Structure-based rational design of an enhanced fluorogen-activating protein for fluorogens based on GFP chromophore

Goncharuk M.; Baleeva N.; Nolde Dmitry E.; Gavrikov A.; Mishin A.; Mishin A.; Sosorev A.; Arseniev A.; Goncharuk S.; Borshchevskiy V.; Efremov Roman G.; Mineev K.; Baranov M.

doi:10.1038/s42003-022-03662-9

?

Structure-based rational design of an enhanced fluorogen-activating protein for fluorogens based on GFP chromophore

Communications Biology. 2022. Vol. 5. Article 706.

Goncharuk M., Baleeva N., Nolde Dmitry E., Gavrikov A., Mishin A., Mishin A., Sosorev A., Arseniev A., Goncharuk S., Borshchevskiy V., Efremov Roman G., Mineev K., Baranov M.

Научное направление: Химия Физика Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: молекулярная динамика chemical synthesis химический синтез NMR molecular dynamics ЯМР fluorescent proteins флуоресцентные белки

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Суперкомпьютерные технологии, теория и атомистическое многомасштабное моделирование в физике материалов и науках о живом (2022)

Предвестники солнечных вспышек по наблюдениям на RSTN

Бакунина И.А., Абрамов-Максимов В. Е., Геомагнетизм и аэрономия 2026 Т. 66 № 3 С. 515–529

Проанализировано 8 вспышечных событий по данным многочастотных наблюдений сети радиотелескопов Radio Solar Telescope Network. Целью анализа было выявление предвестников солнечных вспышек. В семи рассмотренных случаях выявлены предвспышечные квазипериодические флуктуации радиоизлучения. Сделанная по вейвлет-спектрам оценка квазипериодов дает в большинстве случаев значения 40–50 сек. В одном событии с большой вспышкой класса M8.0 квазипериодические флуктуации не проявились. В ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Взаимное расположение магнитных жгутов и источников микроволнового излучения в эруптивных вспышках

И.А. Бакунина, В.Ф. М., А.В. Ш. и др., Геомагнетизм и аэрономия 2025 Т. 65 № 9 С. 1363–1373

Рассмотрена связь особенностей положения и ориентации магнитных жгутов в активной области (АО) с источниками микроволнового (17 ГГц) излучения и излучения в крайнем ультрафиолетовом диапазоне (EUV) при возникновении эруптивных вспышек, сопровождающихся корональными выбросами массы, и вспышек с "запертой" эрупцией. Приведены примеры эруптивных событий, демонстрирующие пространственное совпадение микроволновых источников с расположением магнитных жгутов в АО, восстановленных при ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Embryonic enhancers help transmit positional information to the initiator cores that control Drosophila Abd-B regulatory domains.

Kyrchanova O., Kudryashova K., Ibragimov A. и др., Development 2025 Vol. 152 No. 19 Article 205051

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Initiators counteract Polycomb repression and stimulate long-range contacts between enhancers and the Abdominal-B promoter in Drosophila

Kyrchanova O., Ksenia Kudryashova, Dubrovskaya V. и др., Open Biology 2025 Vol. 15 No. 11 Article 250192

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Construction of Promoter Elements for Strong, Moderate, and Weak Gene Expression in Drosophila melanogaster

Kudryashova K.S., Deriglazova I. O., Osadchiy I. S. и др., Genes 2025 Vol. 16 No. 1 Article 3

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Diverse β-bungarotoxin isoforms manifest different affinities to voltage-gated potassium channels of Kv1.x subfamily

Ksenia Kudryashova, Filippova E., Kryukova E. и др., Archives of Biochemistry and Biophysics 2025 Vol. 769 Article 110437

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Моделирование влияния температуры на взаимодействие катода с тонкой диэлектрической пленкой и плазмы тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути

Г. Г. Бондаренко, Кристя В. И., Савичкин Д. О. и др., Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования 2026 № 4 С. 29–36

Сформулирована модель тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути при наличии на поверхности катода тонкой диэлектрической пленки. Рассчитаны зависимости характеристик разряда от температуры в интервале ее изменения, в котором заметный вклад в ионизацию рабочей газовой смеси дает ионизация атомов ртути метастабильными возбужденными атомами аргона (реакция Пеннинга). Показано, что в случае катода без диэлектрической пленки при повышении температуры до ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Kolmogorov–Arnold networks for genomic tasks

Попцова М. С., Briefings in Bioinformatics 2025 Vol. 26 No. 2 P. 1–11

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Molecular biology of the deadliest cancer – glioblastoma: what do we know?

