?
Технология «динамического молекулярного портрета» в вычислительном анализе белков и биомембран
Детальный анализ меняющихся во времени свойств молекулярных поверхностей играет важную роль в процессах распознавания, взаимодействия и передачи сигналов в биомолекулярных системах. Технология «динамического молекулярного портрета» представляет собой современный подход к расчету, наглядной визуализации и сравнительному анализу различных физико-химических характеристик поверхности биомолекул. Эффективное использование таких подходов требует создания специальных методов компьютерной обработки, анализа и представления «молекулярных портретов». Описано применение технологии в работе с белками, мембранами и их комплексами. Показано, что в результате удается повысить точность решения задач молекулярного докинга белок-лиганд, белок-белок и белок-мембрана. Кроме того, предложен оригинальный метод «белковой топографии», который позволяет наглядно представить полную поверхность молекулы белка в виде двумерных карт. Он применяется также для выявления конформационных изменений между различными состояниями молекул,
для проведения сравнительного анализа групп биообъектов, нахождения в них общих и специфических характеристик. Методы «динамического молекулярного портрета» в значительной степени дополняют современные технологии докинга, наглядно иллюстрируют комплементарность свойств поверхностей лиганда и белка-рецептора, позволяют характеризовать мозаичность поверхности клеточных мембран и т.д. Использование подобных технологий совместно с экспериментальными и независимыми вычислительными методами создает надежную основу для рационального конструирования новых биологически активных соединений с заданными свойствами.