Force field comparison for molecular dynamics simulations of liquid membranes

Kashurin O.; N. Kondratyuk; Lankin A.; G. Norman

doi:10.1016/j.molliq.2024.126347

Публикации

?

Force field comparison for molecular dynamics simulations of liquid membranes

Journal of Molecular Liquids. 2024. Vol. 416. Article 126347.

Kashurin O., Кондратюк Н. Д., Lankin A., Норман Г. Э.

To accelerate the development of liquid ion-selective barriers based on ethers, we compare the all-atom
force fields GAFF, OPLS-AA with charge correction 1.14*CM1A (OPLS-AA/CM1A), CHARMM version 36
(CHARMM36), and COMPASS for diisopropyl ether (DIPE) to determine the most appropriate model for further
simulations of liquid membranes. Utilizing the selected force fields, we calculate the density and shear viscosity
of DIPE across a temperature range of 243–333 K. Furthermore, we use CHARMM36 with mTIP3P water model
and COMPASS with its own water model to evaluate the mutual solubility and interfacial tension between DIPE
and water, estimate the partition coefficients of ethanol in DIPE + Ethanol + Water systems. Based on our
comparative study, we conclude that CHARMM36 is the most suitable force field for modeling ether-based liquid
membranes.

Научное направление: Естественные науки Физика Компьютерные науки

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: shear viscosity Solubility molecular dynamics Force field diisopropyl ether Interfacial tension

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Суперкомпьютерное молекулярное моделирование в физике материалов (2024)

Динамика спинорных экситон-поляритонных конденсатов в двойных потенциальных ловушках в GaAs/AlAs микрорезонаторе при резонансном пикосекундном возбуждении

Деменев А. А., Терешко С. Н., Гиппиус Н А и др., Известия РАН. Серия физическая Россия 2025 Т. 89 № 2 С. 265–273

В диапазоне длительностей до 1.5 нс исследована временная эволюция поляризованных спектров излучения спинорных экситон-поляритонных конденсатов в двойных туннельно-связанных потенциальных ловушках в высокодобротном GaAs/AlAs микрорезонаторе при T = 2 К, резонансно возбуждаемых пикосекундными лазерными импульсами. Получена оценка для времени спиновой релаксации конденсатов в двойной ловушке τS ≈ 10 нс. Обсуждается влияние туннельного взаимодействия и анизотропии потенциала ловушек ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

The state and prospects of using virtual reality technologies in sports: a brief review

Atlasov B., Сельский А. К., Russian Journal of Information Technology in Sports 2025 Vol. 2 No. 1 P. 13–21

В статье рассматривается текущее состояние глобального рынка технологий виртуальной и дополненной реальности (VR/AR) в спорте, отмечается его рост, хотя и более медленный, чем ожидалось ранее. Особое внимание уделено российскому рынку, где развитие VR-технологий в спорте отстает от мировых лидеров, таких как США, страны ЕС и Китай, но при этом имеет значительный потенциал для роста. Проведен ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

2025 9th International Conference on Information, Control, and Communication Technologies (ICCT-2025)

IEEE, 2026.

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Proceedings of the 4th Workshop on NLP for Music and Audio (NLP4MusA 2026)

Бузаев Ф. А., Mullakhmetov R., Bogachev R. и др., Association for Computational Linguistics, 2026.

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Предвестники солнечных вспышек по наблюдениям на RSTN

Абрамов-Максимов В. Е., И.А. Бакунина, Геомагнетизм и аэрономия 2026 Т. 66 № 3 С. 515–529

Проанализировано 8 вспышечных событий по данным многочастотных наблюдений сети радиотелескопов Radio Solar Telescope Network. Целью анализа было выявление предвестников солнечных вспышек. В семи рассмотренных случаях выявлены предвспышечные квазипериодические флуктуации радиоизлучения. Сделанная по вейвлет-спектрам оценка квазипериодов дает в большинстве случаев значения 40–50 сек. В одном событии с большой вспышкой класса M8.0 квазипериодические флуктуации не проявились. В ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Взаимное расположение магнитных жгутов и источников микроволнового излучения в эруптивных вспышках

И.А. Бакунина, В.Ф. М., А.В. Ш. и др., Геомагнетизм и аэрономия 2025 Т. 65 № 9 С. 1363–1373

Рассмотрена связь особенностей положения и ориентации магнитных жгутов в активной области (АО) с источниками микроволнового (17 ГГц) излучения и излучения в крайнем ультрафиолетовом диапазоне (EUV) при возникновении эруптивных вспышек, сопровождающихся корональными выбросами массы, и вспышек с "запертой" эрупцией. Приведены примеры эруптивных событий, демонстрирующие пространственное совпадение микроволновых источников с расположением магнитных жгутов в АО, восстановленных при ...

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Международная конференция «Математические идеи академика П.Л. Чебышёва, их приложения в естественных науках и технологи- ях искусственного интеллекта», приуроченная к 205-й годовщине со дня его рождения» : Материалы конференции. / (Обнинск, 14–16 мая 2026 г.): Материалы конференции. Под ред. акад. В.Б. Бетелина. — Калуга: Калужский печатный двор, 2026. — 232 с.

