• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • A
  • A
  • A
  • A
  • A
Обычная версия сайта
  • RU
  • EN
  • Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»
  • Публикации ВШЭ
  • Глава
  • Performance and portability of state-of-art molecular dynamics software on modern GPUs
  • RU
  • EN
Расширенный поиск
Высшая школа экономики
Национальный исследовательский университет
Приоритетные направления
  • бизнес-информатика
  • государственное и муниципальное управление
  • гуманитарные науки
  • инженерные науки
  • компьютерно-математическое
  • математика
  • менеджмент
  • право
  • социология
  • экономика
по году
  • 2027
  • 2026
  • 2025
  • 2024
  • 2023
  • 2022
  • 2021
  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2017
  • 2016
  • 2015
  • 2014
  • 2013
  • 2012
  • 2011
  • 2010
  • 2009
  • 2008
  • 2007
  • 2006
  • 2005
  • 2004
  • 2003
  • 2002
  • 2001
  • 2000
  • 1999
  • 1998
  • 1997
  • 1996
  • 1995
  • 1994
  • 1993
  • 1992
  • 1991
  • 1990
  • 1989
  • 1988
  • 1987
  • 1986
  • 1985
  • 1984
  • 1983
  • 1982
  • 1981
  • 1980
  • 1979
  • 1978
  • 1977
  • 1976
  • 1975
  • 1974
  • 1973
  • 1972
  • 1971
  • 1970
  • 1969
  • 1968
  • 1967
  • 1966
  • 1965
  • 1964
  • 1963
  • 1958
  • еще
Тематика
Новости
17 июня 2026 г.
Биоинформатики НИУ ВШЭ обнаружили 20 опасных мутаций в гене, связанном с легочной артериальной гипертензией
Ученые НИУ ВШЭ совместно с коллегами из российских университетов выяснили, какие мутации в гене ACVRL1 опасны для пациентов с легочной артериальной гипертензией. Они смоделировали, как изменения в гене влияют на связывание АТФ с белком — процесс, от которого зависит передача сигналов, необходимых для работы сосудов. Оказалось, что 20 из 32 вариантов могут нарушать передачу сигнала и провоцировать болезнь. Результаты опубликованы в Journal of Structural Biology.
17 июня 2026 г.
Интеллектуальная робототехника: кадровый голод и масса возможностей
Пока на рынке мало кадров, способных заниматься разработкой интеллектуальных робототехнических систем. Между тем именно к этому идет робототехника. Как учат ее проектированию и каково будущее отрасли, в интервью IQ Media рассказал заведующий Проектно-учебной лабораторией робототехники НИУ ВШЭ Вадим Моргачев.
17 июня 2026 г.
Каким должно быть образование, чтобы готовить кадры для экономики будущего
Эти вопросы обсудят на форуме HR EXPO PRO ЛЮДЕЙ, который состоится 18-19 июня в Москве. В его работе примет участие ректор НИУ ВШЭ Никита Анисимов, федеральные министры, HR-директора компаний, ректоры вузов, эксперты. На форуме будет представлен стенд, посвященный программам ДПО НИУ ВШЭ.

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!

Публикации
  • Книги
  • Статьи
  • Главы в книгах
  • Препринты
  • Верификация публикаций
  • Расширенный поиск
  • Правила использования материалов
  • Наука в ВШЭ

?

Performance and portability of state-of-art molecular dynamics software on modern GPUs

P. 324–334.
Kuznetsov E., Кондратюк Н. Д., Logunov M., Никольский В. П., Стегайлов В. В.
Язык: английский
DOI
Текст на другом сайте
Ключевые слова: CUDAOpenCLGromacsAMD ROCm HIPHOOMDOpenMM
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
Методы анализа эффективности суперкомпьютерного комплекса, новые параллельные алгоритмы для молекулярно-динамических расчетов и моделирование транспортных процессов в жидкостях и биомембранах (2020)

