Structure-based rational design of an enhanced fluorogen-activating protein for fluorogens based on GFP chromophore

Goncharuk M.; Baleeva N.; Nolde Dmitry E.; Gavrikov A.; Mishin A.; Mishin A.; Sosorev A.; Arseniev A.; Goncharuk S.; Borshchevskiy V.; Efremov Roman G.; Mineev K.; Baranov M.

doi:10.1038/s42003-022-03662-9

?

Structure-based rational design of an enhanced fluorogen-activating protein for fluorogens based on GFP chromophore

Communications Biology. 2022. Vol. 5. Article 706.

Goncharuk M., Baleeva N., Nolde Dmitry E., Gavrikov A., Mishin A., Mishin A., Sosorev A., Arseniev A., Goncharuk S., Borshchevskiy V., Efremov Roman G., Mineev K., Baranov M.

Научное направление: Химия Физика Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: молекулярная динамика chemical synthesis химический синтез NMR molecular dynamics ЯМР fluorescent proteins флуоресцентные белки

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Суперкомпьютерные технологии, теория и атомистическое многомасштабное моделирование в физике материалов и науках о живом (2022)

Wave dynamics within the Whitham-Ostrovsky equation

Flamarion M. V., Пелиновский Е. Н., Nonlinear Dynamics 2026 Vol. 114 Article 784

Добавлено: 5 июня 2026 г.

Green synthesis of Bi-functional silica nanoparticles towards highly efficient photocatalysis and antibacterial application

Hazarika A. P., Дас А., Das S. K. и др., Physica B: Condensed Matter 2026 Vol. 738 Article 418803

Добавлено: 4 июня 2026 г.

DFT-guided charge-state engineering of gold clusters for levodopa recognition: fundamental principles for drug delivery applications

Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. - No. - Article 0

Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Adaptive glucose homeostasis in the desert rodent Acomys cahirinus: high glucose tolerance, liver metabolic shifts, and visceral adiposity

Болдырева М. А., Mohammad R., Agareva M. и др., FRONTIERS IN ANIMAL SCIENCE 2026 Vol. 7 Article 1837838

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Signatures of Reconnection and a Split Heliospheric Tail in High-energy Energetic Neutral Atoms

Kornbleuth M., Opher M., Drake J. F. и др., Astrophysical Journal 2026 Vol. 1004 No. 1 Article 1

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Two-dimensional hexagonal boron nitride-ferrofluid hybrids enable efficient magnetic cooling

Карцев А. И., Nishant T., Saswata G. и др., Journal of Materials Chemistry C 2026 Article -

Добавлено: 2 июня 2026 г.

The critical role of shear antiphase boundaries in τ-Mn(Al,Ga) rapidly quenched alloy

Fortuna A. S., A.I. Kartsev, Gorshenkov M. V. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 Vol. 1070 Article 188711

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Facile and Green Approach to Synthesize Biomass-Derived Zero-/Two-Dimensional Carbon Dots/g-C3N4 Heterojunction for Efficient Photocatalytic and Photoelectrocatalytic Applications

Дас А., Saikia J., Maji N. и др., ChemNanoMat 2026 Vol. 12 No. 5 Article e202500733

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Optimal Design of Copper-Doped ZnO Heterostructures for Photocatalytic and Photoeletrochemical Performance: A Combined Experimental and DFT Study

Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Combined Experimental and Ab Initio Study of Sc Doping in MgB2: Decoupling Electronic and Microstructural Effects on Superconductivity

Dikhtievskaya K., Argunov E., Карцев А. И. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 4999–5004

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Bridging Superconductors With United Nations Development Goals: Perspectives and Applications

Duran E. ., Pulgar A., Izquierdo R. и др., Physica Status Solidi (A) Applications and Materials 2026 Vol. 223 No. 7 Article e202500942

Добавлено: 1 июня 2026 г.

Synergistic Multimetal Effects in a High-Entropy Perovskite Oxide Anchored on Reduced Graphene Oxide for Accelerated Water Oxidation

Остовари М. А., Mehrabi-Kalajahi S., Hossein Vasigh S. A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 13 P. 3978–3985

Добавлено: 1 июня 2026 г.

Численное моделирование полевой эмиссии из полупроводникового катода в вакуум

Борисов В. Д., Данилов В. Г., Электросвязь 2025 № 12 С. 73–84

Представлены результаты математического моделирования процесса полевой эмиссии из катода малых размеров – одного из основных физических процессов, обеспечивающих работы многих электронных устройств, в частности FED-дисплеев (устройства, работающие на принципе полевой эмиссии), кантилеверов и т.д. Дается краткий обзор текущих результатов в области исследования, обосновывается актуальность задачи, приводятся примеры наиболее вероятного использования результатов решения задачи. Обсуждаются физические ...

Добавлено: 29 мая 2026 г.

ИССЛЕДОВАНИЕ АССОЦИАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ С РАЗВИТИЕМ МУЗЫКАЛЬНЫХ СПОСОБНОСТЕЙ ЧЕЛОВЕКА

Kazantseva A. V., A.V. Toropova, Khusnutdinova E. K. и др., ВАВИЛОВСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ, Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук» (ИЦиГ СО РАН) (Новосибирск) 2025 Vol. 30 No. 3 P. 470–481

Формирование музыкальных способностей, включающих абсолютный слух, музыкальную память, чувство ритма, музыкальность, в значительной степени определяется наследственной составляющей (до 68 %). Проведенные к настоящему времени работы с использованием полногеномного анализа сцепления и ассоциаций с музыкальной одаренностью позволили выявить более 100 генетических локусов. В этот спектр входят гены транскрипционных факторов, регуляции нейрогенеза и синаптической пластичности; гены, закрепленные ...

Добавлено: 29 мая 2026 г.

Electrostatically gated dissipation control in two-dimensional nanoelectromechanical resonators via strain-amplitude antagonism for record 928% Q tunability

Jiang Q., Fang J., Chen J. и др., Science China Information Sciences 2026 Vol. 69 No. 6 Article 162402

Resonators based on nanoelectromechanical systems (NEMS) using two-dimensional (2D) materials with high-quality factors and excellent electrical control are critical for tunable coherent phonon dynamics, resonant sensors and wireless communications. However, their performance is fundamentally limited by the lack of a unified framework governing energy dissipation mechanisms and their electrical tunability. Here, we synergistically modulate both ...

Добавлено: 28 мая 2026 г.

Enhanced Terahertz Thermoelectricity Via Engineered Van Hove Singularities and Nernst Effect in Moiré Superlattices

Elesin L., Shilov A., Jana S. и др., Advanced Functional Materials 2026 P. 1–10

Добавлено: 28 мая 2026 г.

Sweet-taste liking is associated with preference for less risky and immediate rewards in economic decision-making

Anna Davidovich, Anna N. Shestakova, Арзуманян Н. Г. и др., Frontiers in Psychology 2026 Vol. 17 Article 1764306

Добавлено: 27 мая 2026 г.

An IQA/QTAIM Approach to the Chalcogen Bond

Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Revealing Structure-Reporting Patterns of Pyruvylation Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Natural Saccharides

Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996

Добавлено: 25 мая 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Ананьев И. В., Милевская А. В. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.