?
Structural mechanism of heat-induced opening of a temperature-sensitive TRP channel
Nature Structural and Molecular Biology. 2021. Vol. 28. P. 564-572.
Nadezhdin K., Neuberger A., Trofimov Y., Крылов Н. А., Sinica V., Kupko N., Vlachova V., Zakharian E., Ефремов Р. Г., Sobolevsky A. I.
Ключевые слова: молекулярная динамикаИонные каналыion channels molecular dynamicscryo-electron microscopymembrane protein structureheat sensor proteinкриоэлектронная микроскопияструктура мембранных белковтермочувствительный белок
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
Chugunov A.O., Volynsky P. E., Krylov N.A. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 P. 33112
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Berkut A., Чугунов А. О., Mineev K. и др., Journal of biological chemistry 2019 Vol. 294(48) P. 18349-18359
Tk-hefu is an artificial peptide designed based on the α-hairpinin scaffold, which selectively blocks voltage-gated potassium channels Kv1.3. Here we present its spatial structure resolved by NMR spectroscopy and analyze its interaction with channels using computer modeling. We apply protein surface topography to suggest mutations and increase Tk-hefu affinity to the Kv1.3 channel isoform. We ...
Добавлено: 21 октября 2019 г.
Нольде Д. Е., Крылов Н. А., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 7 № 4 С. 157-161
На примере программного пакета Gromacs проведено исследование скорости расчета
классической молекулярной динамики на различных компьютерных системах: настольных компьютерах,
кластеров на основе процессоров x86_64, многоядерных процессоров архитектуры MIC, а также
гетерогенных систем с использованием «игровых» видеокарт или графических ускорителей. Рассмотрен
вопрос выбора оптимальной платформы для проведения расчетов молекулярной динамики. ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Panina I. S., Чугунов А. О., Ефремов Р. Г., Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2018 Vol. 44 No. 6 P. 653-664
Ввиду нарастающей проблемы антибиотикорезистентности в медицине, большое внимание уделяется антимикробным веществам, действующим на небелковые молекулы, устроенные более консервативно, чем белки. Одной из наиболее перспективных и изученных таких мишеней является компонент биосинтетического пути формирования бактериальной клеточной стенки — липид II, который присутствует только в мембране бактерий и имеет консервативную химическую структуру. Существуют несколько классов природных антибиотиков, ...
Добавлено: 25 февраля 2019 г.
Коншина А. Г., Дубовский П. В., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2021 Vol. 61 No. 1 P. 385-399
Добавлено: 24 января 2021 г.
Панина И. С., Чугунов А. О., Нольде Д. Е. и др., FEBS Open Bio 2021 Vol. 11 No. Suppl.1 P. 356-356
Given the challenge of global antibiotic resistance, the development of new medications is indispensable. Lipid II - bacterial cell wall precursor – is a promising pharmaceutical target for innovative antibiotics, whereas lantibiotic nisin, effectively capturing lipid II’s conservative pyrophosphate group, is a potential prototype of a new generation of antibiotics. Because the structure of membrane-bound ...
Добавлено: 31 августа 2021 г.
Volynsky P. E., Nolde D.E., Zakharova G. S. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 P. 413
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 8 № 6 С. 74-78
Проведено исследование производительности 2-х алгоритмов обработки результатов
молекулярной динамики (МД): расчета радиальной функции распределения (RDF) и расчета энергии на
современных вычислительных платформах. Показано, что оба алгоритма эффективно распараллеливаются
как на системах с общей памятью, так и на кластерах с распределенной памятью. Для обработки результатов
МД систем среднего размера эффективность распараллеливания расчета RDF близка к 1 в диапазоне до 100
ядер, ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Крылов Н. А., Ефремов Р. Г., BMC Research Notes 2021 Vol. 14 Article 124
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Добавлено: 24 октября 2022 г.
Aseev L. V., Chugunov A. O., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Bacteriology 2013 Vol. 195 No. 1 P. 95-104
Ribosomal protein S2 is an essential component of translation machinery, and its viable mutated variants conferring distinct
phenotypes serve as a valuable tool in studying the role of S2 in translation regulation. One of a few available rpsB mutants,
rpsB1, shows thermosensitivity and ensures enhanced expression of leaderless mRNAs. In this study, we identified the nature of ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Goryacheva E., Ефремов Р. Г., Krylov N. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 7 Article 6403
Добавлено: 19 мая 2023 г.
Dubovskii P., Dubinnyi M., Konshina A. и др., Biochemistry 2017 Vol. 56 No. 34 P. 4468-4477
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Стройлов В. С., Панова М. А., Тоукач Ф. В., International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 No. 20 Article 7626
Добавлено: 31 января 2022 г.
Панина И. С., Крылов Н. А., Нольде Д. Е. и др., Scientific Reports 2020 Vol. 10 Article 8821
Добавлено: 1 июня 2020 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Shenkarev Z., Chesnokov Y., Zaigraev M. и др., Communications Biology 2022 Vol. 5 Article 1344
Добавлено: 9 декабря 2022 г.
Pyrkova D. V., Tarasova N. K., Крылов Н. А. и др., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2013 Vol. 31 No. 1 P. 87-95
Delineation and analysis of lateral clustering of lipids in model bilayers is an important step toward understanding of the physical processes underlying formation of lipid domains and rafts in cell membranes. Computer modeling methods represent a powerful tool to address the problem since they can detect clusters of only few lipid molecules – this issue ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Bershatsky Y., Kuznetsov A., Idiatullina A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 4 Article 3906
Добавлено: 19 мая 2023 г.
Lohan S., Konshina A. G., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2023 Vol. 66 No. 1 P. 855-874
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Antibiotic resistance is one of the biggest public health challenges of our time and this is the motivation for finding new antibiotics. A class of bacteriocins — lantibiotics – are promising agents for drug discovery. Lantibiotics are ribosomally synthesized and posttranslationally modified cationic antimicrobial peptides. The specific target of type A (I) lantibiotics is the ...
Добавлено: 31 августа 2021 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Trofimov Y. A., Minakov A. S., Krylov N. A. и др., Doklady Biochemistry and Biophysics 2023 Vol. 508 No. 1 P. 1-5
Добавлено: 21 февраля 2023 г.