Калужский печатный двор, 2026.

Сборник трудов конференции "Математические идеи академика П.Л. Чебышёва, их приложения в естественных науках и технологиях искусственного интеллекта» ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

ИНТЕГРАЦИЯ ТЕХНОЛОГИИ ГЕНЕРАТИВНОГО ИСКУССТВЕННОГО ИНТЕЛЛЕКТА В ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЙ ВИДЕОКОНТЕНТ

Стогниева О. Н., Чеснокова Н. Е., Отечественная и зарубежная педагогика 2026 Т. 1 № 3 (115) С. 123–131

Внедрение генеративных инструментов искусственного интеллекта в образовательную практику актуализирует проблему педагогически обоснованного использования данных технологий при создании образовательного видеоконтента, который всё чаще применяется в языковом и профессионально-ориентированном обучении. Цель статьи — провести сравнительный анализ образовательного видеоконтента, созданного с применением генеративных ИИ-инструментов, с позиций теории когнитивной нагрузки и принципов педагогического дизайна, а также выявить дидактические условия повышения ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Моделирование влияния температуры на взаимодействие катода с тонкой диэлектрической пленкой и плазмы тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути

Г. Г. Бондаренко, Кристя В. И., Савичкин Д. О. и др., Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования 2026 № 4 С. 29–36

Сформулирована модель тлеющего газового разряда в смеси аргона и паров ртути при наличии на поверхности катода тонкой диэлектрической пленки. Рассчитаны зависимости характеристик разряда от температуры в интервале ее изменения, в котором заметный вклад в ионизацию рабочей газовой смеси дает ионизация атомов ртути метастабильными возбужденными атомами аргона (реакция Пеннинга). Показано, что в случае катода без диэлектрической пленки при повышении температуры до ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Kolmogorov–Arnold networks for genomic tasks

Попцова М. С., Briefings in Bioinformatics 2025 Vol. 26 No. 2 P. 1–11

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Графовые паттерны в несогласованных декларативных моделях процессов

Анненков А. Н., Нестеров Р. А., Моделирование и анализ информационных систем 2026 Т. 33 № 2 С. 176–205

Декларативные модели процессов широко используются в process mining для гибкого описания поведения процессов с помощью наборов ограничений. Однако модели, автоматически извлекаемые из журналов событий, могут содержать несогласованные ограничения, что затрудняет их интерпретацию и делает их непригодными для исполнения, проверки соответствия или дальнейшего анализа. Существующие методы анализа согласованности либо опираются на автоматные конструкции с высокой асимптотической сложностью ...

Добавлено: 18 июня 2026 г.

Advances in Information Retrieval: 48th European Conference on Information Retrieval, ECIR 2026, Delft, The Netherlands, March 29 – April 2, 2026, Proceedings, Part II. (LNCS, volume 16484)

Cham: Springer Publishing Company, 2026.

Добавлено: 18 июня 2026 г.

Искусственный интеллект как роза научной деятельности: исследование Тимоти Гауэрса

Поддьяков А. Н., Троицкий вариант. Наука 2026 № 12 С. 24–25

В научно-популярной заметке представлен обзор содержания поста филдсовского медалиста Тимоти Гауэрса о возможностях ИИ в математике и содержания комментариев под постом. Обзор сделан в основном чат-ботом DeepSeek. В заключение обсуждается возможность не только решения задач искусственным интеллектом, но и их постановки. ...

Добавлено: 18 июня 2026 г.

Exploring New Frontiers in Vertical Federated Learning: the Role of Saddle Point Reformulation

Beznosikov A., Kormakov G., Grigorievskiy A. и др., Journal of Optimization Theory and Applications 2026 Vol. 209 Article 18

Добавлено: 17 июня 2026 г.

Supervised Learning in Critical Phenomena—Statistical and Systematic Accuracy

Chertenkov V. I., Щур Л. Н., Lobachevskii Journal of Mathematics 2026 Vol. 47 No. 2 P. 720–727

Добавлено: 16 июня 2026 г.

Enhancing Emotion Recognition in Speech Based on Self-Supervised Learning: Cross-Attention Fusion of Acoustic and Semantic Features

Deeb B., Andrey V. Savchenko, Макаров И. А., IEEE Access 2026 Vol. 13 P. 56283–56295

Добавлено: 16 июня 2026 г.

Automated detection of wolf howls using audio spectrogram transformers

Makarov N., Савченко А. В., Zemtsova I. и др., Scientific Reports 2025 Vol. 15 Article 26641

Добавлено: 16 июня 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Dataset of solubility values for organic compounds in binary mixtures of solvents at various temperatures

Malikov D., Krasnov L., Kiseleva M. и др., Scientific data 2026 Vol. 13 Article 727

Добавлено: 19 мая 2026 г.

Modeling cosolvent effects on solubility in supercritical CO2 using data-driven approaches

Makarov D. M., Каликин Н. Н., Gurikov P. и др., Journal of Supercritical Fluids 2026 Vol. 235 Article 106979

Добавлено: 19 апреля 2026 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.