• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

Фармакофорная модель распознавания низином липида II в бактериальной мембране

С. 83-84.

Устойчивость микроорганизмов к применяемым в клинической практике антибиотикам является серьезной проблемой медицины во всем мире. В связи с этим одной из актуальных задач современной фармакологии является поиск или дизайн новых антибактериальных веществ, свободных от бремени резистентности. Перспективными кандидатами для разработки новых лекарств являются антимикробные пептиды (АМП). Среди всего разнообразия АМП особое внимание привлекают пептиды, мишенью которых является молекула-предшественникбактериальной клеточной стенки —липид II. Липид II локализуется в плазматической мембране бактериальной клетки и участвует в биосинтезе пептидогликана. Молекула липида II состоит из пептидогликановой субъединицы, соединенной через пирофосфатную группу с длинной полиизопреновой цепью. Некоторые АМП, например, лантибиотики, селективно распознают на поверхности бислоя и связывают в прочный комплекс химически консервативную пирофосфатную группу липида II [1], заменить которую существенно сложнее, чем одну аминокислоту другой в составе белка. Такие АМП считаются перспективными прототипами антибиотиков нового поколения, ввиду низкой вероятности развития резистентности к ним. С помощью разработанного нами метода, основанного на расчетах энергии пробной пары атомов кислорода, было установлено, что только в одном изпяти состояний молекула способна взаимодействовать с мишенью. Это состояние («распознающий фармакофор») характеризуется четырьмя сонаправленными NH-группами кольца А. В результате предложен механизм распознавания низином липида II, основанный на индуцированном соответствии доноров водородных связей в системе колец A/Bнизина и распознаваемого ими фрагмента липида IIв модельной мембране. Кроме того, предложена молекулярная модель комплекса укороченного аналога низина с липидом IIв бактериальной мембране, которая может быть использована для создания новых антибиотиков.

В книге

Под редакцией: А. Рубин, Г. Ризниченко, А. Анашкина Т. 1. Краснодар: Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019.