?
Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения
Исследование протеома ядерной фракции является важной задачей, поскольку большая часть процессов,
происходящих в клетке, инициируется в ядре. Разработка и выбор условий фракционирования клеточных лизатов и параметров масс-спектрометрического детектирования и обработки данных в настоящее время продолжают оставаться актуальными. Представленный в работе масс-спектрометрический анализ апробирован на линиях клеток, происходящих из разных тканей: HL-60 (периферическая кровь), HepG2 (печень), EA.hy926 (эндотелий сосудов). Продемонстрирована высокая воспроизводимость результатов и их согласованность с биологическими свойствами исследованных объектов. Благодаря использованию разного типа клеточных линий выявлен набор из 16 белков, чьи количественные показатели (LFQ – Label-free Quantification Intensity) позволяют дискриминировать ядерную и цитозольную фракции вне зависимости от происхождения клеток. Также предложен набор из 16 белков, чьи LFQ связаны с индивидуальными признаками клеточных линий вне зависимости от фракции. Эти панели белков могут использоваться как индикаторы успешного фракционирования клеточного или тканевого лизата.