GQ-DNABERT reveals GQ proximal enhancer–promoter interactions associated with tissue-specific transcription

Публикации

?

GQ-DNABERT reveals GQ proximal enhancer–promoter interactions associated with tissue-specific transcription

Nucleic Acids Research. 2025. Vol. 53. No. 19. Article gkaf1007.

Коновалов Д. Л., Умеренков Д. Е., Герберт А., Попцова М. С.

Научное направление: Биология Компьютерные науки

Язык: английский

DOI

Текст на другом сайте

Incorporating Scientific Knowledge into Neural Network Density Functionals

Медведев М. Г., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9

Добавлено: 26 июня 2026 г.

Моделирование полностью роботизированного склада со стеллажами глубокого хранения

Гаджимирзаев Ш. М., Хельвас А. В., Computer Research and Modeling 2026 Vol. 18 No. 2 P. 423–438

В данной статье рассматривается модель полностью роботизированного склада с глубо кими стеллажами, предназначенного для хранения коробочных товаров. Основное внимание уделено оптимизации работы склада за счет дискретного мультиагентного моделирования дви жения шаттлов, выполняющих задачи по отгрузке и размещению коробок. Авторы исследуют различные стратегии размещения товаров в зонах склада, включая алгоритмы NCPA (Nearest Channel Positioning Algorithm), MECGP (Most Empty Channel Group Placement) ...

Добавлено: 24 июня 2026 г.

A machine learning dataset on winter roads of Krasnoyarsk Krai, Russia for the forestry and infrastructural projects

Подольская Е. С., Sinitsina A., European Journal of Forest Engineering 2026 Vol. 12 No. 1 P. 7–21

Добавлено: 24 июня 2026 г.

The state and prospects of using virtual reality technologies in sports: a brief review

Atlasov B., Сельский А. К., Russian Journal of Information Technology in Sports 2025 Vol. 2 No. 1 P. 13–21

В статье рассматривается текущее состояние глобального рынка технологий виртуальной и дополненной реальности (VR/AR) в спорте, отмечается его рост, хотя и более медленный, чем ожидалось ранее. Особое внимание уделено российскому рынку, где развитие VR-технологий в спорте отстает от мировых лидеров, таких как США, страны ЕС и Китай, но при этом имеет значительный потенциал для роста. Проведен ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

AI & PDE: ICLR 2026 Workshop on AI and Partial Differential Equations

[б.и.], 2026.

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум.

Рыскина Е. А., Лобаева Т. А., Ануркина А. И., Ваш формат, 2025.

Я Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум. Аннотация Аннотация к практикуму «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология» Учебное пособие «Эволюция, экология, генетика человека, медицинская паразитология. Практикум» (авторы: Лобаева Т. А., Рыскина Е. А., Ануркина А. И.; издательство «Ваш формат», 2025 год, 194 страницы) предназначено для студентов высших учебных заведений. Цель практикума — обеспечить комплексное освоение ключевых разделов биологии с акцентом на их прикладное значение в медицине. ...

Добавлено: 23 июня 2026 г.

2025 9th International Conference on Information, Control, and Communication Technologies (ICCT-2025)

IEEE, 2026.

Добавлено: 23 июня 2026 г.

Proceedings of the 4th Workshop on NLP for Music and Audio (NLP4MusA 2026)

Бузаев Ф. А., Mullakhmetov R., Bogachev R. и др., Association for Computational Linguistics, 2026.

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Zα and Zβ Localize ADAR1 to Flipons That Modulate Innate Immunity, Alternative Splicing, and Nonsynonymous RNA Editing

Herbert A., Cherednichenko O., Lybrand T. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 6 Article 2422

Добавлено: 22 июня 2026 г.

Международная конференция «Математические идеи академика П.Л. Чебышёва, их приложения в естественных науках и технологи- ях искусственного интеллекта», приуроченная к 205-й годовщине со дня его рождения» : Материалы конференции. / (Обнинск, 14–16 мая 2026 г.): Материалы конференции. Под ред. акад. В.Б. Бетелина. — Калуга: Калужский печатный двор, 2026. — 232 с.

Калужский печатный двор, 2026.

