Quantum Mechanical-Cluster Approach to Solve the Bioisosteric Replacement Problem in Drug Design

Losev T.; Gerasimov I.; Panova M.; Lisov A.; Yana R. Abdyusheva; Rusina P.; Zaletskaya E.; Stroganov O.; Michael G. Medvedev; Fedor N. Novikov

doi:10.1021/acs.jcim.2c01212

?

Quantum Mechanical-Cluster Approach to Solve the Bioisosteric Replacement Problem in Drug Design

Journal of Chemical Information and Modeling. 2023. Vol. 63. No. 4. P. 1239–1248.

Losev T., Gerasimov I., Panova M., Lisov A., Yana R. Abdyusheva, Rusina P., Zaletskaya E., Stroganov O., Michael G. Medvedev, Fedor N. Novikov

Научное направление: Химия

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: quantum chemistry квантовая химия

Stress tensor of inhomogeneous flexible polymer chain solutions beyond the ground-state dominance approximation

Будков Ю. А., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 No. 9 Article 094902

Добавлено: 2 сентября 2026 г.

Monometallic Ln3+ and heterometallic Ln3+–Cd2+ complexes based on pentafluorophenylacetic acid: efficient control of dimension and luminescent properties

Белоусов Ю. А., Кискин М. А., Сидорук А. В. и др., Australian Journal of Chemistry 2022 Vol. 75 No. 9 P. 572–580

Добавлено: 26 августа 2026 г.

Understanding the electric double layer at electrode–electrolyte interfaces, Part III: crystallographic-face dependence of silver capacitance in aqueous NaF solutions

Мазур Д. А., Petr E. Brandyshev, Doronin S. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 577 Article 149729

Добавлено: 20 августа 2026 г.

Hall effect in electrolyte solutions: Self-consistent Debye–Hückel–Onsager theory

Будков Ю. А., Каликин Н. Н., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 165 Article 064506

Добавлено: 12 августа 2026 г.

Charge-controlled binding, alloy synergy, and the copper anomaly in Au–Ag–Cu dimers to clusters: DFT-derived design rules for targeted drug delivery

Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. 50 P. 13931–13957

Добавлено: 12 августа 2026 г.

Surface-sulfonated Al₂O₃, CeO₂, and TiO₂ as functional fillers for Nafion-type gel polymer electrolytes for lithium metal batteries

Voropaeva D., S. Novikova, I. Stenina и др., Solid State Ionics 2026 Vol. 445 Article 117288

Добавлено: 30 июля 2026 г.

Long-range machine-learning potentials with environment-dependent charges enable predicting LO-TO splitting and dielectric constants

Korogod D., Shapeev A., Ivan S. Novikov, Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2026 Vol. 114 No. 2 Article 024104

Добавлено: 22 июля 2026 г.

A Way to Create Mn-Containing GdFe3(BO3)4 and the Dopant Effect on Its Magnetic Properties

Moshkina E., Molokeev M., Zolotov A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 Vol. 1077 Article 189412

Добавлено: 29 июня 2026 г.

Incorporating Scientific Knowledge into Neural Network Density Functionals

Schneider M., Zaripov D., Dokin R. и др., Journal of Chemical Theory and Computation 2026 Vol. 22 No. 9 P. 4405–4414

Добавлено: 26 июня 2026 г.

Electrodeposition and electrochromic properties of hydrated mixed oxides MoxW1-xO3·2H2O films

Лауринавичюте В. К., Levin E. E., Mironkova A. A. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 81 Article 108389

Добавлено: 24 июня 2026 г.

Impact of heat treatment on microstructure and mechanical properties of additively manufactured aluminum bronze

Filippova A. V., Yurchenko N. Y., Smirnov S. A. и др., Journal of Alloys and Compounds 2026 No. 1074 Article 189162

Добавлено: 12 июня 2026 г.

DFT-guided charge-state engineering of gold clusters for levodopa recognition: fundamental principles for drug delivery applications

Obijiofor O., Новиков А. С., New Journal of Chemistry 2026 Vol. 50 No. 23 P. 9749–9768

Rational design of gold-based nanocarriers for neurotherapeutics requires atomic-scale understanding of drug-material interactions. Density functional theory calculations were performed to investigate levodopa (L-DOPA) adsorption on small gold clusters (Au2–Au4) with cationic, neutral, and anionic charges, with additional validation on a larger Au10 cluster using multiple low-energy isomers. Binding free energies (ΔGbind), charge transfer, and electronic descriptors ...

Добавлено: 3 июня 2026 г.

Facile and Green Approach to Synthesize Biomass-Derived Zero-/Two-Dimensional Carbon Dots/g-C3N4 Heterojunction for Efficient Photocatalytic and Photoelectrocatalytic Applications

Дас А., Saikia J., Maji N. и др., ChemNanoMat 2026 Vol. 12 No. 5 Article e202500733

Добавлено: 2 июня 2026 г.

