Nanoscale lipid domains determine the dynamic molecular portraits of mixed DOPC/DOPS bilayers in a fluid phase: a computational insight

Veretenenko I. I.; Trofimov Y. A.; Krylov N. A.; R. Efremov

doi:10.1016/j.bbamem.2024.184376

Публикации

?

Nanoscale lipid domains determine the dynamic molecular portraits of mixed DOPC/DOPS bilayers in a fluid phase: a computational insight

Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2024. Vol. 1866. No. 7. Article 184376.

Veretenenko I. I., Trofimov Y. A., Krylov N. A., Ефремов Р. Г.

Научное направление: Физика

Язык: английский

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: cluster analysis кластерный анализ молекулярная динамика molecular hydrophobicity potential молекулярный гидрофобный потенциал Molecular dynamics simulation Dynamic molecular portrait Lipid-lipid interactions Lipid nanodomains Model lipid bilayers Динамический молекулярный портрет липид-липидные взаимодействия Липидные нанодомены Модельные липидные бислои

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Корнилов В. В., Batienkov R., Lecture Notes in Civil Engineering 2026 Vol. 886 P. 249–255

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Shulman I., Лебедев А. А., Studies in Computational Intelligence 2026 Vol. 1265 P. 266–273

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Неравновесное состояние в квазиодномерных сверхпроводящих каналах

Арутюнов К. Ю., Харитонов И. А., Петросянц К. О., JETP Letters 2026 Vol. 124 No. 6 P. 1–16

Добавлено: 13 октября 2026 г.

When universal machine learning models fail in capacitance prediction for carbon-based supercapacitors: Leakage-aware validation and electrolyte screening

Makarov D. M., Каликин Н. Н., Fashchevsky K. A. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 579 Article 150159

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Ranging Precision Comparison of Direct and Non-Line-of-Sight LiDAR Systems Based on SNSPD

Махлуф М., Ожегов Р. В., Елезов М. С. и др., Фотоника 2026 Vol. 20 No. 6 P. 414–423

В данной работе проведено сравнение точности дальнометрии лидарных архитектур прямого времени пролёта (dToF) и вне прямой видимости (NLOS), обе из которых используют сверхпроводящий нанопроволочный детектор одиночных фотонов (SNSPD). Обе системы работают на длине волны 1550 нм с импульсным лазером длительностью 50 пс и методом коррелированного во времени счёта одиночных фотонов (TCSPC). Конфигурация dToF обеспечила точность около 100 мкм ...

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Proceedings of the 34th IUPAP Conference on Computational Physics: CCP2023, August 4-8, Kobe, Japan

Singapore: Springer, 2026.

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Effect of External Pressure and Quantum State on the Local Magnetization of Germanium Layers: Ab Initio Calculation.

Goncharov A., Чибисов А. Н., Advanced Theory and Simulations 2023 Vol. 12 No. 13 Article 2200816

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Quantum-mechanical study of the optimal phosphorus atoms arrangement on silicene.

Чибисов А. Н., Gnidenko A., Chibisova M. и др., FlatChem 2023 Vol. 41 Article 100533

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Navigating Complexity: Statistical Methods, Data Analysis, and Machine Learning for Actionable Insights

Switzerland: Springer Cham, 2026.

Добавлено: 25 сентября 2026 г.

Effect of crack size and its position on cyclic deformation behavior of refractory highentropy alloy HfNbTiZr

Корзникова Е. А., Babicheva R. I., Davletbakov A. A. и др., JOURNAL OF MATERIALS SCIENCE: MATERIALS IN ENGINEERING 2026 Vol. 21 Article 84

С помощью комбинированного моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) исследовано влияние положения и размера трещины на ближний порядок (SRO) и поведение при высокотемпературном циклическом деформировании тугоплавкого высокоэнтропийного сплава (RHEA) HfNbTiZr с использованием моделей бикристаллов. Установлено, что на процесс формирования ближнего порядка влияет не только размер трещины (а именно величина ее раскрытия), но и ...

Добавлено: 24 сентября 2026 г.

ChronoCast: A time-series paradigm for molecular dynamics simulation using equivariant graph neural networks

Кузькин В. А., Кривцов А. М., Wang Y. и др., Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics 2026 Vol. 113 Article 65305

Мы предлагаем подход к моделированию молекулярной динамики на основе анализа временных рядов, получивший название ChronoCast; в нем используется усовершенствованная авторегрессионная эквивариантная графовая нейронная сеть, преобразующая традиционно трудоемкий процесс интегрирования уравнений движения в задачу прогнозирования. Такое переосмысление задачи открывает перспективный путь к преодолению проблемы огромных вычислительных затрат, характерной для исследования сложных физических систем с помощью классических ...

