The Crux toolkit for analysis of bottom-up tandem mass spectrometry proteomics data

A. Kertesz-Farkas; F. L. Acquaye; Kishankumar Bhimani; English J.; Fondrie W.; Grant C.; Hoopmann M.; Lin A.; Lu Y.; Moritz R.; MacCoss M.; Noble W. S.

doi:10.1021/acs.jproteome.2c00615

?

The Crux toolkit for analysis of bottom-up tandem mass spectrometry proteomics data

Journal of Proteome Research. 2023. Vol. 22. No. 2. P. 561–569.

Кертес-Фаркаш А., Аквей Ф. Л., Kishankumar Bhimani, English J., Fondrie W., Grant C., Hoopmann M., Lin A., Lu Y., Moritz R., MacCoss M., Noble W. S.

Научное направление: Медицинские науки Компьютерные науки

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: Database search applied data analysis tandem mass spectrometry Open source software false discovery rate control

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Сквозное обучение для аннотации данных спектрометрии (2023)

Proceedings of the 6th Workshop on Computational Approaches to Discourse, Context and Document-Level Inferences (CODI 2025)

Strube M., Braud C., Hardmeier C. и др., Suzhou: Association for Computational Linguistics, 2025.

Добавлено: 11 июня 2026 г.

TreeDQN: Sample-efficient off-policy reinforcement learning for combinatorial optimization

Sorokin D., Kostin A., Савченко Л. В. и др., Knowledge-Based Systems 2026 Vol. 348 Article 116258

Добавлено: 10 июня 2026 г.

Microbial diversity and production of milk spirit using traditional Buryat fermentation and distillation technologies

Namsaraev Z., Nanzatov B., Козлова А. Д. и др., Scientific Reports 2026 Vol. 16 No. 1 Article 17769

Дистиллированные кисломолочные напитки встречаются в пищевой промышленности редко, несмотря на повсеместное распространение растительных спиртных напитков. В настоящее время производство крепких дистиллированных алкогольных напитков из кисломолочных продуктов с использованием традиционных технологий известно лишь среди монголоязычных народов и их сибирских соседей. Данное исследование представляет собой первый междисциплинарный анализ дарасуна, традиционного бурятского спиртного напитка, изготавливаемого из кисломолочного напитка ...

Добавлено: 10 июня 2026 г.

Artificial intelligence and digital twins for failure prediction in data center cooling systems: a comprehensive literature review (2018–2026)

Butorova A., Bobakov V., Sergeev A. и др., European Physical Journal: Special Topics 2026 P. 1–19

Добавлено: 10 июня 2026 г.

Innovations in Information and Decision Sciences. Proceedings of the 13th International Conference on Frontiers in Intelligent Computing: Theory and Applications (FICTA 2025), Volume 4

Springer, 2026.

Добавлено: 8 июня 2026 г.

Proceedings of the 43rd International Conference on Machine Learning (ICML 2026)

Seul: PMLR, 2026.

Добавлено: 4 июня 2026 г.

OpenAtom Foundation. Консорциум, развивающий Open Source в Китае.

Силаков Д. В., Системный администратор 2026 № 3 С. 28–33

В статье про платформы для разработки открытого ПО в Китае мы рассказали про GitCode – молодой проект, позиционируемый как площадка для разработчиков со всего мира. Сейчас на GitCode размещаются проекты, созданные в КНР, но некоторые из них уже известны и на международной арене. Помочь открытым проектам в становлении, развитии и расширению аудитории призван фонд OpenAtom ...

Добавлено: 2 июня 2026 г.

The recognition-by-components method

Slivnitsin P., Мыльников Л. А., Engineering Applications of Artificial Intelligence 2026 Vol. 179 Article 115185

Добавлено: 29 мая 2026 г.

Brain-Computer Interfaces for Gait Rehabilitation After Stroke A Scoping Review

Мокиенко О. А., Zisman M. A., Бобров П. Д. и др., American Journal of Physical Medicine and Rehabilitation 2026 Vol. 105 No. 6 P. 555–563

Добавлено: 28 мая 2026 г.

Generalizing the Brady-Yong Algorithm: Efficient Fast Hough Transform for Arbitrary Image Sizes

Kazimirov D., Rybakova E., Vitalii V. Gulevskii и др., IEEE Access 2025 Vol. 13 P. 20101–20132

Добавлено: 28 мая 2026 г.

Universal Comparison Methodology for Hough Transform Approaches

Kazimirov D., Vitalii Gulevskii, Kroshnin A. и др., Mathematics 2026 Article 1136

Добавлено: 28 мая 2026 г.