Сборник трудов конференции "Математические идеи академика П.Л. Чебышёва, их приложения в естественных науках и технологиях искусственного интеллекта» ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Embryonic enhancers help transmit positional information to the initiator cores that control Drosophila Abd-B regulatory domains.

Kyrchanova O., Kudryashova K., Ibragimov A. и др., Development 2025 Vol. 152 No. 19 Article 205051

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Initiators counteract Polycomb repression and stimulate long-range contacts between enhancers and the Abdominal-B promoter in Drosophila

Kyrchanova O., Ksenia Kudryashova, Dubrovskaya V. и др., Open Biology 2025 Vol. 15 No. 11 Article 250192

Добавлено: 20 июня 2026 г.

ИНТЕГРАЦИЯ ТЕХНОЛОГИИ ГЕНЕРАТИВНОГО ИСКУССТВЕННОГО ИНТЕЛЛЕКТА В ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЙ ВИДЕОКОНТЕНТ

Стогниева О. Н., Чеснокова Н. Е., Отечественная и зарубежная педагогика 2026 Т. 1 № 3 (115) С. 123–131

Внедрение генеративных инструментов искусственного интеллекта в образовательную практику актуализирует проблему педагогически обоснованного использования данных технологий при создании образовательного видеоконтента, который всё чаще применяется в языковом и профессионально-ориентированном обучении. Цель статьи — провести сравнительный анализ образовательного видеоконтента, созданного с применением генеративных ИИ-инструментов, с позиций теории когнитивной нагрузки и принципов педагогического дизайна, а также выявить дидактические условия повышения ...

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Construction of Promoter Elements for Strong, Moderate, and Weak Gene Expression in Drosophila melanogaster

Kudryashova K.S., Deriglazova I. O., Osadchiy I. S. и др., Genes 2025 Vol. 16 No. 1 Article 3

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Diverse β-bungarotoxin isoforms manifest different affinities to voltage-gated potassium channels of Kv1.x subfamily

Ksenia Kudryashova, Filippova E., Kryukova E. и др., Archives of Biochemistry and Biophysics 2025 Vol. 769 Article 110437

Добавлено: 20 июня 2026 г.

Benchmarking DNA large language models on quadruplexes

Cherednichenko O., Herbert A., Попцова М. С., Computational and Structural Biotechnology Journal 2025 Vol. 27 P. 992–1000

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Kolmogorov–Arnold networks for genomic tasks

Попцова М. С., Briefings in Bioinformatics 2025 Vol. 26 No. 2 P. 1–11

Добавлено: 19 июня 2026 г.

Графовые паттерны в несогласованных декларативных моделях процессов

Анненков А. Н., Нестеров Р. А., Моделирование и анализ информационных систем 2026 Т. 33 № 2 С. 176–205

Декларативные модели процессов широко используются в process mining для гибкого описания поведения процессов с помощью наборов ограничений. Однако модели, автоматически извлекаемые из журналов событий, могут содержать несогласованные ограничения, что затрудняет их интерпретацию и делает их непригодными для исполнения, проверки соответствия или дальнейшего анализа. Существующие методы анализа согласованности либо опираются на автоматные конструкции с высокой асимптотической сложностью ...

Добавлено: 18 июня 2026 г.

Z-DNA formation in promoters conserved between human and mouse are associated with increased transcription reinitiation rates.

Бекназаров Н. С., Dmitry Konovalov, Herbert A. и др., Scientific Reports 2024 Vol. 14 Article 17786

Добавлено: 24 октября 2024 г.

Консервативные Z-флипоны и ассоциированные с ними омиксные факторы, в геномах мыши и человека.

Коновалов Д. Л., Бекназаров Н. С., Герберт А. и др., В кн.: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Разработанный нами ранее подход DeepZ [1], основанный на глубинных нейронных сетях и использующий как данные о последовательности, так и омиксные данные, был использован для генерации полногеномных аннотаций генома мыши и человека участками Z-ДНК. В данной работе мы использовали подход DeepZ для изучения консервативных Z-флипонов и консервативных транскрипционных факторов и гистоновых меток, которые обогащены Z-флипонами в обоих геномах. Мы отобрали более 500 ...

Добавлено: 1 декабря 2023 г.