?
Effect of active loop extrusion on the two-contact correlations in the interphase chromosome
Усредненные по большим популяциям клеток карты контактов, полученные с помощью метода определения конформации хромосом, предоставляют важную информацию о средней частоте контактов между парами локусов хроматина в зависимости от генетического расстояния между ними. Однако эти наборы данных ничего не говорят нам о совместной статистике одновременных контактов между геномными локусами отдельно взятой хромосомы. Такого рода статистическая информация может быть извлечена с помощью Hi-C метода, который способен обнаруживать большую долю одновременных контактов в пределах одной клетки, а также с помощью сочетания современных методов флуоресцентного окрашивания и микроскопии высокого разрешения. Мотивированные перспективой скорого появления соответствующих экспериментальных данных, в данной работе мы теоретически промоделировали совместную статистику пар контактов, расположенных вдоль линии, перпендикулярной главной диагонали карты контактов отдельной хромосомы. Анализ проводится в рамках модели идеальной полимерной цепи с подавленным беспорядком случайных петель, что, как показали предыдущие исследования, позволяет учитывать влияние процесса экструзии петель на конформационные свойства интерфазного хроматина.