Добавлено: 24 сентября 2026 г.

Универсальное ядро и национальная специфика: типология технологических приоритетов в национальных стратегиях

Малекова Д. К., Веселитская Н. Н., Шашнов С. А., Форсайт 2026 Т. 20 № 3 С. 6–24

Динамика технологического развития обусловливает актуальность сравнительного анализа национальных приоритетов в сфере науки и инноваций. В статье выявлены и типологизированы перспективные технологии, закрепленные в стратегиях развития 19 стран — технологических лидеров (США, Япония, Германия, Великобритания, Южная Корея, Канада, Австралия, Испания, Италия) и глобального Юга (Бразилия, Индия, Китай, ЮАР, ОАЭ, Египет, Эфиопия, Индонезия, Иран, Саудовская Аравия). Проверяются ...

Добавлено: 18 сентября 2026 г.

A New Approach to Identifying Political Connections: Evidence from the Russian Banking Sector

Козлов Н. А., Семенова М. В., Journal of Corporate Finance Research 2026 Vol. 20 No. 2 P. 108–135

Добавлено: 6 июля 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Multiphosphorylated molecules for buried interface regulation of inverted perovskite solar cells in a two-step process

Luo S., Bi Z., Xiong L. и др., Energy and Environmental Sciences 2026 Vol. 19 No. 6 P. 2069–2083

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Вовлеченность обучающихся массовых открытых онлайн-курсов по продуктам вендора облачных технологий

Поросенков Г. А., Цепелевич М. М., Кизяков Д. А. и др., Информатика и образование 2025 Т. 40 № 2 С. 57–65

Исследования вовлеченности обучающихся массовых открытых онлайн-курсов (МООК), как правило, ограничиваются рассмотрением МООК, разрабатываемых образовательными и некоммерческими организациями. Однако в последние годы возрастает актуальность МООК, реализуемых компаниями-поставщиками и производителями (вендорами) информационных технологий, в том числе облачных технологий. Такие курсы имеют особенности, предусматривающие тесное взаимодействие обучающегося и вендора, что определяет актуальность изучения вовлеченности в процессе освоения материалов МООК ...

Добавлено: 18 января 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

Finding the Materials Harder than Diamond: Macroscale and Microscale Studies

Сысоэв, Э., Bashirov I., Sychov M. и др., ACS Applied Materials & Interfaces 2025 Vol. 17 No. 22 P. 33108 – 33120

Добавлено: 12 ноября 2025 г.

Heterogeneous profiles and trajectories of science and technology parks: evidence from Brazil

Dávila Bolliger R., Brandão Fischer B., Ferreira de Faria A. и др., The Journal of Technology Transfer 2025 Vol. 50 P. 1461–1490

Добавлено: 12 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

The coronavirus spike HR2 domain: an obscure player entering the limelight during membrane fusion?

Aliper E. T., Ефремов Р. Г., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2025 Vol. 1867 No. 8 Article 184445

The coronavirus spike protein, the key entity effectuating membrane fusion, cannot exist without membraneactive fragments. In addition to fusion peptides, among such domains are HR1 and HR2. Crucial to the spike’s refolding and membrane fusion, they are believed to both interact with each other and bind to the membranes that are merged. To elucidate HR2’s precise role in ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Тематическая структура исследований транспортной инфраструктуры и экономики: систематический обзор литературы с применением NLP

Габдукаев Э. И., Найденова Ю. Н., Паршаков П. А., Общество и экономика 2025 № 10 С. 39–55

Настоящее исследование посвящено систематическому анализу 7566 публикаций из международных рецензируемых журналов, посвящённых транспортной инфраструктуре и экономическому развитию, с применением методов машинного обучения и кластерного анализа; выявлены ключевые направления исследований. Результаты показывают четыре доминирующих тематических кластера: «зеленый» (экологичный) транспорт, цифровизация, региональные коридоры и декарбонизация. Анализ динамики тем показывает быстрое усиление интереса к переходу на альтернативные виды топлива (биотопливо, водород), уменьшению «углеродного следа» и внедрению ...

Добавлено: 10 октября 2025 г.