosciences 2024 Vol. 11 Article 1441180

The Dicer protein is an indispensable player in such fundamental cell pathways as miRNA biogenesis and regulation of protein expression in a cell. Most recently, both germline and somatic mutations in DICER1 have been identified in diverse types of cancers, which suggests Dicer mutations can lead to cancer progression. In addition to well-known hotspot mutations ...

Добавлено: 16 октября 2024 г.

МОДЕЛИРОВАНИЕ ТРАНСПОРТНЫХ СВОЙСТВ ВОДНЫХ РАСТВОРОВ САХАРОЗЫ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Дещеня В. И., Кондратюк Н. Д., Ланкин А. В. и др., Журнал физической химии 2022 Т. 96 № 3 С. 373–380

Для водного раствора сахарозы методом классической молекулярной динамики рассчитаны температурные зависимости плотности, а также коэффициентов вязкости и диффузии в диапазоне температур 273–343 K. Вычислен гидродинамический радиус молекулы сахарозы в водном растворе. Проведено сравнение полученных результатов с экспериментальными данными. ...

Добавлено: 24 октября 2022 г.

АТОМИСТИЧЕСКОЕ КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ГИДРОКАЛЮМИТА КАК АДСОРБЕНТА РАДИОАКТИВНЫХ АНИОНОВ ИЗ ВОДНЫХ РАСТВОРОВ

Глушак А. А., Тарарушкин Е. В., Калиничев А. Г., Russian Journal of Physical Chemistry A 2022 Т. 96 № 4 С. 535–537

Представлены результаты компьютерного атомистического моделирования гидрокалюмита (цементная AFm-фаза) с анионами Cl– и I– в межслоевом пространстве как потенциального адсорбента радионуклидов 36Cl, 129I, 137Cs. Изучены как свойства самих кристаллов, так и взаимодействие водных растворов CsCl и CsI с поверхностью кристаллических фаз. Показано, что существует более сильная адсорбция анионов Cl– по сравнению с I– на поверхности гидрокалюмита, что можно объяснить различием ионных радиусов гидратированных ...

Добавлено: 16 мая 2022 г.

Quantum accurate SNAP carbon potential for MD shock simulations

Belonoshko Anatoly B., Willman J., Williams A. и др., AIP Conference Proceedings 2020 Vol. 2272 No. 1 P. 070055-1–070055-5

Добавлено: 21 января 2021 г.

Density and sound velocity of liquid Fe-S alloys at Earth's outer core P-T conditions

Fu J., Cao L., Duan X. и др., American Mineralogist 2020 Vol. 105 No. 9 P. 1349–1354

Добавлено: 21 января 2021 г.

Spatiotemporal analysis of nonaffine displacements in disordered solids sheared across the yielding point

Приезжев Н. В., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2020 Vol. 51

Добавлено: 16 июня 2020 г.

Study of phase transition in the pure metal melt during ultrafast cooling by method of higher-order correlation functions

Флейта Д. Ю., Норман Г. Э., Писарев В. В., Journal of Physics: Conference Series 2018 Vol. 946 P. 012102

Добавлено: 18 февраля 2020 г.

Collective behaviour of a glass-forming film of pure aluminium

Флейта Д. Ю., Норман Г. Э., Писарев В. В., Journal of Physics: Condensed Matter 2020 Vol. 32 No. 21 P. 214009

Добавлено: 18 февраля 2020 г.

Behavior of Doxorubicin Lipophilic Conjugates in Liposomal Lipid Bilayers.

Алексеева А. С., Волынский П. Е., Чугунов А. О. и др., Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2018 Vol. 44 No. 6 P. 732–739

Получение липосомальных препаратов путем включения водорастворимых лекарств в липидный бислой в виде липофильных пролекарств представляет значительный интерес. Ранее мы синтезировали диолеоилглицеридный и олеоильный конъюгаты доксорубицина, предназначенные для встраивания в жидкофазный бислой липосом. В данной работе исследовано влияние структуры липидных производных доксорубицина на их поведение в бислоях из пальмитоилолеоилфосфатидилхолина и димиристоилфосфатидилхолина с помощью флуоресцентных методов и ...

Добавлено: 25 февраля 2019 г.

Reactive molecular-dynamics study of onion-like carbon nanoparticle formation

Остроумова Г. М., Орехов Н. Д., Стегайлов В. В., Diamond and Related Materials 2019 Vol. 94 P. 14–20

Добавлено: 22 февраля 2019 г.

Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell.

Ефремов Р. Г., Нольде Д. Е., Волынский П. Е. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 No. 413 P. 1–12

Добавлено: 6 февраля 2019 г.

Exhaustive conformational search for transition states: the case of catechol O-methyltransferase active site

Свитанько И. В., Medvedev M. G., Panova M. V. и др., Mendeleev Communications 2017 Vol. 27 No. 3 P. 224–227

A combination of the common quantum mechanics based transition state theory and exhaustive conformational search for the modeling of difficult reactions with hundreds of competing transition states is proposed. This approach is applied to study all transition state conformations of a reaction occurring in the catechol O-methyltransferase (COMT) active site in the absence of a ...

Добавлено: 25 декабря 2018 г.