?
Производительность современных вычислительных платформ в расчетах молекулярной динамики белок - мембранных систем
Труды НИИСИ РАН. 2018. Т. 7. № 4. С. 157-161.
На примере программного пакета Gromacs проведено исследование скорости расчета
классической молекулярной динамики на различных компьютерных системах: настольных компьютерах,
кластеров на основе процессоров x86_64, многоядерных процессоров архитектуры MIC, а также
гетерогенных систем с использованием «игровых» видеокарт или графических ускорителей. Рассмотрен
вопрос выбора оптимальной платформы для проведения расчетов молекулярной динамики.
Приоритетные направления:
компьютерно-математическое
Язык:
русский
Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 8 № 6 С. 74-78
Проведено исследование производительности 2-х алгоритмов обработки результатов
молекулярной динамики (МД): расчета радиальной функции распределения (RDF) и расчета энергии на
современных вычислительных платформах. Показано, что оба алгоритма эффективно распараллеливаются
как на системах с общей памятью, так и на кластерах с распределенной памятью. Для обработки результатов
МД систем среднего размера эффективность распараллеливания расчета RDF близка к 1 в диапазоне до 100
ядер, ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Chugunov A.O., Volynsky P. E., Krylov N.A. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 P. 33112
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Volynsky P. E., Nolde D.E., Zakharova G. S. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 P. 413
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Панина И. С., Крылов Н. А., Нольде Д. Е. и др., Scientific Reports 2020 Vol. 10 Article 8821
Добавлено: 1 июня 2020 г.
Крылов Н. А., Ефремов Р. Г., BMC Research Notes 2021 Vol. 14 Article 124
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Панина И. С., Чугунов А. О., Нольде Д. Е. и др., FEBS Open Bio 2021 Vol. 11 No. Suppl.1 P. 356-356
Given the challenge of global antibiotic resistance, the development of new medications is indispensable. Lipid II - bacterial cell wall precursor – is a promising pharmaceutical target for innovative antibiotics, whereas lantibiotic nisin, effectively capturing lipid II’s conservative pyrophosphate group, is a potential prototype of a new generation of antibiotics. Because the structure of membrane-bound ...
Добавлено: 31 августа 2021 г.
Фомин Д. Б., Математические вопросы криптографии 2015 Vol. 6 No. 2 P. 99-108
Рассматриваются вопросы, связанные с реализацией на NVIDIA GPU блочного шифра типа XSL над конечным полем с MDS-матрицей линейного преобразования. Проводится сравнение полученных результатов с другими блочным шифрами ...
Добавлено: 4 мая 2019 г.
Nadezhdin K., Neuberger A., Trofimov Y. и др., Nature Structural and Molecular Biology 2021 Vol. 28 P. 564-572
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Стройлов В. С., Панова М. А., Тоукач Ф. В., International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 No. 20 Article 7626
Добавлено: 31 января 2022 г.
Panina I. S., Чугунов А. О., Ефремов Р. Г., Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2018 Vol. 44 No. 6 P. 653-664
Ввиду нарастающей проблемы антибиотикорезистентности в медицине, большое внимание уделяется антимикробным веществам, действующим на небелковые молекулы, устроенные более консервативно, чем белки. Одной из наиболее перспективных и изученных таких мишеней является компонент биосинтетического пути формирования бактериальной клеточной стенки — липид II, который присутствует только в мембране бактерий и имеет консервативную химическую структуру. Существуют несколько классов природных антибиотиков, ...
Добавлено: 25 февраля 2019 г.
Коншина А. Г., Дубовский П. В., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2021 Vol. 61 No. 1 P. 385-399
Добавлено: 24 января 2021 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Добавлено: 24 октября 2022 г.
Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017
Процессы трансформации энергии и регуляции этих процессов при изменении характеристик внешней и внутренней среды лежат в основе устойчивого существования всех живых систем. Монография содержит главы, посвященные физико-химическим механизмам регуляции процессов на молекулярном, субклеточном и клеточном уровнях. В книге описаны результаты последних достижений отечественной науки в области фолдинга белка (Финкельштейн и др.), молекулярных основ взаимодействия белков ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
В статье представлена технология, позволяющая собирать в полевых исследованиях пространственно локализованные данные об объектах городской среды. Технология основана на автоматической привязке фотографий к пространственным координатам. Приведен план полевых и камеральных мероприятий, предложены варианты ГИС-обработки собираемых таким образом данных. В качестве примера приведены данные об использовании белорусского языка в общественном пространстве городов Белоруссии. ...
Добавлено: 12 апреля 2015 г.
Бухаров О. Е., Мизикин А. А., Боголюбов Д. П., Промышленные АСУ и контроллеры 2013 № 7 С. 37-45
В данной статье обосновываются преимущества эволюционного подхода для решения задач разработки системы поддержки принятия решений. Рассматриваются наиболее популярные методы прогнозирования и выявления зависимостей. Приводятся преимущества использования нейронных сетей для осуществления прогнозирования и определения зависимостей между параметрами систем. Рассматриваются преимущества интервальных нейронных сетей. Оцениваются методы нахождения оптимальных входных параметров для нейронных сетей. Рассматривается реализация системы помощи ...
Добавлено: 29 ноября 2013 г.
Красноярск : ИВМ СО РАН, 2013
Труды Пятой Международной конференции «Системный анализ и информационные технологии» САИТ-2013 (19–25 сентября 2013 г., г.Красноярск, Россия): ...
Добавлено: 18 ноября 2013 г.
Rusinov I. S., Ershova A. S., Karyagina A. S. и др., BMC Genomics 2018 Vol. 19 No. 885 P. 1-11
Добавлено: 20 декабря 2018 г.
Сорокин К. С., Айзенберг А. А., Анохин К. В. и др., / Cornell University. Series Computer Science "arxiv.org". 2022.
Добавлено: 17 ноября 2022 г.
Voronova L.I., Trunov A. S., Voronov V.I., International journal of experimental education 2013 No. 12 P. 82-91
The model of distributed calculators makes it possible a parallel calculation of the correlated N-particle system with a complex multi-particle interaction (long-range ionic and short-range repulsive, two- and three-particle covalent interactions) with MPI and CUDA technologies. The computational model is based on the mathematical model of heterogeneous descriptors developed by the authors, that allows shift ...
Добавлено: 15 ноября 2013 г.
Баулин Е. Ф., Ройтберг М. А., Астахова Т. В., Математическая биология и биоинформатика 2012 Т. 7 № 2 С. 567-571
Предложена классификация элементов вторичной структуры РНК, которая является обобщением классификации петель, предложенной Мэтьюзом и Тернером. Эта классификация позволяет единообразно описывать структуры как содержащие, так и не содержащие псевдоузлы. ...
Добавлено: 30 января 2013 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
[б.и.], 2019
. ...
Добавлено: 15 января 2020 г.
Нерсисян С. А., Галатенко А. В., Галатенко В. В. и др., Plos One 2021 Vol. 16 No. 4 Article e0249424
Добавлено: 10 мая 2021 г.