On a mechanistic impact of transmembrane tetramerization in the pathological activation of RTKs

Polyansky A.; Roman G. Efremov

doi:10.1016/j.csbj.2023.04.021

Публикации

?

On a mechanistic impact of transmembrane tetramerization in the pathological activation of RTKs

Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023. Vol. 21. P. 2837–2844.

Polyansky A., Roman G. Efremov

Научное направление: Физика Биология

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: молекулярная динамика molecular dynamics simulations передача сигнала патологические мутации pathological mutations signal transduction structure prediction предсказание структуры protein oligomerization model membranes олигомеризация белка модельная мембрана

Interpreting antiviral effects: from experimental measurements to mechanistic viral dynamics

Нерсисян А. Л., Frontiers in Molecular Biosciences 2026 Vol. 13 Article 1995001

Добавлено: 15 октября 2026 г.

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Корнилов В. В., Batienkov R., Lecture Notes in Civil Engineering 2026 Vol. 886 P. 249–255

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Sandpile Cellular Automata with Manna Rule on the Chung-Lu Graph: Application to X Social Network

Дмитриев А. В., Shulman I., Лебедев А. А., Studies in Computational Intelligence 2026 Vol. 1265 P. 266–273

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Неравновесное состояние в квазиодномерных сверхпроводящих каналах

Арутюнов К. Ю., Харитонов И. А., Петросянц К. О., JETP Letters 2026 Vol. 124 No. 6 P. 1–16

Добавлено: 13 октября 2026 г.

When universal machine learning models fail in capacitance prediction for carbon-based supercapacitors: Leakage-aware validation and electrolyte screening

Makarov D. M., Каликин Н. Н., Fashchevsky K. A. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 579 Article 150159

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Динамика изолированного поселения Spermophilus Suslicus (Rodentia, Sciuridae) в Липецке (Европейская Россия), его перспективы и роль в сохранении вида

Батова О. Н., Савинецкая Л. Е., Проявка С. В. и др., Nature Conservation Research. Заповедная наука 2026 Т. 11 № 4 С. 25–39

Spermophilus suslicus – находящийся под угрозой исчезновения вид, внесенный в Красные книги всех уровней (от региональных до международного Красного списка) и нуждающийся в настоящее время в особых мерах охраны. За последние 30–50 лет его ареал из сплошного стал мозаичным, а численность повсеместно сократилась. В начавшихся в России в 2015 г. экспериментальных работах по реинтродукции вида ...

Добавлено: 13 октября 2026 г.

Ranging Precision Comparison of Direct and Non-Line-of-Sight LiDAR Systems Based on SNSPD

Махлуф М., Ожегов Р. В., Елезов М. С. и др., Фотоника 2026 Vol. 20 No. 6 P. 414–423

В данной работе проведено сравнение точности дальнометрии лидарных архитектур прямого времени пролёта (dToF) и вне прямой видимости (NLOS), обе из которых используют сверхпроводящий нанопроволочный детектор одиночных фотонов (SNSPD). Обе системы работают на длине волны 1550 нм с импульсным лазером длительностью 50 пс и методом коррелированного во времени счёта одиночных фотонов (TCSPC). Конфигурация dToF обеспечила точность около 100 мкм ...

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Proceedings of the 34th IUPAP Conference on Computational Physics: CCP2023, August 4-8, Kobe, Japan

Singapore: Springer, 2026.

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Effect of crack size and its position on cyclic deformation behavior of refractory highentropy alloy HfNbTiZr

Корзникова Е. А., Babicheva R. I., Davletbakov A. A. и др., JOURNAL OF MATERIALS SCIENCE: MATERIALS IN ENGINEERING 2026 Vol. 21 Article 84

С помощью комбинированного моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) исследовано влияние положения и размера трещины на ближний порядок (SRO) и поведение при высокотемпературном циклическом деформировании тугоплавкого высокоэнтропийного сплава (RHEA) HfNbTiZr с использованием моделей бикристаллов. Установлено, что на процесс формирования ближнего порядка влияет не только размер трещины (а именно величина ее раскрытия), но и ...

Добавлено: 24 сентября 2026 г.

Water confined in heterogeneous clay–quartz pores: Structure and dynamics from atomistic simulations

Глушак А. А., Тарарушкин Е. В., Смирнов Г. С., Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2027 Vol. 752 Article 141756

Добавлено: 15 сентября 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Multiphosphorylated molecules for buried interface regulation of inverted perovskite solar cells in a two-step process

Luo S., Bi Z., Xiong L. и др., Energy and Environmental Sciences 2026 Vol. 19 No. 6 P. 2069–2083

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Compression-Induced Lattice Tilting Quenches Ion Migration at Metal Halide Perovskite Grain Boundaries: A Machine Learning Molecular Dynamics Study

Mikhail R. Samatov, Лю Д., Emir S. Amirov и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2025 Vol. 16 No. 51 P. 13068–13074

Добавлено: 20 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

Linking transport, structural and relaxation properties of supercooled 1-methylnaphthalene at high pressures via molecular modeling

Nikitiuk B., Nikolay Kondratyuk, Писарев В. В., Journal of Molecular Liquids 2025 Vol. 440 Article 128894

Добавлено: 12 ноября 2025 г.

