GPU Acceleration of Four-Site Water Models in LAMMPS

Afanasiev S., Agakishiev G., Aleksandrov E. и др., Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, Нидерланды 2024 Vol. 1065 Article 169532

Добавлено: 14 ноября 2024 г.

Two-Component versus Three-Component Condensations in the Race between Hydrazide, Triketone, and Hydrogen Peroxide-How do All Six Reactive Centers Cooperate to Incorporate the Most Diverse Set of Heteroatomic Bridges in a Tricyclic Frame?

Yaremenko I., Belyakova Y., Radulov P. и др., Journal of Organic Chemistry 2023 Vol. 88 No. 19 P. 13782–13795

Relief of stereoelectronic frustration drives the acid-catalyzed three-component condensation of β,δ′-triketones with hydrazides and H2O2 to the direction where both nucleophiles and all three electrophilic carbons are involved in the formation of a tricyclic sp3-rich ring system that includes four heteroatoms. The otherwise inaccessible tricyclic N-substituted aminoperoxides are prepared rapidly and selectively from relatively simple ...

Добавлено: 24 октября 2023 г.

GPU-based molecular dynamics of fluid flows: Reaching for turbulence

Pavlov D., Галигеров В. С., Kolotinskii D. и др., International Journal of High Performance Computing Applications 2024 Vol. 38 No. 1 P. 34–49

Добавлено: 18 июля 2023 г.

Инфраструктура поддержки студенческих предпринимательских инициатив в вузах: российский ландшафт

Сорокин П. С., Черненко С. Е., Вятская Ю. А., Издательский дом НИУ ВШЭ, 2023.

Доклад посвящен анализу мер инфраструктурной поддержки студенческих предпринимательских инициатив в российских вузах. Оценивался вклад в успех основных инфраструктурных элементов поддержки предпринимательства: образовательных возможностей, бизнесинкубатора, акселератора, стартап-студий, сообществ и т. д. Рассмотрена информационная открытость мер поддержки через официальные сайты вузов. Исследование основано на двух выборках: 1) выборке 48 российских вузов (51 единица анализа с учетом кампусов ...

Добавлено: 13 июня 2023 г.

GPU-accelerated molecular dynamics: State-of-art software performance and porting from Nvidia CUDA to AMD HIP

Кондратюк Н. Д., Никольский В. П., Pavlov D. и др., International Journal of High Performance Computing Applications 2021 Vol. 35 No. 4 P. 312–324

Добавлено: 25 июня 2021 г.

Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте

Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы.Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование".: Ижевск: Ижевский институт компьютерных исследований, 2020. С. 53–54.

Рецепторные тирозинкиназы — один из важнейших классов мембранных белков, отвечающих за регуляцию жизнедеятельности живых клеток. Среди большого числа рецепторов они обладают наиболее простой структурой — так, трансмембранный домен представлен одной альфа-спиралью. При этом он является функционально важным, поскольку изменение конформации формируемого димера отвечает за переход рецептора в активное/неактивное состояние. Известно, что липидное окружение оказывает влияние ...

Добавлено: 3 февраля 2020 г.

Deploying Elbrus VLIW CPU Ecosystem for Materials Science Calculations: Performance and Problems.

Стегайлов В. В., Тимофеев А. В., , in: Supercomputing. RuSCDays 2018. Communications in Computer and Information Science, vol 965. Springer, Cham.: Springer, 2019. P. 543–553.

Добавлено: 10 марта 2019 г.

cemff: A force field database for cementitious materials including validations, applications and opportunities

Mishra R. K., Kunhi Mohamed A., Geissbühler D. и др., Cement and Concrete Research 2017 Vol. 102 P. 68–89

This paper reviews atomistic force field parameterizations for molecular simulations of cementitious minerals, such as tricalcium silicate (C3S), portlandite (CH), tobermorites (model C-S-H). Computational techniques applied to these materials include classical molecular simulations, density functional theory and energy minimization. Such simulations hold promise to capture the nanoscale mechanisms operating in cementitious materials and guide in ...

Добавлено: 11 ноября 2017 г.

Performance of MD-Algorithms on hybrid systems-on-chip Nvidia Tegra K1 & X1

Никольский В. П., Вечер В. С., Стегайлов В. В., , in: Supercomputing. RuSCDays 2016. Communications in Computer and Information Science. Revised Selected Papers.Vol. 687.: Springer, 2016. P. 199–211.

In this paper we consider the efficiency of hybrid systemson-a-chip for high-performance calculations. Firstly, we build Roofline performance models for the systems considered using Empirical Roofline Toolkit and compare the results with the theoretical estimates. Secondly, we use LAMMPS as an example of the molecular dynamic package to demonstrate its performance and efficiency in various ...

Добавлено: 31 мая 2017 г.

GPU-accelerated molecular dynamics: Energy consumption and performance

Вечер В. С., Никольский В. П., Стегайлов В. В., , in: Supercomputing. RuSCDays 2016. Communications in Computer and Information Science. Revised Selected Papers.Vol. 687.: Springer, 2016. P. 78–90.

Energy consumption of hybrid systems is an actual problem of modern high-performance computing. The trade-off between power consumption and performance becomes more and more prominent. In this paper, we discuss the energy and power efficiency of two modern hybrid minicomputers Jetson TK1 and TX1. We use the Empirical Roofline Tool to obtain peak performance data ...

Добавлено: 31 мая 2017 г.

Atomistic modelling and simulation of warm dense matter. Conductivity and reflectivity

Norman G., Saitov I., Стегайлов В. В. и др., Contributions to Plasma Physics 2013 Vol. 53 No. 4-5 P. 300–310

Добавлено: 19 марта 2014 г.