Aly Ismailov, Спаллоне А., Belogurov A. и др., Frontiers in Immunology 2025 Vol. 16 Article 1530305

Добавлено: 17 июня 2026 г.

Supervised Learning in Critical Phenomena—Statistical and Systematic Accuracy

Chertenkov V. I., Щур Л. Н., Lobachevskii Journal of Mathematics 2026 Vol. 47 No. 2 P. 720–727

Добавлено: 16 июня 2026 г.

ВНИИОФИ в период 2016–2025 годов: основные результаты научной деятельности

Батурин А. С., Гаврилов В. Р., Иванов А. В. и др., Измерительная техника 2026 Т. 75 № 2 С. 14–28

28 декабря 2025 года Всероссийскому научно-исследовательскому институту оптико-физических измерений (ВНИИОФИ) исполнилось 60 лет. За прошедшие десятилетия институт выполнил значительное количество научных исследований, разработал и поставил потребителям тысячи высокоточных средств оптико-физических измерений (включая эталонное оборудование). В статье представлены наиболее значимые для метрологического обеспечения оптико-физических измерений результаты научно-исследовательских работ, выполненных ВНИИОФИ за период 2016–2025 гг. ...

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Государственный первичный эталон единиц оптической силы и коэффициента передачи модуляции очковой оптики и объективов ГЭТ 205-2025

Вишняков Г. Н., Левина Э. Ю., Минаев В. Л., Измерительная техника 2025 Т. 74 № 2 С. 20–27

Качество формируемого оптической системой изображения определяется её частотно-контрастной характеристикой или коэффициентами передачи модуляции на различных пространственных частотах. Для обеспечения единства измерений коэффициентов передачи модуляции и создания эталонной базы по воспроизведению, хранению и передаче единицы коэффициента передачи модуляции усовершенствован Государственный первичный эталон единиц оптической силы очковой оптики ГЭТ 205-2013 в части воспроизведения единицы коэффициентов передачи модуляции ...

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Unique morphology and ecology lifestyle of a new craniiform brachiopod from the Upper Ordovician of Estonia (Baltica)

Темерева Е. Н., Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 2026 Vol. 697 P. 1–11

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Does the pedicle exist in craniiform brachiopods?

Темерева Е. Н., Zoological Journal of the Linnean Society 2025 Vol. 205 No. 2 P. 1–13

Добавлено: 15 июня 2026 г.

Impact of heat treatment on microstructure and mechanical properties of additively manufactured aluminum bronze

Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162

Добавлено: 12 июня 2026 г.

Microbial diversity and production of milk spirit using traditional Buryat fermentation and distillation technologies

Namsaraev Z., Nanzatov B., Козлова А. Д. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 No. 1 Article 17769

Дистиллированные кисломолочные напитки встречаются в пищевой промышленности редко, несмотря на повсеместное распространение растительных спиртных напитков. В настоящее время производство крепких дистиллированных алкогольных напитков из кисломолочных продуктов с использованием традиционных технологий известно лишь среди монголоязычных народов и их сибирских соседей. Данное исследование представляет собой первый междисциплинарный анализ дарасуна, традиционного бурятского спиртного напитка, изготавливаемого из кисломолочного напитка ...

Добавлено: 10 июня 2026 г.

Revealing Structure-Reporting Patterns of Pyruvylation Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Natural Saccharides

Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996

Добавлено: 25 мая 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.