Quantum nuclear effects in water using centroid molecular dynamics

В статье рассматриваются мировой и российский опыт использования методов атомистического моделирования вещества для изучения свойств глинистых и цементных материалов с целью обоснования долговременной безопасности пунктов захоронения радиоактивных отходов (ПЗРО). Приводится общая характеристика метода молекулярно-динамического моделирования и примеры решаемых с его помощью задач. Обсуждается точность получаемых параметров и коэффициентов и возможность их встраивания в многомасштабные модели ...

Добавлено: 30 сентября 2024 г.

Preliminary modeling as the first stage of targeted organic synthesis

Титов И. Ю., Стройлов В. С., Русина П. В. и др., Russian Chemical Reviews 2021 Vol. 90 No. 7 P. 831–867

В обзоре представлены классификация и анализ применимости методов предварительного молекулярного моделирования для направленного органического, каталитического и биокаталитического синтеза. В качестве классификатора методов рассматриваются три основных подхода: моделирование координации лиганд–мишень при отсутствии информации как о мишени, так и о структуре полученного комплекса; вычисления на основе экспериментально полученной структурной информации о мишени; динамическое моделирование комплекса лиганд–мишень, а ...

Добавлено: 24 декабря 2021 г.

Potassium channel blocker crafted by ɑ-hairpinin scaffold engineering

Tabakmakher V., Gigolaev A., Peigneur S. и др., Biophysical Journal 2021 Vol. 120 No. 12 P. 2471–2481

Добавлено: 18 мая 2021 г.

Cooling under applied stress rejuvenates amorphous alloys and enhances their ductility

Приезжев Н. В., Metals 2021 Vol. 11 P. 67

Добавлено: 30 декабря 2020 г.

Probing the high-pressure viscosity of hydrocarbon mixtures using molecular dynamics simulations

Кондратюк Н. Д., Писарев В. В., Ewen J., Journal of Chemical Physics 2020 Vol. 153 No. 15 P. 154502

Добавлено: 26 октября 2020 г.

Impregnation of Poly(methyl methacrylate) with Carbamazepine in Supercritical Carbon Dioxide: Molecular Dynamics Simulation

Gurina D., Будков Ю. А., Kiselev M. G., Journal of Physical Chemistry B 2020 Vol. 124 No. 38 P. 8410–8417

Добавлено: 16 сентября 2020 г.

Accelerated rejuvenation in metallic glasses subjected to elastostatic compression along alternating directions

Приезжев Н. В., Journal of Non-Crystalline Solids 2021 Vol. 556 Article 120562

Добавлено: 9 августа 2020 г.

A delayed yielding transition in mechanically annealed binary glasses at finite temperature

Приезжев Н. В., Journal of Non-Crystalline Solids 2020 Vol. 548 P. 120324

Добавлено: 16 июня 2020 г.

Impact of external amino acids on fluorescent protein chromophore biosynthesis revealed by molecular dynamics and mutagenesis studies

Пахомов А., Фролова А., Табакмахер В. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology 2020 Vol. 206 P. 111853

The precise positioning of catalytic amino acids against the substrate in an enzyme active site is a crucial factor in biocatalysis. Biosynthesis of the chromophores of fluorescent proteins (FPs) is an autocatalytic process that must conform to these requirements. Here, we show that, in addition to the internal amino acid residues in the proximity of ...

Добавлено: 10 июня 2020 г.

Carbamazepine solubility in supercritical CO2: a comprehensive study

Каликин Н. Н., Kurskaya M. V., Ivlev D. V. и др., Journal of Molecular Liquids 2020 Vol. 311 Article 113104

Добавлено: 9 апреля 2020 г.

Действующие и целевые причины в принципе наименьшего действия

Терехович В. Э., Вестник Ленинградского государственного университета имени А.С. Пушкина. Серия: Философия 2012 Т. 2 № 3 С. 49–59

Рассмотрена проблема детерминистической и телеологической интерпретации принципа наименьшего действия. Показано, что квантовый метод «интегралов по траекториям» можно использовать как онтологическую гипотезу о природе движения классических объектов. Тогда действующую и целевую причинность в этом принципе можно заменить на причинность вероятностную. ...

