Crumpled polymer with loops recapitulates key features of chromosome organization

Polovnikov K.; Brandão H.; S. Belan; Slavov B.; Imakaev M.; Mirny L.

doi:10.1103/PhysRevX.13.041029

Публикации

?

Crumpled polymer with loops recapitulates key features of chromosome organization

Physical Review X. 2023. Vol. 13. No. 4. Article 041029.

Polovnikov K., Brandão H., Белан С. А., Slavov B., Imakaev M., Mirny L.

Научное направление: Физика

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: chromatin Biophysics active loop extrusion

Proceedings of the 34th IUPAP Conference on Computational Physics: CCP2023, August 4-8, Kobe, Japan

Singapore: Springer Singapore, 2026.

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Effect of External Pressure and Quantum State on the Local Magnetization of Germanium Layers: Ab Initio Calculation.

Goncharov A., Чибисов А. Н., Advanced Theory and Simulations 2023 Vol. 12 No. 13 Article 2200816

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Quantum-mechanical study of the optimal phosphorus atoms arrangement on silicene.

Чибисов А. Н., Gnidenko A., Chibisova M. и др., FlatChem 2023 Vol. 41 Article 100533

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Density functional theory investigation on fast storage of sodium and potassium in Ni2TeO6 as a novel promising cathode material.

Wu Z., Yu Y., Чибисов А. Н., Materials Today Energy 2023 Vol. 37 Article 101414

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Ab Initio Study of the Influence of Spin and Orbital Magnetic Moments on the Stability of Magnetic and Charge Distribution in Co:ZnO Monolayer.

Prokhorenko A., Чибисов А. Н., Gnidenko A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2024 Vol. 15 No. 41 P. 10295–10300

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Quantum-mechanical prediction of the behavior of quantum trigger on a two-qubit cell of boron in silicene.

Чибисов А. Н., Chibisova M., Modern Electronic Materials 2025 Vol. 71 P. 99–103

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Functionalized Graphene for Acetone Sensing in Human Breath: DFT Investigations.

Tyagi V., Srivastava A., Mangal A. и др., Surfaces and Interfaces 2025 Vol. 73 Article 107591

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Effect of the Ordering of Sulfur Vacancies on the Electronic Properties of Molibdenum Disulfide Monolayers

Bulakh S., Чибисов А. Н., Srivastava A., Russian Microelectronics 2026 Vol. 55 P. 311–315

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Nanoscale interconnects of gold, copper, and aluminium-based mono-silicide nanotubes for next generation integrated circuits.

Vangapandu E., Agrawal S., Kumar S. и др., Materials Science in Semiconductor Processing 2026 Vol. 211 Article 110752

Добавлено: 10 октября 2026 г.

Теоретические пределы обнаружения объектов в рассеивающих средах с использованием импульсного и непрерывного однофотонного лидара на основе сверхпроводниковых нанопроволочных детекторов

Ожегов Р. В., Махлуф М., Гольцман Г. Н. и др., Инженерная физика 2026 № 8 С. 27–39

В данной работе исследуются теоретические пределы обнаружения объектов в изотропных рассеивающих средах с использованием однофотонного лидара. В рамках упрощенной модели мы выводим фундаментальную зависимость между максимальной достижимой дальностью обнаружения и необходимым количеством фотонов в импульсе. Анализируются два различных предельных режима: режим баллистических фотонов, который сохраняет высокое пространственное разрешение, но требует экспоненциального увеличения мощности источника с ...

Добавлено: 8 октября 2026 г.

Analytical solution for cylindrical propagation of tsunami in the ocean of variable depth

Диденкулова Е. Г., Chugunov V., Didenkulova I., Wave Motion 2026 Vol. 147 Article 103787

Добавлено: 8 октября 2026 г.

Champion soliton emergence from bipolar solitary wave interactions in the Schamel equation

Flamarion M., Диденкулова Е. Г., Пелиновский Е. Н., Physics Letters A 2026 Vol. 598 Article 132218

Добавлено: 8 октября 2026 г.

Исследование свойств оптического покрытия на основе упрощенного симулятора процесса напыления

Исаев Т. Ф., Шаров А. Н., Журнал вычислительной математики и математической физики 2026 Т. 66 № 1 С. 83–93

Исследуются свойства оптических покрытий на основе использования упрощенного симулятора ошибок в толщинах слоев покрытий при их напылении. Обосновывается возможность такого подхода. Выводятся аналитические оценки среднеквадратичного значения нормы вектора ошибок и степени коррелированности ошибок в толщинах слоев покрытия. Изучается зависимость среднеквадратичного значения нормы вектора ошибок и свойств покрытия от уровня случайных ошибок в слоях. ...