ИНФОРМАЦИОННЫЕ ТЕХНОЛОГИИ И ТЕХНИЧЕСКИЕ СРЕДСТВА УПРАВЛЕНИЯ (ICCT-2024)

М.: Институт проблем управления им. В.А. Трапезникова РАН, 2024.

В сборник вошли материалы VIII Международной научной конференции «Информационные технологии и технические средства управления» (ICCT-2024). На конференции были рассмотрены вопросы, касающиеся перспектив развития научного приборостроения в телекоммуникационных и управляющих системах, биомедицинской информатики, аппаратного и программного обеспечения информационнокоммуникационных систем, надежности, диагностики и неразрушающего контроля, систем управления и автоматизации, цифровых экосистем, управления производством и логистикой, методов математического ...

Добавлено: 27 мая 2026 г.

Non-linear in-band interference cancellation on base of conjugate gradients method

Degtyarev A., Bakhurin S., Юдин Н. Е., DSPA 2026 P. 1–6

Добавлено: 26 мая 2026 г.

28th European Conference on Artificial Intelligence, 25-30 October 2025, Bologna, Italy – Including 14th Conference on Prestigious Applications of Intelligent Systems (PAIS 2025)

IOS Press, 2025.

Добавлено: 26 мая 2026 г.

Аналоги GitHub из Китая … и их готовность к международному участию

Силаков Д. В., Системный администратор 2026 № 1-2 С. 46–51

События последних лет показали, что подобно многим другим сферам международного сотрудничества, разработка свободного ПО подвержена влиянию политических веяний. Доступность кода тех или иных открытых проектов, не говоря уже о возможности участия в их разработке, может в одно мгновение оказаться под вопросом. Как обезопасить себя от подобных сценариев на уровне государства и при этом не замкнуться ...

Добавлено: 17 марта 2026 г.

Single amino acid variation identification in high resolution tandem mass spectrometry data in bottom up proteomics

Бхимани К. Р., Пересадина А. В., Бурмак К. С. и др., 2026 Vol. 519 Article 117532

Добавлено: 2 октября 2025 г.

Fast and Memory-Efficient Searching of Large-Scale Mass Spectrometry Data Using Tide

Кертес-Фаркаш А., Аквей Ф. Л., Остапенко В. Р. и др., Journal of Proteome Research 2025 Vol. 24 No. 9 P. 4831–4837

Добавлено: 11 сентября 2025 г.

Self-feedback delay induces extreme events in the theoretical Brusselator system

Manivelan S. V., S. Sabarathinam, Thamilmaran K. и др., Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics 2025 Vol. 112 No. 1 Article 014202

Добавлено: 2 июля 2025 г.

Transcriptomic Maps of Colorectal Liver Metastasis: Machine Learning of Gene Activation Patterns and Epigenetic Trajectories in Support of Precision Medicine

Кудрявцева А. В., Cancers 2023

Добавлено: 1 июля 2025 г.

Search for the rare decay of charmed baryon Λ c + into the p μ + μ - final state

Aaij R., Abdelmotteleb A. S., Abellan Beteta C. и др., Physical Review D - Particles, Fields, Gravitation and Cosmology 2024 Vol. 110 No. 5 Article 052007

Добавлено: 6 декабря 2024 г.

Measurement of $\Xi^{+}_{c}$ production in pPb collisions at $\sqrt{s_{\mathrm{NN}}}=8.16$ TeV at LHCb

Aaij R., Abdelmotteleb A. S., Abellan Beteta C. и др., Physical Review C - Nuclear Physics 2024 Vol. 109 No. 4 Article 044901

Добавлено: 18 сентября 2024 г.

The LHCb Upgrade I

Aaij R., Abdelmotteleb A. S., Abellan Beteta C. и др., Journal of Instrumentation 2024 Vol. 19 No. 05 Article P05065

Добавлено: 18 сентября 2024 г.

Improved measurement of CP violation parameters in $B_s^0\to J/\psi K^+K^-$ decays in the vicinty of the $\phi(1020)$ resonance

Aaij R., Abdelmotteleb A. S., Abellan Beteta C. и др., Physical Review Letters 2024 Vol. 132 No. 5 Article 051802

Добавлено: 18 сентября 2024 г.

Observation of Cabibbo-suppressed two-body hadronic decays and precision mass measurement of the $\Omega_c^0$ baryon

Aaij R., Abdelmotteleb A. S., Abellan Beteta C. и др., Physical Review Letters 2024 Vol. 132 No. 8 Article 081802

Добавлено: 18 сентября 2024 г.