?
Methods for The Metagenomic Data Visualization and Analysis
Current Issues in Molecular Biology. 2017. Vol. 24. P. 37–58.
Sudarikov Konstantin, Tyakht A., Alexeev D.
Surveys of environmental microbial communities using metagenomic approach produce vast volumes of multidimensional data regarding the phylogenetic and functional composition of the microbiota. Faced with such complex data, a metagenomic researcher needs to select the means for data analysis properly. Data visualization became an indispensable part of the exploratory data analysis and serves a key to the discoveries. While the molecular-genetic analysis of even a single bacterium presents multiple layers of data to be properly displayed and perceived, the studies of microbiota are significantly more challenging. Here we present a review of the state-of-art methods for the visualization of metagenomic data in a multi-level manner: from the methods applicable to an in-depth analysis of a single metagenome to the techniques appropriate for large-scale studies containing hundreds of environmental samples.
Язык:
английский
Батова О. Н., Савинецкая Л. Е., Проявка С. В. и др., Nature Conservation Research. Заповедная наука 2026 Т. 11 № 4 С. 25–39
Spermophilus suslicus – находящийся под угрозой исчезновения вид, внесенный в Красные книги всех уровней (от региональных до международного Красного списка) и нуждающийся в настоящее время в особых мерах охраны. За последние 30–50 лет его ареал из сплошного стал мозаичным, а численность повсеместно сократилась. В начавшихся в России в 2015 г. экспериментальных работах по реинтродукции вида ...
Добавлено: 13 октября 2026 г.
No Species Is an Island, Entire of Itself: Genetic Speciation Algorithm with Interplay among Species
International Journal of Engineering, Transactions B: Applications 2027 Vol. 40 No. 5 P. 1437–1460
Добавлено: 12 октября 2026 г.
Александров Д. В., Василевский В. И., Резуник Л. и др., Труды Института системного программирования РАН 2026 Т. 38 № 5 С. 73–90
Ограничения при выполнении задач, требующих точного извлечения информации из сверхдлинных последовательностей, приводят к снижению качества генерации и отладки кода крупных объектно-ориентированных систем, характеризующихся сложными межклассовыми зависимостями и необходимостью анализа длинных трассировок выполнения, превышающих размеры стандартных контекстных окон. Предлагается технология JavaCapsule для генерации и отладки Java-кода, реализующая итеративную отладку на основе структурированной обратной связи, включающей результаты ...
Добавлено: 12 октября 2026 г.
Singapore: Springer Singapore, 2026.
Добавлено: 12 октября 2026 г.
Ari G., Liu X., Jiang L. и др., Ecological Indicators 2026 Vol. 191 Article 115592
Добавлено: 12 октября 2026 г.
Зыков С. В., Ермаков С. Р., Современные наукоемкие технологии 2026 № 9 С. 43–53
При федеративном обучении с неоднородными клиентскими данными и переменными задержками запоздавшие обновления могут ухудшать качество модели, а обмен параметрами с глобальным сервером увеличивает сетевую нагрузку. Целью исследования является разработка и теоретико-экспериментальное обоснование метода и алгоритмов адаптивного федеративного обучения с учетом распределенного запаздывания клиентских обновлений. Для обоснования разрабатываемых решений использованы событийная и непрерывная модели градиентных обновлений, ...
Добавлено: 11 октября 2026 г.
Брычков М. Е., Незнанов А.А., Программирование 2026 № 4 С. 50–66
Матричный профиль (МП) при появлении в 2016 г. быстро стал одним из важнейших методов предобработки, облегчающим решение широкого класса задач анализа временных рядов, в частности, задач обнаружения аномалий и шаблонов. Высокая значимость привела к появлению разнообразных инструментов вычисления МП, но оказалось, что особенности реализации методов существенно влияют на результаты, которые перестают быть идентичными. Встает вопрос, ...
Добавлено: 9 октября 2026 г.
