• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

Роль CpG метилирования квадруплексов в эпигенетической регуляции.

 

Гуаниновые квадруплексы (G4s) являются одной из неканонических форм нуклеиновых кислот и образованы последовательностями, богатыми гуанином. G4 широко распространены в геноме человека и связаны с транскрипцией, репликацией, а также могут быть связаны с рядом заболеваний. Известно, что изменение уровня метилирования CpG влияет на стабильность G4s. Кроме того, было показано, что DNMT1 проявляет более высокую аффинность связывания с G4s по сравнению с дуплексной, гемиметилированной или одноцепочечной ДНК. В настоящей работе мы исследовали метилирование G4, специфичное для пола и типа тканей. Был проведен анализ данных метилирования проекта Roadmap Epigenomics и данных по картированию квадруплексов G4-seq и CHiP-seq Было выявлено существенное различие в профилях метилирования, GC-содержании, последовательности петель данных G4-seq и ChIP-seq G4. На данных ChIP-seq обнаружено более 1000 G4, которые дифференциально метилированы в клетках человека; более 600 из них расположены в регуляторных регионах с более чем 500 генами. Анализ представленности дифференциально метилированных G4s выявил, что регуляция на основе G4s может участвовать в ряде биологических процессов, таких как дифференцировка клеток, организация цитоскелета и внеклеточного матрикса. Мы предполагаем, что механизм регуляции не зависит от длины петель, наличия выпетливаний и последовательности нуклеотидов в них содержащихся. По-видимому, ключевым моментом является наличие последовательности, способной образовывать квадруплекс и высокое содержание GC и CрG.