Specific binding of the α-component of the lantibiotic lichenicidin to the peptidoglycan precursor lipid II predetermines its antimicrobial activity

Panina I.; Balandin S.; Tsarev A.; Chugunov A.; Tagaev A.; Finkina E.; Antoshina D.; Sheremeteva E.; Paramonov A.; Rickmeyer J.; Bierbaum G.; Roman G. Efremov; Shenkarev Z.; Ovchinnikova T.

doi:10.3390/ijms24021332

?

Specific binding of the α-component of the lantibiotic lichenicidin to the peptidoglycan precursor lipid II predetermines its antimicrobial activity

International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 2. P. 1.

Panina I., Balandin S., Tsarev A., Chugunov A., Tagaev A., Finkina E., Antoshina D., Sheremeteva E., Paramonov A., Rickmeyer J., Bierbaum G., Roman G. Efremov, Shenkarev Z., Ovchinnikova T.

Научное направление: Биология Химия Физика

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: молекулярная динамика antimicrobial peptides molecular dynamics антимикробные пептиды NMR spectroscopy лантибиотики lipid II lantibiotics спектроскопия ЯМР bacteriocins Bacillus licheniformis peptidoglycan pyrophosphate cage бактериоцины Bacillus licheniformis липид-2 пептидогликан пирофосфатная ловушка

Interpreting antiviral effects: from experimental measurements to mechanistic viral dynamics

Нерсисян А. Л., Frontiers in Molecular Biosciences 2026 Vol. 13 Article 1995001

Добавлено: 15 октября 2026 г.

Structure and conformational dynamics of formamide molecule in the ground and lowest excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V., Abramenkov A. и др., Computational and Theoretical Chemistry 2016 No. 1080 P. 23–32

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of N-methylformamide in ground S0 and excited S1 and T1 electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. А., Godunov I. А., Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer 2016 Vol. 177 P. 291–300

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of acetamide in the ground and lowest excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. А., Godunov I. А., Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer 2017 Vol. 192 P. 30–41

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Conformational analysis of N-methylacetamide molecule in the ground and excited electronic states

Тукачев Н. В., Bataev V. A., Godunov I. A., Computational and Theoretical Chemistry 2017 Vol. 1113 P. 82–93

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Ground state geometry of PPV oligomers

Тукачев Н. В., Maslennikov D., Sosorev A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2019 Vol. 10 No. 12 P. 3232–3239

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Effects of π-spacer and fluorine loading on the optoelectronic and photovoltaic properties of (X-DADAD)n benzodithiophene-based conjugated polymers

Тукачев Н. В., Akkuratov A., Kuznetsov I. и др., Synthetic Metals 2020 Vol. 259 Article 116231

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Toward probing of the local electron–phonon interaction in small-molecule organic semiconductors with Raman spectroscopy

Тукачев Н. В., Nuraliev M., Parashchuk O. и др., Journal of Chemical Physics 2020 Vol. 153 No. 17 Article 174303

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Design of Novel Thiazolothiazole-Containing Conjugated Polymers for Organic Solar Cells and Modules

Тукачев Н. В., Akkuratov A., Nikitenko S. и др., Solar Energy 2020 Vol. 198 P. 605–611

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Impact of the acceptor units on optoelectronic and photovoltaic properties of (XDADAD)n-type copolymers:computational and experimental study

Тукачев Н. В., Klimovich I., Prudnov F. и др., Dyes and Pigments 2021 Vol. 185 Article 108899

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Suppression of dynamic disorder by electrostatic interactions in structurally close organic semiconductors

Тукачев Н. В., Sosorev A., Parashchuk O. и др., Physical Chemistry Chemical Physics 2021 Vol. 23 No. 29 P. 15485–15491

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Low-frequency vibrational modes in G-quadruplexes reveal the mechanical properties of nucleic acids

Тукачев Н. В., González-Jiménez M., Ramakrishnan G. и др., Physical Chemistry Chemical Physics 2021 Vol. 23 No. 23 P. 13250–13260

Добавлено: 14 октября 2026 г.

Effect of morphology and size on the thermodynamic stability of cerium oxide nanoparticles: Experiment and molecular dynamics calculation.

Чибисов А. Н., Pugachevskii M., Kuzmenko A. и др., Nanotechnology Reviews 2022 Vol. 11 No. 1 P. 620–624

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Effect of crack size and its position on cyclic deformation behavior of refractory highentropy alloy HfNbTiZr

Корзникова Е. А., Babicheva R. I., Davletbakov A. A. и др., JOURNAL OF MATERIALS SCIENCE: MATERIALS IN ENGINEERING 2026 Vol. 21 Article 84

С помощью комбинированного моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) исследовано влияние положения и размера трещины на ближний порядок (SRO) и поведение при высокотемпературном циклическом деформировании тугоплавкого высокоэнтропийного сплава (RHEA) HfNbTiZr с использованием моделей бикристаллов. Установлено, что на процесс формирования ближнего порядка влияет не только размер трещины (а именно величина ее раскрытия), но и ...

Добавлено: 24 сентября 2026 г.

Scaling Up Molecular Hydrodynamics of Non-Laminar Flows with GPU-Aware MPI

Khnkoian G., Галигеров В. С., Grishichkin Y. и др., , in: Parallel Computational Technologies, 19th International Conference, PCT 2025, Moscow, Russia, April 8–10, 2025, Revised Selected Papers. (CCIS, volume 2891)Vol. 2891.: Springer, 2026. P. 532–545.

Добавлено: 19 мая 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Multiphosphorylated molecules for buried interface regulation of inverted perovskite solar cells in a two-step process

Luo S., Bi Z., Xiong L. и др., Energy and Environmental Sciences 2026 Vol. 19 No. 6 P. 2069–2083

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

MDProcessing.jl: Julia Programming Language Application for Molecular Dynamics Trajectory Processing

Писарев В. В., Panov M., , in: Supercomputing: 9th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2023, Moscow, Russia, September 25–26, 2023, Revised Selected Papers, Part II* 2.: Springer, 2023. P. 209–222.

Добавлено: 11 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Механические характеристики модели молекулярной динамики и полиномы Коробова

Устинов А. В., Гузев М. А., Дальневосточный математический журнал 2016 Т. 16 № 1 С. 39–43

Методы теории чисел использованы для точного вычисления статического поля напряжений в одномерной цепочке взаимодействующих гармонических осцилляторов. Для сумм, определяющих поле, получено представление через полиномы Коробова при произвольном числе осцилляторов и масштабе усреднения. ...

Добавлено: 9 октября 2025 г.

The role of surface material properties on the behavior of ionic liquids in nanoconfinement: A critical review and perspective of theory and simulations

Nesterova I., Кондратюк Н. Д., Будков Ю. А. и др., Advances in Colloid and Interface Science 2025 Vol. 346 Article 103623

Добавлено: 2 сентября 2025 г.