Алескеров Ф. Т., Вайншток А. П., Делахова А. М. и др., Информационные процессы 2026 Т. 26 № 3 С. 895–913
Проблемы развития и эффективного управления территориальными образованиями являются приоритетными для всех государств, особенно в условиях цифровой трансформации государственного управления. За последнее десятилетие интеграция информационных технологий в муниципальное и региональное планирование существенно изменила подходы к стратегическому развитию, предоставлению услуг и взаимодействию с населением. В данной работе представлено описание функциональности человеко-машинной вебсистемы поддержки принятия решений, в которой ...
Добавлено: 9 октября 2026 г.
Степанянц В. Г., Andrey V. Fizulin, Chibirov A. и др., FUTURE TRANSPORTATION 2026 Vol. 6 No. 5 Article 225
Добавлено: 8 октября 2026 г.
Добавлено: 8 октября 2026 г.
Добавлено: 8 октября 2026 г.
Люксембург А. А., УРСС, 2005.
Изучается возможность автоматизированного построения математических теорий. Рассматривается дедуктивная система, основанная на языке логики предикатов первого порядка, объектами системы являются математические выражения или формулы, которые описывают математические объекты или их свойства. В дедуктивной системе выводятся математические определения и теоремы. Для доказательства теорем используются методы автоматического доказательства. Разработан алгоритм, выводящий часть формул системы. Для решения задачи используется аппарат математической ...
Добавлено: 7 октября 2026 г.
Добавлено: 7 октября 2026 г.
Алескеров Ф. Т., Чайка Е. А., Дерендяев А. Б. и др., Procedia Computer Science 2026 No. 287 P. 590–595
Добавлено: 7 октября 2026 г.
Томск: Издательство Томского государственного университета, 2026.
Материалы сборника Шестнадцатой Международной конференции «Новые информационные
технологии в исследовании сложных структур» (Москва, 21–25 сентября 2026 г.) ориентированы на
широкий круг специалистов, работающих на стыке теории информации, системного анализа и
прикладных предметных областей. В издание вошли результаты исследований, посвящённые
моделированию дискретных и стохастических структур управления и связи, разработке
высокопроизводительных вычислительных и телекоммуникационных систем, а также вопросам
цифровой трансформации образования, архитектурно-градостроительного проектирования,
экологического ...
Добавлено: 6 октября 2026 г.
Терегулов Т. Р., Лубенец Е. Р., / Series Quantum Physics "arXiv". 2026. No. 2609.31472.
Добавлено: 28 сентября 2026 г.
Centromeres ensure chromosome segregation, but their chromatin organization within repetitive alpha-satellite DNA has been difficult to resolve. To address this, we generated haplotype-resolved satellite DNA annotations for the complete diploid T2T-HG002 human genome assembly, then we mapped centromere protein A (CENP-A), H3K9me3, and CpG methylation on ultra-long, adaptively sampled nanopore reads using directed methylation with ...
Добавлено: 23 сентября 2026 г.
Обыкновенная игрунка — обезьяна Нового Света, широко используемая для изучения эволюции приматов и заболеваний человека. Мы представляем референсную сборку генома этого вида «от теломеры до теломеры» (T2T), а также три гаплотипа, собранных почти до уровня T2T. Эти сборки позволяют охарактеризовать ранее недоступные участки генома, включая центромеры, половые хромосомы, субтеломерные сателлитные повторы, акроцентрические хромосомы и главный ...
Добавлено: 23 сентября 2026 г.
Shabanov N., Kuricheva O., Kurbatova J. и др., / Series Working Papers SSRN "Department of Economics Ca’ Foscari University of Venice". 2026.
Добавлено: 21 августа 2026 г.
Lucas J., Hebbar P., Рябов Ф. Д. и др., / Series 10.64898/2026.07.21.739710 "10.64898/2026.07.21.739710". 2026.
Пангеномный референс позволяет преодолеть фундаментальное ограничение любого отдельного референсного генома за счёт интеграции генетической вариабельности, представленной в популяции. Мы представляем Release 2 Консорциума по созданию референсного пангенома человека (Human Pangenome Reference Consortium, HPRC2) — общедоступную пангеномную сборку второго этапа, которая примерно в пять раз превосходит HPRC Release 1 (HPRC1) по числу представленных геномов и демонстрирует ...
Добавлено: 10 августа 2026 г.