Взаимосвязь изменения экспрессии микроРНК и мРНК в клетках линии НТ-29 в условиях гипоксии

Вестник Российского государственного медицинского университета. 2020. № 6. С. 48–54.

Нерсисян С. А., Галатенко А. В., Мальцева Д. В., Ушкарев Ю. А., Тоневицкий А. Г.

Гипоксия возникает в различных патофизиологических процессах, включая прогрессирование опухолевых заболеваний и метастазирование. Один из механизмов молекулярного ответа клеток на гипоксию состоит в рекрутировании специфичных микроРНК, регулирующих экспрессию своих генов-мишеней. Целью работы было оценить изменения экспрессии микроРНК и их генов-мишеней в клеточной линии колоректальной аденокарциномы человека HT-29 в ответ на гипоксию с помощью интегрированного секвенирования микроРНК и мРНК. Для моделирования условий гипоксии клетки обрабатывали хлоридом кобальта (II). Было обнаружено достоверное изменение экспрессии шестнадцати человеческих микроРНК, шесть из них (hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-27a-5p, hsa-miR-182-5p, hsa-miR- 215-5p, hsa-miR-425-5p) имели статистически значимую долю генов-мишеней с противоположным направлением изменения экспрессии. На основании биоинформатического анализа взаимодействий дифференциально экспрессированных факторов транскрипции и микроРНК была построена возможная регуляторная сеть, основыми узлами которой оказались HIF-1a, p65, с-Myc и Egr1 (кодируемые генами HIF1A, RELA, MYC и EGR1).

Ключевые слова: мРНК, miRNA, микроРНК, transcriptome, гипоксия, hypoxia, эпителий кишечника, транкриптом, intestinal epithelium, HT-29, mRNA, HIF-1α, sequencing, секвенирование, HIF-1α

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА: Создание микрофизиолоческой платформы метастаз-на-чипе для изучения биологии опухолевого процесса (математическое моделирование) (2020)