Добавлено: 4 марта 2020 г.

Understanding Methane/Carbon Dioxide Partitioning in Clay Nano- and Meso-Pores with Constant Reservoir Composition Molecular Dynamics Modeling

Loganathan N., Bowers G. M., Ngouana-Wakou B. F. и др., Physical Chemistry Chemical Physics 2019 Vol. 21 P. 6917–6924

The interactions among fluid species such as H2O, CO2, and CH4 confined in nano- and meso-pores in shales and other rocks is of central concern to understanding the chemical behavior and transport properties of these species in the earthâ€™s subsurface and is of special concern to geological C-sequestration and enhanced production of oil and natural ...

Добавлено: 2 ноября 2019 г.

Molecular Dynamics Study of the Swelling of Poly(methyl methacrylate) in Supercritical Carbon Dioxide

Gurina D., Будков Ю. А., Kiselev M. G., Materials 2019 Vol. 12 No. 20 P. 3315

Добавлено: 11 октября 2019 г.

Accelerated relaxation in disordered solids under cyclic loading with alternating shear orientation

Приезжев Н. В., Journal of Non-Crystalline Solids 2019 Vol. 525 P. 119683

Добавлено: 19 августа 2019 г.

Особенность в точке перехода от равновесной к метастабильной фазе металлического расплава

Норман Г. Э., Писарев В. В., Флейта Д. Ю., Письма в Журнал экспериментальной и теоретической физики 2019 Т. 109 № 10 С. 689–693

Исследованы равновесное и метастабильное состояния жидкости в окрестности точки фазового перехода жидкость–кристалл в металлическом расплаве. В качестве инструмента исследования выбрана зависящая от времени четырехточечная корреляционная функция. Эта функция была предложена ранее для выявления коллективных движений атомов в равновесной жидкости. Обнаружено характерное изменение поведения жидкости при переходе в метастабильную область. Количественно это проявляется в особенности модифицированного четырехточечного коррелятора в ...

Добавлено: 22 мая 2019 г.

Atomistic modeling of heat treatment processes for tuning the mechanical properties of disordered solids

Приезжев Н. В., Journal of Non-Crystalline Solids 2019 Vol. 518 P. 128–133

Добавлено: 28 января 2019 г.

Resonant Energy Transfer Between Degrees of Freedom in a Dusty Plasma System

Семенов В. П., Тимофеев А. В., IEEE Transactions on Plasma Science 2018 Vol. 46 No. 5 P. 1855–1858

Добавлено: 30 октября 2018 г.

Fine Tuning of Microscopic Properties in Two-Component Zwitterionic- Anionic Lipid Bilayers: Determinant Role of H-Bonding

Ефремов Р. Г., Pyrkova D., Крылов Н. А., Biophysical Journal 2018 Vol. 114 No. 3 P. 601А–601А

Добавлено: 26 октября 2018 г.

The potential energy states and mechanical properties of thermally cycled binary glasses

Приезжев Н. В., Journal of Materials Research 2019 Vol. 34 No. 15 P. 2664–2671

Добавлено: 25 октября 2018 г.

Изменение вязкости алюминия в процессе стеклования по данным молекулярной динамики

Кирова Е. М., Норман Г. Э., Писарев В. В., Журнал физической химии 2018 Т. 92 № 10 С. 1525–1530

В работе проведено исследование методом молекулярной динамики поведения автокорреляционных функций сдвигового напряжения и коэффициента кинематической вязкости в процессе стеклования на примере жидкого алюминия. Моделировалась пленка жидкого металла, охлажденная со скоростью 2× 1012 К/с. Получена зависимость коэффициента кинематической вязкости от температуры по формуле Грина-Кубо. На больших временах во всем диапазоне температур поведение автокорреляционных функций аппроксимировалось степенной зависимостью. ...

Добавлено: 22 октября 2018 г.