?
Fast and Memory-Efficient Searching of Large-Scale Mass Spectrometry Data Using Tide
Journal of Proteome Research. 2025. Vol. 24. No. 9. P. 4831–4837.
Будков Ю. А., Каликин Н. Н., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 Article 064506
Добавлено: 12 августа 2026 г.
Добавлено: 30 июля 2026 г.
Korogod D., Shapeev A., Ivan S. Novikov, Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 114 No. 2 Article 024104
Добавлено: 22 июля 2026 г.
Moshkina E., Molokeev M., Zolotov A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 Vol. 1077 Article 189412
Добавлено: 29 июня 2026 г.
Schneider M., Zaripov D., Dokin R. и др., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9 P. 4405–4414
Добавлено: 26 июня 2026 г.
Лауринавичюте В. К., Levin E. E., Mironkova A. A. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 81 Article 108389
Добавлено: 24 июня 2026 г.
Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162
Добавлено: 12 июня 2026 г.
Obijiofor O., Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. 50 No. 23 P. 9749–9768
Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...
Добавлено: 3 июня 2026 г.
Добавлено: 2 июня 2026 г.
Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107
Добавлено: 2 июня 2026 г.
Остовари М. А., Mehrabi-Kalajahi S., Hossein Vasigh S. A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 13 P. 3978–3985
Добавлено: 1 июня 2026 г.
Chowdhury U., Mondal S., Dey S. и др., Journal of the american chemical society 2026 Vol. 148 No. 23 P. 24538–24550
Добавлено: 1 июня 2026 г.
Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210
Добавлено: 27 мая 2026 г.
Uskov F., Korobkov S., Бирин К. П. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 474 Article 116936
Добавлено: 27 мая 2026 г.
Mezentsev I., Dudarova N., Druzina A. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 479 Article 117316
Добавлено: 27 мая 2026 г.
Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996
Добавлено: 25 мая 2026 г.
Добавлено: 23 мая 2026 г.
Mikhail A. Losev, Andrey S. Kozlov, Afanasyev O. и др., ACS Catalysis 2026 Vol. 16 No. 10 P. 9380–9386
Добавлено: 22 мая 2026 г.
Бхимани К. Р., Пересадина А. В., Бурмак К. С. и др., 2026 Vol. 519 Article 117532
Добавлено: 2 октября 2025 г.
Аквей Ф. Л., Кертес-Фаркаш А., Stafford Noble W., Journal of Proteome Research 2023 Vol. 22 No. 2 P. 577–584
The first step in the analysis of protein tandem mass spectrometry data typically involves searching the observed spectra against a protein database. During database search, the search engine must digest the proteins in the database into peptides, subject to digestion rules that are under user control. The choice of these digestion parameters, as well as ...
Добавлено: 2 декабря 2022 г.
Кертес-Фаркаш А., Аквей Ф. Л., Kishankumar Bhimani и др., Journal of Proteome Research 2023 Vol. 22 No. 2 P. 561–569
Добавлено: 2 декабря 2022 г.
Kudriavtseva P., Kashkinov M., Kertész-Farkas A., Journal of Proteome Research 2021 Vol. 20 No. 10 P. 4708–4717
Spectrum annotation is a challenging task due to the presence of unexpected peptide fragmentation ions as well as the inaccuracy of the detectors of the spectrometers. We present a deep convolutional neural network, called Slider, which learns an optimal feature extraction in its kernels for scoring mass spectrometry (MS)/MS spectra to increase the number of ...
Добавлено: 30 августа 2021 г.
Сулимов П. А., Кертес-Фаркаш А., Journal of Proteome Research 2020 No. 19(4) P. 1481–1490
Добавлено: 29 июня 2020 г.
Кертес-Фаркаш А., Myers M. P., Current Bioinformatics 2012 Vol. 7 No. 2 P. 221–230
Bottom-up proteomics (mass spectrometry analysis of peptides obtained by proteolysis and separated by liquid chromatography, (LCMS/MS)) is one of the most frequently used techniques for identifying and characterizing proteins in biological samples. A key element of the analysis is database searching when the mass spectra of the peptides are compared with a database of theoretically ...
Добавлено: 18 ноября 2015 г.