• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте

С. 53-54.

Рецепторные тирозинкиназы — один из важнейших классов мембранных белков, отвечающих за регуляцию жизнедеятельности живых клеток. Среди большого числа рецепторов они обладают наиболее простой структурой — так, трансмембранный домен представлен одной альфа-спиралью. При этом он является функционально важным, поскольку изменение конформации формируемого димера отвечает за переход рецептора в активное/неактивное состояние. Известно, что липидное окружение оказывает влияние на работу таких белков, однако не все детали таких белок-липидных взаимодействий изучены. Помимо специфических взаимодействий с определёнными типами липидов, холестерином и, например, ганглиозидами наблюдают и неспецифические, поскольку в мембранных системах физико-химические параметры в значительной степени определяются липидным составом вблизи молекулы белка. При этом существуют противоположные гипотезы о том, что является движущей силой в формировании неоднородностей в мембране: сами молекулы липидов или встроенные в бислой мембранные белки. В настоящей работе для ответа на вопрос о взаимном влиянии белков и их липидного окружения применяли методы атомистического компьютерного моделирования: молекулярную динамику с последующим детальным анализом межмолекулярных контактов для выявления ключевых аминокислотных остатков, определяющих взаимодействия белок-липид. Показано, что число белок-липидных контактов зависит от конформации димерного состояния, а их распределение по монослоям несимметрично. Результаты работы помогут в понимании механизма передачи сигнала рецепторными тирозинкиназами и в поиске способов воздействия на эти рецепторы.

В книге

Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование". Ижевск: Ижевский институт компьютерных исследований, 2020.