Structural Transition States Explored With Minimalist Coarse Grained Models: Applications to Calmodulin

We investigate the interplay between the dimension of the space of static potentials and the geometric and topological structure of the underlying static three-manifold. A partial classification of boundaryless static manifolds is obtained in terms of this dimension. We also treat the case of static manifolds with boundary. In particular, we prove that if a ...

Добавлено: 3 апреля 2026 г.

Using predefined vector systems to speed up neural network multimillion class classification

Gabdullin N., Андросов И. А., / Series Computer Science "arxiv.org". 2026.

Добавлено: 2 апреля 2026 г.

Silk Fibroin-Based Materials for Tissue Engineering

M. P. Ryndyk, Nifant’ev I. E., Tavtorkin A. N. и др., Polymer Science - Series C 2025 P. 0–0

Добавлено: 1 марта 2026 г.

Homogeneous maximizers of the Blaschke-Santalo-type functionals

Колесников А. В., / Series arXiv "math". 2025.

Добавлено: 13 февраля 2026 г.

Multimodal graph, surface, and language-based model for protein protein interaction prediction

Артеага Мореано Б. Д., Червов Н. Р., Попцова М. С., Scientific Reports 2026 Vol. 16 No. 1 Article 4772

Добавлено: 4 февраля 2026 г.

Iterative Ricci-Foster Curvature Flow with GMM-Based Edge Pruning: A Novel Approach to Community Detection

Сорокин К. С., Бекетов М. Е., Онучин А. и др., / arxiv.org. Серия cs.SI "Social and Information Networks ". 2025.

Обнаружение сообществ в сложных сетях — фундаментальная проблема, открытая для новых подходов в различных научных областях. Мы представляем новый метод обнаружения сообществ, основанный на потоке Риччи на графах. Наша техника итеративно обновляет веса ребер (их метрические длины) в соответствии с их (комбинаторной) версией кривизны Риччи Фостера, вычисленной на основе эффективного расстояния сопротивления между узлами. Известно, ...

Добавлено: 15 января 2026 г.

Consensus Modeling for Predicting Chemical Binding to Transthyretin as the Winning Solution of the Tox24 Challenge

Makarov D. M., Ksenofontov A. A., Будков Ю. А., Chemical Research in Toxicology 2025 Vol. 38 No. 3 P. 392–399

Добавлено: 21 февраля 2025 г.

High-throughput computational design of protein binders for complex targets using deep learning models

Алексеев К. И., Попцова М. С., Шайтан А. К., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Методы компьютерного проектирования белков изменили структурную биоинформатику, преодолев множество экспериментальных ограничений. Ранее для создания связывающих белков использовались экспериментальные методы, такие как направленная эволюция. Многие достижения в компьютерном дизайне белков позволили создавать связывающие вещества de novo исключительно на основе информации о целевой структуре и последовательности. Однако, несмотря на недавний прогресс, разработка белковых связующих de novo по-прежнему ...

Добавлено: 1 декабря 2023 г.

Evolutionary Switches Structural Transitions via Coarse-Grained Models

Delfino F., Porozov Y., Stepanov Eugene и др., Journal of Computational Biology 2020 Vol. 27 No. 2 P. 189–199

Добавлено: 18 ноября 2020 г.

Composition of the Biofilm Matrix of Cutibacterium acnes Acneic Strain RT5

Gannesen A., Zdorovenko E., Botchkova E. и др., Frontiers in Microbiology 2019 Vol. 10:1284 P. 1–16

Добавлено: 23 октября 2020 г.

Белок-лигандные взаимодействия: влияние низкомолекулярных эндогенных метаболитов.

Рыскина Е. А., Гильмиярова Ф. Н., Чернов Н. Н., М.: Издательство РУДН, 2018.

Монография посвящена актуальной теме – белок-лигандным взаимодействиям и влиянию на эти взаимодействия низкомолекулярных, эндогенных метаболитов. Актуальность изучения регуляции белок-лигандных взаимодействий обусловлена появлением новых взглядов на роль метаболитов и их ключевым значение в процессах жизнедеятельности. В книге представлена совокупность результатов многолетней работы кафедры кафедра фундаментальной и клинической биохимии с лабораторной диагностикой Самарского государственного медицинского университета и ...

Добавлено: 1 октября 2020 г.

Ультраметрическое случайное блуждание и динамика белковых молекул

Аветисов В. А., Бикулов А. Х., Зубарев А. П., Труды Математического института им. В.А. Стеклова РАН 2014 Т. 285 С. 3–25

Представлен краткий обзор использования p-адического уравнения ультраметрического случай- ного блуждания для описания конформационной динамики белковых молекул. Рассмотрены два основных эксперимента, определяющих свойства флуктуационно-динамической подвижности бел- ковых молекул от 300 до 4 K, — исследование кинетики связывания CO миоглобином и исследо- вание спектральной диффузии в белках. Показано, что ультраметрическое описание позволяет сложить единуюк артину конформационной подвижности ...

Добавлено: 29 июля 2014 г.