Preliminary modeling as the first stage of targeted organic synthesis

I. Titov; Русина П. В.; I. Svitanko

doi:10.1070/RCR5012

Публикации

?

Preliminary modeling as the first stage of targeted organic synthesis

Russian Chemical Reviews. 2021. Vol. 90. No. 7. P. 831–867.

Титов И. Ю., Стройлов В. С., Русина П. В., Свитанько И. В.

В обзоре представлены классификация и анализ применимости методов предварительного молекулярного моделирования для направленного органического, каталитического и биокаталитического синтеза. В качестве классификатора методов рассматриваются три основных подхода: моделирование координации лиганд–мишень при отсутствии информации как о мишени, так и о структуре полученного комплекса; вычисления на основе экспериментально полученной структурной информации о мишени; динамическое моделирование комплекса лиганд–мишень, а также механизма реакции с расчетом энергетической составляющей процесса. Обзор предназначен для химиков-синтетиков в качестве руководства для построения алгоритма предварительного моделирования и синтеза структур с заданными свойствами.
Библиография — 353 ссылки.

Научное направление: Химия

Язык: английский

Полный текст

DOI

Ключевые слова: 3D-моделирование молекулярная динамика quantum chemistry квантовая химия Molecular Dynamics Simulations QSAR QSAR Molecular Docking drug discovery Biomolecular simulations молекулярный докинг Рациональный дизайн лекарств

Understanding the electric double layer at electrode–electrolyte interfaces, Part III: crystallographic-face dependence of silver capacitance in aqueous NaF solutions

Мазур Д. А., Брандышев П. Е., Doronin S. V. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 577 Article 149729

Добавлено: 20 августа 2026 г.

Hall effect in electrolyte solutions: Self-consistent Debye–Hückel–Onsager theory

Будков Ю. А., Каликин Н. Н., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 Article 064506

Добавлено: 12 августа 2026 г.

Surface-sulfonated Al₂O₃, CeO₂, and TiO₂ as functional fillers for Nafion-type gel polymer electrolytes for lithium metal batteries

Voropaeva D., S. Novikova, I. Stenina и др., Solid State Ionics 2026 Vol. 445 Article 117288

Добавлено: 30 июля 2026 г.

Long-range machine-learning potentials with environment-dependent charges enable predicting LO-TO splitting and dielectric constants

Korogod D., Shapeev A., Ivan S. Novikov, Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 114 No. 2 Article 024104

Добавлено: 22 июля 2026 г.

A Way to Create Mn-Containing GdFe3(BO3)4 and the Dopant Effect on Its Magnetic Properties

Moshkina E., Molokeev M., Zolotov A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 Vol. 1077 Article 189412

Добавлено: 29 июня 2026 г.

Incorporating Scientific Knowledge into Neural Network Density Functionals

Schneider M., Zaripov D., Dokin R. и др., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9 P. 4405–4414

Добавлено: 26 июня 2026 г.

Electrodeposition and electrochromic properties of hydrated mixed oxides MoxW1-xO3·2H2O films

Лауринавичюте В. К., Levin E. E., Mironkova A. A. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 81 Article 108389

Добавлено: 24 июня 2026 г.

Impact of heat treatment on microstructure and mechanical properties of additively manufactured aluminum bronze

Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162

Добавлено: 12 июня 2026 г.

DFT-guided charge-state engineering of gold clusters for levodopa recognition: fundamental principles for drug delivery applications

Obijiofor O., Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. 50 No. 23 P. 9749–9768

Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Facile and Green Approach to Synthesize Biomass-Derived Zero-/Two-Dimensional Carbon Dots/g-C3N4 Heterojunction for Efficient Photocatalytic and Photoelectrocatalytic Applications

Дас А., Saikia J., Maji N. и др., ChemNanoMat 2026 Vol. 12 No. 5 Article e202500733

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Optimal Design of Copper-Doped ZnO Heterostructures for Photocatalytic and Photoeletrochemical Performance: A Combined Experimental and DFT Study

Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Synergistic Multimetal Effects in a High-Entropy Perovskite Oxide Anchored on Reduced Graphene Oxide for Accelerated Water Oxidation

Остовари М. А., Mehrabi-Kalajahi S., Hossein Vasigh S. A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 13 P. 3978–3985

Добавлено: 1 июня 2026 г.