Добавлено: 5 октября 2026 г.

Prospects for an independent measurement of the l = 1, 2, 3 CMB anisotropy multipoles using the anisotropic Sunyaev-Zel’dovich effect

Осипова А. М., Пилипенко С. В., Novikov D. I. и др., Physical Review D - Particles, Fields, Gravitation and Cosmology 2026 Vol. 114 Article 063522

Добавлено: 5 октября 2026 г.

Nanometer thick iron garnet films with high Faraday rotation

Gribova N. I., Osmanov S. V., Lyashko S. D. и др., Journal of Magnetism and Magnetic Materials 2025 No. 614 P. 1–8

Добавлено: 4 октября 2026 г.

Enhancement of superconductivity by polarization of magnetic impurities in disordered films

Seleznev G., Fominov Yakov V., Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 114 No. 7 Article 074505

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Advances in colloidal anisotropic nanocrystals for high-efficiency light-emitting diodes

Жуков А. Е., Chen F., Zeng Y. и др., Nanoscale 2026 Vol. 18 No. 36 P. 19223–19253

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Improved measurement of Born cross sections for chi_bJ omega and chi_bJ (pi+ pi- pi0)non-omega (J = 0, 1, 2) at Belle and Belle II

Углов Т. В., Пахлов П. Н., Бодров Д. А. и др., Journal of High Energy Physics 2026 Vol. 04 Article 101

Добавлено: 2 октября 2026 г.

Observation of e+e- -> eta Upsilon(2S) and search for e+e- -> eta Upsilon(1S), gamma X_b at sqrt(s) near 10.75 GeV

Углов Т. В., Пахлов П. Н., Бодров Д. А. и др., Physical Review Letters 2026 Vol. D No. 113 Article L051102

Добавлено: 2 октября 2026 г.

(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins

Gribkova A., Armeev G. A., Kirpichnikov M. и др., Nucleic Acids Research 2026 Vol. 54 No. 2 Article gkaf1489

Полный набор белков, ассоциированных с хроматином (совокупно называемый хроматомом), обеспечивает функционирование генома у эукариот, участвуя в широком спектре физико-химических процессов. К ним относятся опосредование разнообразных специфических и неспецифических межмолекулярных взаимодействий, катализ синтеза и модификации макромолекул *in situ*, содействие АТФ-зависимому ремоделированию хроматина и т. д. Несмотря на значительный прогресс в области эпигеномики и структурной характеристики многих ...

Добавлено: 17 февраля 2026 г.

Mean Pairwise Distances in Rouse Polymer Subject to Fast Loop Extrusion

Никитин И. С., Masnev N., Белан С. А., JETP Letters 2025 Vol. 122 No. 1 P. 65–70

Добавлено: 16 февраля 2026 г.

Effect of active loop extrusion on the two-contact correlations in the interphase chromosome

Starkov D., Белан С. А., Journal of Chemical Physics 2024 Vol. 161 No. 7 Article 074903

Усредненные по большим популяциям клеток карты контактов, полученные с помощью метода определения конформации хромосом, предоставляют важную информацию о средней частоте контактов между парами локусов хроматина в зависимости от генетического расстояния между ними. Однако эти наборы данных ничего не говорят нам о совместной статистике одновременных контактов между геномными локусами отдельно взятой хромосомы. Такого рода статистическая информация ...

Добавлено: 1 марта 2025 г.

Footprints of loop extrusion in statistics of intra-chromosomal distances: An analytically solvable mode

Белан С. А., Парфеньев В. М., Journal of Chemical Physics 2024 Vol. 160 No. 12 Article 124901

Active loop extrusion—the process of formation of dynamically growing chromatin loops due to the motor activity of DNA–binding protein complexes—is a firmly established mechanism responsible for chromatin spatial organization at different stages of a cell cycle in eukaryotes and bacteria. The theoretical insight into the effect of loop extrusion on the experimentally measured statistics of ...

Добавлено: 25 марта 2024 г.

Nucleosomes and their complexes in the cryoEM era: Trends and limitations

Armeev G., Gribkova A., Шайтан А. К., Frontiers in Molecular Biosciences 2022 Vol. 9 Article 1070489

С момента появления первой атомистической модели строения нуклеосомы прошло 25 лет, и с тех пор количество новых структур постепенно увеличивалось. С появлением криомикроскопии скорость накопления моделей значительно увеличилась. Появляются новые структуры с различными вариантами гистонов и множеством белков, которые связываются с нуклеосомами. На данный момент в Protein Data Bank насчитывается более четырехсот структур, содержащих нуклеосомы. ...

Добавлено: 9 декабря 2022 г.