Supramolecular complexes of DNA with cationic polymers: The effect of polymer concentration.

Публикации

?

Supramolecular complexes of DNA with cationic polymers: The effect of polymer concentration.

Polymer. 2021.

Кондинская Д. А., Gurtovenko A.

Язык: английский

DOI

Water confined in heterogeneous clay–quartz pores: Structure and dynamics from atomistic simulations

Глушак А. А., Тарарушкин Е. В., Смирнов Г. С., Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2027 Vol. 752 Article 141756

Добавлено: 15 сентября 2026 г.

(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins

Gribkova A., Armeev G. A., Kirpichnikov M. и др., Nucleic Acids Research 2026 Vol. 54 No. 2 Article gkaf1489

Полный набор белков, ассоциированных с хроматином (совокупно называемый хроматомом), обеспечивает функционирование генома у эукариот, участвуя в широком спектре физико-химических процессов. К ним относятся опосредование разнообразных специфических и неспецифических межмолекулярных взаимодействий, катализ синтеза и модификации макромолекул *in situ*, содействие АТФ-зависимому ремоделированию хроматина и т. д. Несмотря на значительный прогресс в области эпигеномики и структурной характеристики многих ...

Добавлено: 17 февраля 2026 г.

Linking transport, structural and relaxation properties of supercooled 1-methylnaphthalene at high pressures via molecular modeling

Nikitiuk B., Nikolay Kondratyuk, Писарев В. В., Journal of Molecular Liquids 2025 Vol. 440 Article 128894

Добавлено: 12 ноября 2025 г.

The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

Amaro R., Åqvist J., Bahar I. и др., Nature Methods 2025 Vol. 22 P. 641–645

Добавлено: 18 апреля 2025 г.

Z-DNA formation in promoters conserved between human and mouse are associated with increased transcription reinitiation rates.

Бекназаров Н. С., Dmitry Konovalov, Herbert A. и др., Scientific Reports 2024 Vol. 14 Article 17786

Добавлено: 24 октября 2024 г.

Липид-опосредованная адаптация белков и пептидов в клеточных мембранах

Полянский А. А., Ефремов Р. Г., Биологические мембраны 2024 Т. 41 № 4 С. 403–421

Представлены результаты исследований в компьютерном эксперименте молекулярных механизмов адаптации модельных клеточных мембран, реализующейся в ходе их взаимодействия с белками и пептидами. Речь идет об изменении структурно-динамических параметров водно-липидной среды, гидрофобной/гидрофильной организации поверхности липидного бислоя (так называемой «мозаичности») и пр. Взятые в совокупности, эти эффекты получили название «мембранного ответа» (МО) – важнейшей способности клеточных мембран специфично и устойчиво ...

Добавлено: 19 сентября 2024 г.

Protective Dps–DNA co‐crystallization in stressed cells: an in vitro structural study by small‐angle X‐ray scattering and cryo‐electron tomography

Dadinova L., Chesnokov Y., Kamyshinsky R. и др., FEBS Letters 2019 Vol. 593 No. 12 P. 1360–1371

Добавлено: 4 февраля 2024 г.

Polymorphic Protective Dps–DNA Co-Crystals by Cryo Electron Tomography and Small Angle X-Ray Scattering

Kamyshinsky R., Chesnokov Y., Dadinova L. и др., Biomolecules 2019 Vol. 10 No. 1 P. 39–0

Добавлено: 4 февраля 2024 г.

Analysis of Ion Atmosphere Around Nucleosomes Using Supercomputer MD Simulations

Nikita A. Kosarim, Armeev G., Alexey K. Shaytan и др., Supercomputing Frontiers and Innovations 2022 Vol. 9 No. 2 P. 56–67

Добавлено: 4 сентября 2023 г.

Transport properties of imidazolium-based room temperature ionic liquids in confinement of slit charged carbon nanopores: New insights from molecular simulations

Darya Gurina, Ekaterina Odintsova, Krestyaninov M. A. и др., Journal of Molecular Liquids 2023 Vol. 390 No. A Article 122961

Добавлено: 31 августа 2023 г.