Optimal Design of Copper-Doped ZnO Heterostructures for Photocatalytic and Photoeletrochemical Performance: A Combined Experimental and DFT Study

Wary R. R., Mahato B., Sharma N. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2026 Vol. 17 No. 17 P. 5099–5107

Добавлено: 2 июня 2026 г.

An IQA/QTAIM Approach to the Chalcogen Bond

Jiménez-Grávalos F., Alexander S. Novikov, Pendás Á. M., Communications in Computational Chemistry 2026 Vol. 8 No. 2 P. 203–210

Добавлено: 27 мая 2026 г.

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕХАНИЗМА ЭКСТРАКЦИИ Fe(III) ИЗ СОЛЯНОКИСЛОГО ВОДНОГО РАСТВОРА ЭВТЕКТИЧЕСКИМИ РАСТВОРИТЕЛЯМИ НА ОСНОВЕ 1-ОКТАНОЛА

Мальцева В. Е., Милевская А. В., Милевский Н. А. и др., Теоретические основы химической технологии 2025 Т. 59 № 3 С. 13–22

Проведено квантово-химическое моделирование механизма экстракции Fe(III) из солянокислого раствора с использованием гидрофобных эвтектических растворителей на основе 1-октанола. Установлено, что путь реакции существенно различается в зависимости от того, является ли инертный компонент донором или акцептором водородной связи в димере с октанолом. На основе оценки прочности водородных связей показано, что более слабое взаимодействие между компонентами упрощает протекание ...

Добавлено: 13 мая 2026 г.

Understanding the electric double layer at the electrode–electrolyte interface: Part II - specific adsorption and partial charge transfer

Daria A. Mazur, Petr E. Brandyshev, Doronin S. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 545 Article 147660

Добавлено: 11 ноября 2025 г.

An efficient algorithm for the eigenvalue problem of a Hermitian quaternion matrix in quantum chemistry

Guo Z., Jiang T., Wang G. и др., Journal of Computational and Applied Mathematics 2025 Vol. 463

Добавлено: 16 декабря 2024 г.

Molecular modeling in synthesis: from statistical methods to quantum chemistry and practical applications

I. V. Svitanko, Pivina T. S., Russian Chemical Bulletin 2024 Vol. 73 No. 5 P. 1093–1108

Добавлено: 21 июня 2024 г.

Interrupted Dance of Five Heteroatoms: Reinventing Ozonolysis to Make Geminal Alkoxyhydroperoxides from C═N Bonds

Yaremenko I., Fomenkov D., Budekhin R. и др., Journal of Organic Chemistry 2024 Vol. 89 No. 8 P. 5699–5714

Four heteroatoms dance in the cascade of four pericyclic reactions initiated by ozonolysis of C═N bonds. Switching from imines to semicarbazones introduces the fifth heteroatom that slows this dance, delays reaching the thermodynamically favorable escape path, and allows efficient interception of carbonyl oxides (Criegee intermediates, CIs) by an external nucleophile. The new three-component reaction of ...

Добавлено: 3 июня 2024 г.

Two-Component versus Three-Component Condensations in the Race between Hydrazide, Triketone, and Hydrogen Peroxide-How do All Six Reactive Centers Cooperate to Incorporate the Most Diverse Set of Heteroatomic Bridges in a Tricyclic Frame?

Yaremenko I., Belyakova Y., Radulov P. и др., Journal of Organic Chemistry 2023 Vol. 88 No. 19 P. 13782–13795

Relief of stereoelectronic frustration drives the acid-catalyzed three-component condensation of β,δ′-triketones with hydrazides and H2O2 to the direction where both nucleophiles and all three electrophilic carbons are involved in the formation of a tricyclic sp3-rich ring system that includes four heteroatoms. The otherwise inaccessible tricyclic N-substituted aminoperoxides are prepared rapidly and selectively from relatively simple ...

Добавлено: 24 октября 2023 г.

Reducing false-positive rates in virtual screening via cancellation of systematic errors in the scoring function

Медведев М. Г., Stroganov O., Dmitrienko A. и др., Mendeleev Communications 2022 Vol. 32 No. 6 P. 735–738

Добавлено: 25 октября 2022 г.

Preliminary modeling as the first stage of targeted organic synthesis

Титов И. Ю., Стройлов В. С., Русина П. В. и др., Russian Chemical Reviews 2021 Vol. 90 No. 7 P. 831–867

В обзоре представлены классификация и анализ применимости методов предварительного молекулярного моделирования для направленного органического, каталитического и биокаталитического синтеза. В качестве классификатора методов рассматриваются три основных подхода: моделирование координации лиганд–мишень при отсутствии информации как о мишени, так и о структуре полученного комплекса; вычисления на основе экспериментально полученной структурной информации о мишени; динамическое моделирование комплекса лиганд–мишень, а ...

Добавлено: 24 декабря 2021 г.

Preliminary modelling as the first stage of targeted organic synthesis

Титов И. Ю., Stroylov V., Rusina P. V. и др., Russian Chemical Reviews 2021 Vol. 90 No. 7 P. 831–867

Добавлено: 25 сентября 2021 г.