Immune Antibodies Recognizing the Stem Region of SARS-CoV-2 Spike Protein: Molecular Modelling and In Vitro Study of Synthetic Peptides Presentation to the Antibodies

Aliper E., Ryzhov I., Obukhova P. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2026 Vol. 1868 No. 1 Article 184472

Antibodies to peptide 1147 (amino acids 1147-61) of the SARS-CoV-2 protein S are highly diagnostic. Peptide 1147, although located in a region that is partly spatially hidden in the intact protein, is not subject to mutations, suggesting therapeutic potential. The aim of this study was to elucidate the architecture of this region and the way ...

Добавлено: 20 октября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Механические характеристики модели молекулярной динамики и полиномы Коробова

Устинов А. В., Гузев М. А., Дальневосточный математический журнал 2016 Т. 16 № 1 С. 39–43

Методы теории чисел использованы для точного вычисления статического поля напряжений в одномерной цепочке взаимодействующих гармонических осцилляторов. Для сумм, определяющих поле, получено представление через полиномы Коробова при произвольном числе осцилляторов и масштабе усреднения. ...

Добавлено: 9 октября 2025 г.

The role of surface material properties on the behavior of ionic liquids in nanoconfinement: A critical review and perspective of theory and simulations

Nesterova I., Кондратюк Н. Д., Будков Ю. А. и др., Advances in Colloid and Interface Science 2025 Vol. 346 Article 103623

Добавлено: 2 сентября 2025 г.

Modified embedded-atom method interatomic potentials for the Al-Mn, Ti-Mn and Cu-Mn binary alloys

Ahmad Ostovari Moghaddam, Fereidonnejad R., Mikhailov D. и др., Materials Letters 2024 Vol. 359 Article 135968

Interatomic potentials based on the second nearest-neighbor modified embedded-atom method (2NN-MEAM) have been developed for Al-Mn, Ti-Mn and Cu-Mn binary alloys. The potentials were utilized to determine structural, mechanical and thermodynamic properties of intermetallic phases, which were in good agreement with the experimental data or first-principles calculations. The potentials can be utilized to study different properties ...

Добавлено: 23 января 2025 г.

Modified embedded-atom method interatomic potentials for the V-X (X= Cr, Fe) binary and CoCrFeNiTiV multinary alloys

Остовари М. А., Fereidonnejad R., Mikhailov D. и др., Calphad: Computer Coupling of Phase Diagrams and Thermochemistry 2024 Vol. 87 Article 102753

Добавлено: 12 января 2025 г.

Structure-function analyses of human TRPV6 ancestral and derived haplotypes

Neuberger A., Shalygin A., Trofimov Y. A. и др., Structure 2025 Vol. 33 No. 1 P. 91–103.e5

TRPV6 is a Ca2+ selective channel that mediates calcium uptake in the gut and contributes to the development and progression of human cancers. TRPV6 is represented by the ancestral and derived haplotypes that differ by three non-synonymous polymorphisms, located in the N-terminal ankyrin repeat domain (C157R), S1–S2 extracellular loop (M378V), and C-terminus (M681T). The ancestral and derived haplotypes were ...

Добавлено: 9 декабря 2024 г.

Second nearest-neighbor modified embedded-atom method interatomic potentials for the Zr-X (X = Co, Fe, Ni) binary alloys

Ahmad Ostovari Moghaddam, Fereidonnejad R., Moaddeli M. и др., Computational Materials Science 2025 Vol. 247 Article 113534

Добавлено: 12 ноября 2024 г.

Липид-опосредованная адаптация белков и пептидов в клеточных мембранах

Полянский А. А., Ефремов Р. Г., Биологические мембраны 2024 Т. 41 № 4 С. 403–421

Представлены результаты исследований в компьютерном эксперименте молекулярных механизмов адаптации модельных клеточных мембран, реализующейся в ходе их взаимодействия с белками и пептидами. Речь идет об изменении структурно-динамических параметров водно-липидной среды, гидрофобной/гидрофильной организации поверхности липидного бислоя (так называемой «мозаичности») и пр. Взятые в совокупности, эти эффекты получили название «мембранного ответа» (МО) – важнейшей способности клеточных мембран специфично и устойчиво ...

Добавлено: 19 сентября 2024 г.