В книге

PPAM 2019: Parallel Processing and Applied Mathematics. Lecture Notes in Computer Science
Vol. 12043: 13th International Conference, PPAM 2019, Bialystok, Poland, September 8–11, 2019, Revised Selected Papers, Part I. , Springer, 2020.
Похожие публикации
GEMM Algorithm for Multi-GPU Platforms with Regular Uneven Data Transfer Links
Чой Е. Р., Malkovsky S., Стегайлов В. В., , in: 11th Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2025, Moscow, Russia, September 29–30, 2025, Revised Selected Papers.: Springer, 2026. Ch. 3 P. 32–47.
Добавлено: 3 января 2026 г.
GPU-based molecular dynamics of fluid flows: Reaching for turbulence
Pavlov D., Галигеров В. С., Kolotinskii D. и др., International Journal of High Performance Computing Applications 2024 Vol. 38 No. 1 P. 34–49
Добавлено: 18 июля 2023 г.
Multi-GPU GEMM Algorithm Performance Analysis for Nvidia and AMD GPUs Connected by NVLink and PCIe
Чой Е. Р., Стегайлов В. В., , in: 22nd International Conference, MMST 2022, Nizhny Novgorod, Russia, November 14–17, 2022, Revised Selected Papers.: Springer, 2022. Ch. 23 P. 281–292.
Добавлено: 26 декабря 2022 г.
Tuning of a Matrix-Matrix Multiplication Algorithm for Several GPUs Connected by Fast Communication Links
Чой Е. Р., Никольский В. П., Стегайлов В. В., , in: Parallel Computational Technologies: 16th International Conference, PCT 2022, Dubna, Russia, March 29–31, 2022, Revised Selected Papers.: Springer, 2022. Ch. 12 P. 158–171.
Добавлено: 11 августа 2022 г.
Algorithm for Adaptive Mesh Redistribution in Lattice Boltzmann Simulations
Ziganurova L., Щур Л. Н., Lobachevskii Journal of Mathematics 2022 Vol. 43 No. 2 P. 513–518
Добавлено: 25 мая 2022 г.
GPU-accelerated molecular dynamics: State-of-art software performance and porting from Nvidia CUDA to AMD HIP
Кондратюк Н. Д., Никольский В. П., Pavlov D. и др., International Journal of High Performance Computing Applications 2021 Vol. 35 No. 4 P. 312–324
Добавлено: 25 июня 2021 г.
Algorithm for replica redistribution in an implementation of the population annealing method on a hybrid supercomputer architecture
Russkov A., Чулкевич Р. А., Щур Л. Н., Computer Physics Communications 2021 Vol. 261 P. 107786
Добавлено: 28 декабря 2020 г.
Matrix-Matrix Multiplication Using Multiple GPUs Connected by Nvlink
Чой Е. Р., Никольский В. П., Стегайлов В. В., , in: 2020 Global Smart Industry Conference (GloSIC).: IEEE, 2020. P. 354–361.
Добавлено: 3 декабря 2020 г.
Evaluating OpenMP, OpenACC and CUDA parallel programming models for the GPU: Performance Analysis
Тимофеев А. В., Халилов М. Р., , in: Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2020).: Chelyabinsk: ., 2020. P. 40–51.
Добавлено: 23 октября 2020 г.
Algorithm for the replica redistribution in the implementation of parallel annealing method on the hybrid supercomputer architecture
Russkov A., Roman Chulkevich, Щур Л. Н., / Series arXiv "math". 2020. No. 2006.00561.
Добавлено: 2 июня 2020 г.
Производительность современных вычислительных платформ в расчетах молекулярной динамики белок - мембранных систем
Нольде Д. Е., Крылов Н. А., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 7 № 4 С. 157–161
На примере программного пакета Gromacs проведено исследование скорости расчета классической молекулярной динамики на различных компьютерных системах: настольных компьютерах, кластеров на основе процессоров x86_64, многоядерных процессоров архитектуры MIC, а также гетерогенных систем с использованием «игровых» видеокарт или графических ускорителей. Рассмотрен вопрос выбора оптимальной платформы для проведения расчетов молекулярной динамики. ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Performance and Scalability of Materials Science and Machine Learning Codes on the State-of-Art Hybrid Supercomputer Architecture
Кондратюк Н. Д., Смирнов Г. С., Agarkov A. и др., , in: Supercomputing. RuSCDays 2019. Communications in Computer and Information ScienceVol. 1129: Supercomputing. RuSCDays 2019.: Springer, 2019. P. 597–609.
Добавлено: 11 декабря 2019 г.
Implementation of an XSL block cipher with MDS-matrix linear transformation on NVIDIA CUDA
Фомин Д. Б., Математические вопросы криптографии 2015 Vol. 6 No. 2 P. 99–108
Рассматриваются вопросы, связанные с реализацией на NVIDIA GPU блочного шифра типа XSL над конечным полем с MDS-матрицей линейного преобразования. Проводится сравнение полученных результатов с другими блочным шифрами ...
Добавлено: 4 мая 2019 г.
A timing attack on CUDA implementations of an AES-type block cipher
Фомин Д. Б., Математические вопросы криптографии 2016 Vol. 7 No. 2 P. 121–130