Band Gap Renormalization Drives Ultrafast Charge Separation and Slow Recombination in Covalently Functionalized Carbon Nanotubes: Nonadiabatic Molecular Dynamics Simulation

Chowdhury U., Mondal S., Dey S. и др., Journal of the american chemical society 2026 Vol. 148 No. 23 P. 24538–24550

Добавлено: 1 июня 2026 г.

The advent of generative chemistry

Ванхэлен К. Б., Lin Y., Zhavoronkov A., ACS Medicinal Chemistry Letters 2020 Vol. 11 No. 8 P. 1496–1505

Генеративные состязательные сети (GAN), впервые описанные в 2014 году, являются одними из важнейших концепций в современном искусственном интеллекте (ИИ). Объединяя глубокое обучение и теорию игр, GAN используются для генерации или «воображения» новых объектов с желаемыми свойствами. С 2016 года множество GAN с подкреплением (RL) успешно применяются в фармакологии для проектирования молекул de novo. Эти методы ...

Добавлено: 1 июня 2026 г.

An IQA/QTAIM Approach to the Chalcogen Bond

Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Singlet oxygen-mediated oxidation of sulfides with palladium(II) porphyrinates: The effect of partly conjugated peripheral substituents

Uskov F., Korobkov S., Бирин К. П. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 474 Article 116936

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Synthesis of Zwitterionic conjugates of cobalt Bis(dicarbollide) with BODIPY and their Photophysical properties and biological studies

Mezentsev I., Dudarova N., Druzina A. и др., Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 2026 Vol. 479 Article 117316

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Revealing Structure-Reporting Patterns of Pyruvylation Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Natural Saccharides

Тоукач Ф. В., Smirnova N. S., Zdorovenko E. L. и др., Analytical Chemistry 2026 Vol. 98 No. 15 P. 10988–10996

Добавлено: 25 мая 2026 г.

Sodium Hypophosphite Assisted Ruthenium Catalyzed Reductive Amination under Mild Conditions

Зверева О., Клюев Ф. С., Lebedeva N. и др., Organic Letters 2025 Vol. 27 No. 50 P. 13711–13716

Добавлено: 23 мая 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Multiphosphorylated molecules for buried interface regulation of inverted perovskite solar cells in a two-step process

Luo S., Bi Z., Xiong L. и др., Energy and Environmental Sciences 2026 Vol. 19 No. 6 P. 2069–2083

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Experimental and computational insights into nitrogen retention and controlled release in glauconite-based nanocomposites

Тарарушкин Е. В., Ruban A., Bu H. и др., Journal of Molecular Liquids 2026 Vol. 448 Article 129359

Добавлено: 9 февраля 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Древнейшие петроглифы Рашаан-Хада (Монголия): новые наблюдения

Свойский Ю. М., Леванова Е. С., Романенко Е. В. и др., Археология, этнография и антропология Евразии 2025 Т. 53 № 3 С. 45–52

В статье представлены предварительные результаты изучения петроглифов местонахождения Рашаан-Хад (Аршан-Хад, Монголия) российско-монгольской экспедицией, посетившей памятник в 2016 и 2023 гг. Наиболее детально рассматриваются «петроглифы архаического облика» (по определению А.П. Окладникова) и те, которые с различной степенью достоверности могут быть интерпретированы как изображения позднеплейстоценовых животных (шерстистых носорогов или мамонтов). А.П. Окладников писал, что на памятнике имеются шесть рисунков, ...

Добавлено: 30 ноября 2025 г.