?
Fine Tuning of Microscopic Properties in Two-Component Zwitterionic- Anionic Lipid Bilayers: Determinant Role of H-Bonding
Biophysical Journal. 2018. Vol. 114. No. 3. P. 601А-601А.
Ключевые слова: молекулярная динамикамолекулярное моделированиеmolecular modelingMolecular Dynamics Simulationsbiomembranehydrogen bondsбиомембраныводородные связи
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
Aseev L. V., Chugunov A. O., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Bacteriology 2013 Vol. 195 No. 1 P. 95-104
Ribosomal protein S2 is an essential component of translation machinery, and its viable mutated variants conferring distinct
phenotypes serve as a valuable tool in studying the role of S2 in translation regulation. One of a few available rpsB mutants,
rpsB1, shows thermosensitivity and ensures enhanced expression of leaderless mRNAs. In this study, we identified the nature of ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Добавлено: 11 октября 2019 г.
Loganathan N., Bowers G. M., Ngouana-Wakou B. F. и др., Physical Chemistry Chemical Physics 2019 Vol. 21 P. 6917-6924
The interactions among fluid species such as H2O, CO2, and CH4 confined in nano- and meso-pores in shales and other rocks is of central concern to understanding the chemical behavior and transport properties of these species in the earth’s subsurface and is of special concern to geological C-sequestration and enhanced production of oil and natural ...
Добавлено: 2 ноября 2019 г.
Omelchuk O., Malyshev V., Medvedev M. и др., Journal of Organic Chemistry 2021 Vol. 86 No. 12 P. 7975-7986
Добавлено: 6 сентября 2021 г.
Panina I. S., Чугунов А. О., Ефремов Р. Г., Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2018 Vol. 44 No. 6 P. 653-664
Ввиду нарастающей проблемы антибиотикорезистентности в медицине, большое внимание уделяется антимикробным веществам, действующим на небелковые молекулы, устроенные более консервативно, чем белки. Одной из наиболее перспективных и изученных таких мишеней является компонент биосинтетического пути формирования бактериальной клеточной стенки — липид II, который присутствует только в мембране бактерий и имеет консервативную химическую структуру. Существуют несколько классов природных антибиотиков, ...
Добавлено: 25 февраля 2019 г.
Mishra R. K., Kunhi Mohamed A., Geissbühler D. и др., Cement and Concrete Research 2017 Vol. 102 P. 68-89
This paper reviews atomistic force field parameterizations for molecular simulations of cementitious minerals, such as tricalcium silicate (C3S), portlandite (CH), tobermorites (model C-S-H). Computational techniques applied to these materials include classical molecular simulations, density functional theory and energy minimization. Such simulations hold promise to capture the nanoscale mechanisms operating in cementitious materials and guide in ...
Добавлено: 11 ноября 2017 г.
Armeev G., Kniazeva A., Komarova G. и др., Nature Communications 2021 Vol. 12 Article 2387
Добавлено: 14 сентября 2021 г.
Dubovskii P., Dubinnyi M., Konshina A. и др., Biochemistry 2017 Vol. 56 No. 34 P. 4468-4477
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Volynsky P. E., Polyansky A. A., Fakhrutdinova G. N. и др., Journal of the american chemical society 2013 Vol. 135 No. 22 P. 8105-8108
Mutations in transmembrane (TM) domains of receptor tyrosine kinases are shown to cause a number of inherited diseases and cancer development. Here, we use a combined molecular modeling approach to understand molecular mechanism of effect of G370R and A391E mutations on dimerization of TM domains of human fibroblast growth factor receptor 3 (FGFR3). According to ...
Добавлено: 13 ноября 2013 г.
Bocharov E. V., Gremer L., Urban A. S. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2021 Vol. 64 No. 22 P. 16464-16479
Alzheimer’s disease (AD) is a severe neurodegenerative pathology with
no effective treatment known. Toxic amyloid-β peptide (Aβ) oligomers play a crucial
role in AD pathogenesis. All-D-Enantiomeric peptide D3 and its derivatives were
developed to disassemble and destroy cytotoxic Aβ aggregates. One of the D3-like
compounds is approaching phase II clinical trials; however, high-resolution details of its
disease-preventing or pharmacological actions ...
Добавлено: 1 февраля 2022 г.
Armeev G., Panchenko A., Feofanov A. и др., Biophysical Journal 2020 Vol. 118 No. 3S1 Article 318-Pos
Добавлено: 14 сентября 2021 г.
Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2019 Vol. 59 No. 6 P. 2765-2775
Добавлено: 7 августа 2019 г.
Loganathan N., Yazaydin A. O., Bowers G. M. и др., Journal of Physical Chemistry C 2017 Vol. 121 No. 44 P. 24527-24540
Grand Canonical Molecular Dynamics (GCMD) simulations were performed to investigate the intercalation of CO2 and H2O molecules in the interlayers of the smectite clay, Na-hectorite, at temperatures and pressures relevant to petroleum reservoir and geological carbon sequestration conditions and in equilibrium with H2O-saturated CO2. The computed adsorption isotherms indicate that CO2 molecules enter the interlayer ...
Добавлено: 11 ноября 2017 г.
В работе проведено исследование методом молекулярной динамики поведения автокорреляционных функций сдвигового напряжения и коэффициента кинематической вязкости в процессе стеклования на примере жидкого алюминия. Моделировалась пленка жидкого металла, охлажденная со скоростью 2× 1012 К/с. Получена зависимость коэффициента кинематической вязкости от температуры по формуле Грина-Кубо. На больших временах во всем диапазоне температур поведение автокорреляционных функций аппроксимировалось степенной зависимостью. ...
Добавлено: 22 октября 2018 г.
Chugunov A. O., Koromyslova A. D., Berkut A. и др., Journal of biological chemistry 2013 Vol. 88 No. 26 P. 19014-19027
To gain success in the evolutionary “arms race”, venomous animals such as scorpions produce diverse neurotoxins selected to hit targets in the nervous system of prey. Scorpion α-toxins affect insect and/or mammalian voltage-gated sodium channels (Nav’s) and thereby modify the excitability of muscle and nerve cells. Although more than a hundred α-toxins are known and ...
Добавлено: 13 ноября 2013 г.
Добавлено: 6 февраля 2019 г.
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Gurina D., Будков Ю. А., Kiselev M. G., Journal of Physical Chemistry B 2020 Vol. 124 No. 38 P. 8410-8417
Добавлено: 16 сентября 2020 г.
[б.и.], 2019
. ...
Добавлено: 15 января 2020 г.
СПб. : Типография ГМА им. адмирала С.О. Макарова, 1993
Добавлено: 15 ноября 2017 г.
Добавлено: 10 ноября 2020 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Orekhov N. D., Стегайлов В. В., Carbon (the Netherlands) 2015 Vol. 87 P. 358-364
Добавлено: 15 марта 2017 г.
Pyrkova D. V., Tarasova N. K., Крылов Н. А. и др., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2013 Vol. 31 No. 1 P. 87-95
Delineation and analysis of lateral clustering of lipids in model bilayers is an important step toward understanding of the physical processes underlying formation of lipid domains and rafts in cell membranes. Computer modeling methods represent a powerful tool to address the problem since they can detect clusters of only few lipid molecules – this issue ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.