Предлагается атака на реализацию блочного шифра типа AES на процессорах CUDA, основанная на времени выполнения шифрования. Эксперименты показали, что можно найти секретный 128-битовый ключ AES по шифрованию 2^32 подобранных блоков открытого текста. Этот подход применим к AES с ключами других размеров и, более того, к любому блочному шифру, в котором линейное преобразование состоит из линейных преобразований двух типов, ...
Добавлено: 4 мая 2019 г.
Parallel algorithms for reducing derivation time of distinguishing experiments for nondeterministic finite state machines
El-Fakih K., Barlas G., Ali M. и др., International Journal of Parallel, Emergent and Distributed Systems 2018 Vol. 33 No. 2 P. 197–210
Добавлено: 31 октября 2018 г.
Инструменты анализа и разработки эффективного кода для параллельных архитектур
Монаков А. В., Платонов В. А., Аветисян А. И., Труды Института системного программирования РАН 2014 Т. 26 № 1 С. 357–374
В работе предлагаются методы поддержки разработки эффективных программ для современных параллельных архитектур, включая гибридные. Описываются специализированные методы профилирования, предназначенные для программиста, занимающегося распараллеливанием существующего кода, либо для поиска неэффективного использования кеша в многопоточных программах. Рассматривается задача автоматической генерации параллельного кода для гибридных архитектур. В задачах, где для повышения производительности на гибридных архитектурах необходима существенная переработка ...
Добавлено: 22 марта 2017 г.
Использование технологии CUDA в обучении сверточной нейросети для распознавания пыльцевых зерен
Замятина Елена Борисовна, Ханжина Н. Е., В кн.: Высокопроизводительные вычисления на графических процессорах: материалы III Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием с элементами науч. шк. для молодежи (ВВГП–2016).: Пермь: Пермский государственный национальный исследовательский университет, 2016. С. 70–81.
В работе описывается проблема автоматизации распознавания изображений пыльцевых зерен, полученных с помощью оптического микроскопа. Автоматизация распознавания пыльцы является актуальной в таких задачах, как анализ качества меда с целью выявления фальсификата, проверка качества воздуха для предупреждения аллергиков и астматиков, палеопалинология, судебная палинология. Описывается метод решения проблемы, основанный на машинном обучении и применении технологии CUDA. Описывается алгоритм ...
Добавлено: 12 марта 2017 г.
Библиотека PRAND: генерация параллельных потоков случайных чисел для расчетов Монте-Карло с использованием GPU
Бараш Л. Ю., Щур Л. Н., Cuda Альманах 2014 № 3 С. 17–17
Разработаны библиотека RNGSSELIB и библиотека PRAND по параллельной генерации псевдослучайных чисел для расчетов Монте-Карло. Библиотека RNGSSELIB содержит только реализации для CPU и не требует при использовании наличия GPU или компилятора CUDA, в то время как библиотека PRAND содержит все разработанные реализации и предназначена для использования с CUDA версии 5.0 или более поздней. ...
Добавлено: 10 марта 2016 г.
  • О ВЫШКЕ
  • Цифры и факты
  • Руководство и структура
  • Устойчивое развитие в НИУ ВШЭ
  • Преподаватели и сотрудники
  • Корпуса и общежития
  • Закупки
  • Обращения граждан в НИУ ВШЭ
  • Фонд целевого капитала
  • Противодействие коррупции
  • Сведения о доходах, расходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера
  • Сведения об образовательной организации
  • Людям с ограниченными возможностями здоровья
  • Единая платежная страница
  • Работа в Вышке
  • ОБРАЗОВАНИЕ
  • Лицей
  • Довузовская подготовка
  • Олимпиады
  • Прием в бакалавриат
  • Вышка+
  • Прием в магистратуру
  • Аспирантура
  • Дополнительное образование
  • Центр развития карьеры
  • Бизнес-инкубатор ВШЭ
  • Образовательные партнерства
  • Обратная связь и взаимодействие с получателями услуг
  • НАУКА
  • Научные подразделения
  • Исследовательские проекты
  • Мониторинги
  • Диссертационные советы
  • Защиты диссертаций
  • Академическое развитие
  • Конкурсы и гранты
  • Внешние научно-информационные ресурсы
  • РЕСУРСЫ
  • Библиотека
  • Издательский дом ВШЭ
  • Книжный магазин «БукВышка»
  • Типография
  • Медиацентр
  • Журналы ВШЭ
  • Публикации
  • http://www.minobrnauki.gov.ru/
    Министерство науки и высшего образования РФ
  • https://edu.gov.ru/
    Министерство просвещения РФ
  • http://www.edu.ru
    Федеральный портал «Российское образование»
  • https://elearning.hse.ru/mooc
    Массовые открытые онлайн-курсы
  • НИУ ВШЭ1993–2026
  • Адреса и контакты
  • Условия использования материалов
  • Политика конфиденциальности
  • Правила применения рекомендательных технологий в НИУ ВШЭ
  • Карта сайта
Редактору