Structure and properties of water in a new model of the 10-Å phase: classical and ab Initio atomistic computational modeling

Тарарушкин Е. В., Смирнов Г. С., Kalinichev A. G., Minerals 2023 Vol. 13 No. 8 Article 1018

Добавлено: 1 августа 2023 г.

Interaction of Nitrite Ions with Hydrated Portlandite Surfaces: Atomistic Computer Simulation Study

Тарарушкин Е. В., Писарев В. В., Kalinichev A. G., Materials 2023 Vol. 16 No. 14 Article 5026

Добавлено: 21 июля 2023 г.

On a mechanistic impact of transmembrane tetramerization in the pathological activation of RTKs

Polyansky A., Roman G. Efremov, Computational and Structural Biotechnology Journal 2023 Vol. 21 P. 2837–2844

Добавлено: 19 мая 2023 г.

Применение лекарственных препаратов на основе нуклеиновых кислот в терапии различных заболеваний

Трошин Д. С., В кн.: Сборник научно-исследовательских работ студентов и аспирантов – стипендиатов Фонда им. В.И. Вернадского.: Фонд им. В.И. Вернадского, 2022. С. 78–82.

Нуклеиновые кислоты (НК) представляют собой молекулярную основу всех живых организмов. Данный класс химических соединений был открыт в 1968 году Фридрихом Мишером. С тех пор их свой ства изучались учеными со всего мира. Первоначально нуклеиновые кислоты были получены в виде нуклеопротеидов из гнойных выделений. Далее такой источник НК был заменен Мишером на молоки лососевых рыб. Данная альтернатива оказалась довольно целесообразной ...

Добавлено: 13 мая 2023 г.

Структура углеводородной жидкости и течения Куэтта в щелевых порах со стенками из пирофиллита

Логунов М. А., Калиничев А. Г., Писарев В. В., Высокомолекулярные соединения. Серия А 2022 Т. 64 № 6 С. 470–480

Методом молекулярной динамики промоделирован процесс течения Куэтта углеводородной жидкости в щелевых порах и исследована динамика упорядочения молекул жидкости в зависимости от плотности жидкости и размера щели. Результаты статистического анализа образующихся областей упорядоченных молекул углеводородной жидкости свидетельствуют о том, что материал стенки и вязкость жидкости влияют на величину таких областей. ...

Добавлено: 28 февраля 2023 г.

From DNA-protein interactions to the genetic circuit design using CRISPR-dCas systems

Шайтан А. К., Novikov R., Vinnikov R. и др., Frontiers in Molecular Biosciences 2022 Vol. 9 Article 1070526

В последнее десятилетие технология CRISPR-Cas приобрела широкую популярность в самых разных областях: от редактирования генома и обнаружения специфических последовательностей ДНК/РНК до контроля экспрессии генов. В основе этой технологии лежит способность комплексов CRISPR-Cas программироваться для нацеливания на определенные локусы ДНК даже при использовании каталитически неактивных dCasпротеинов. Репертуар природных и сконструированных dCas-белков, включая слитые белки, представляет собой ...

Добавлено: 9 декабря 2022 г.

Electron microscopy analysis of ATP-independent nucleosome unfolding by FACT

Sivkina A., Karlova M., McCullough L. и др., Communications Biology 2022 Vol. 5 No. 1 Article 2

FACT является шапероном гистонов, который участвует в удалении и повторной сборке нуклеосом во время транскрипции и репликации. Мы использовали электронную микроскопию для изучения комплексов FACT, FACT:Nhp6 и FACT:Nhp6:нуклеосома и обнаружили, что все комплексы принимают широкий диапазон конфигураций, что указывает на высокую гибкость. Мы неожиданно обнаружили, что ДНК-связывающий белок Nhp6 также связывается с С-концевыми хвостами субъединиц ...

Добавлено: 9 декабря 2022 г.

Mechanical annealing and yielding transition in cyclically sheared binary glasses

Приезжев Н. В., Journal of Non-Crystalline Solids 2022 Vol. 590 Article 121697

Добавлено: 16 мая 2022 г.